В скором времени на Боспоре Киммерийском завершился жизненный путь и другого сына Митридата, Ксифара. Того самого, ради спасения которого Стратоника открыла ворота крепости Помпею и выдала царские сокровища. Ксифар не злоумышлял против родителя, как Митридат Младший, и не плёл заговоры в пользу римлян подобно Махару, а просто оказался заложником взаимоотношений между отцом и матерью. Частые измены родных и близких ему людей настолько ожесточили Митридата, что он отстранился от них, опасаясь нового предательства, и смотрел на свою родню, как на чужаков. Складывается такое впечатление, что царь уже не видел существенной разницы в том, кем ему приходится человек – родственник он Митридату или нет. Для Евпатора теперь это был просто подданный. Поэтому, когда царь узнал о том, что Стратоника последовала за его войском через Кавказ и находится на другом берегу Боспора Киммерийского, в Фанагории, то он послал ей приглашение явиться в назначенное время на берег. И когда жена пришла, то прямо у неё на глазах, на противоположном берегу пролива, по приказу отца был убит Ксифар. Тело его бросили непогребённым прямо на месте убийства. Аппиан ничего не говорит о том, что испытал при этом царь, историк просто констатировал сам факт: «
После того как Евпатор обосновался в Пантикапее, он почувствовал себя достаточно уверенно. Царь отправил к Помпею послов с предложением выплаты постоянной дани, если ему вернут Понт. Но римлянин был непреклонен, он требовал безоговорочной капитуляции и личного появления царя в его ставке. На что получил гордый ответ Евпатора, который гласил, что пока он остается Митридатом, то никогда на это не согласится. Впрочем, для дальнейшего урегулирования вопроса царь обещал прислать к Помпею кого-то из своих сыновей и нескольких советников. Но дальше этого дело не пошло и заглохло, так и не начавшись.
Зато своё внимание Митридат уделил другим, вовсе не мирным процессам. По всей стране ковали оружие, изготавливали доспехи, собирали метательные машины и проводили набор в войска, причем брали не только свободных, но и рабов. Всё население поголовно обложили новыми налогами, выколачивая деньги на грядущую войну. И всё было бы ничего, но в самый ответственный момент царь заболел: «
Однако, пока Митридат болел, царские стратеги продолжали активные действия в Таврике, приводя под руку Митридата города и крепости. Когда же он выздоровел, было решено подчинить Фанагорию – большой город на восточном берегу Боспора Киммерийского. Армия Евпатора к этому времени уже насчитывала 36 000 воинов, разделенных на 60 отрядов по 600 человек в каждом. Цифра огромная для этого региона. Поэтому у царя были все шансы на успех. К тому же акрополь Фанагории был уже занят войсками под командованием царского сына Артаферна, при котором находились остальные братья и сестры.
Но когда в Фанагорию стало входить подкрепление, посланное Митридатом, в городе вспыхнул мятеж. Судя по всему, он был достаточно хорошо спланирован, потому что, когда предводитель восставших, Кастор, бросил клич атаковать понтийцев, горожане были к этому готовы и разгромили отряд. Но сыновья Митридата продолжали удерживать акрополь, и тогда фанагорийцы решили проблему радикально – обложили вершину горы, где стояла крепость, деревом и подожгли. Царские сыновья – Артаферн, Дарий, Ксеркс и Оксатр вместе со своей сестрой Эвпатрой, – не желая изжариться в этом пекле, сдались восставшим, которые не стали убивать столь ценных заложников. Однако упорные бои неожиданно вспыхнули в районе порта, где дочь Митридата Клеопатра с отрядом своих телохранителей оказала горожанам отчаянное сопротивление. Даже суровый отец восхитился отвагой дочери и послал ей на выручку корабли. И хотя Клеопатра была спасена, дело приняло очень скверный оборот, поскольку дурной пример Фанагории оказался заразителен. В Таврике и Прикубанье стали вспыхивать восстания против Митридата, а города стали отпадать от его державы один за другим.