Трудно сказать, почему такой реалист как Митридат оказался в плену иллюзий. Похоже, что всепоглощающая ненависть к Риму завладела всеми его мыслями. Царь просто не представлял своей дальнейшей жизни без борьбы с ненавистным врагом, который отнял у него всё. Однако Митридат по-прежнему был начеку и сумел своевременно узнать о заговоре своего сына Фарнака. Ответные меры со стороны царя не заставили себя долго ждать, заговорщиков схватили, пытали и казнили. За исключением Фарнака. Причины, побудившие любимого сына Евпатора, которого царь провозгласил своим наследником, пойти против отца, Аппиан обозначает несколько невнятно. Это страх похода в Италию, страх перед римлянами и возможность потерять власть в случае поражения Митридата. Однако, перечисляя все вышеизложенные обстоятельства, подтолкнувшие Фарнака на путь измены, историк делает многозначительное замечание: «
Действительно, были гораздо более серьёзные причины, которые могли побудить наследника встать на путь предательства. Прежде всего, это желание самому стать царем. Видя, что отец потерял опору в войсках и не пользуется больше доверием в стране, сын мысленно примерил на себя диадему и пришёл к выводу, что ему она подходит больше. Момент для переворота был на редкость удачный. Популярность Митридата, как это не невероятно прозвучит, из-за его одержимости грядущей войной с Римом упала настолько низко, что свалить царя не представлялось сложным делом. Взвесив все за и против, Фарнак решился.
Но царевичу не повезло, он был схвачен и заключён в темницу. Шансов выбраться оттуда живым у него было немного, о том, как отец карает изменников-сыновей, Фарнак знал не понаслышке. Но дальше произошло неожиданное. За обреченного Фарнака заступился стратег Менофан. Рассказ об этом сохранился у Аппиана: «
Как видим, Менофан открытым текстом говорит о прекращении войны, идеей которой в последнее время был одержим Митридат. Причем говорит так, как будто не опасается последствий за свои дерзкие речи. Скорее всего, это могло произойти потому, что стратег конкретно знал о том, что в ближайшее время никакого похода против Рима не будет. Знал о намерении Митридата остаться пока в Пантикапее и заняться внутренними проблемами, без решения которых движение в Италию было невозможным. Судя по всему, Евпатор потому и согласился со стратегом, что понял всю бессмысленность новой войны с Римом в данной ситуации. Но о том, что похода не будет, знал пока только очень ограниченный круг лиц. И это имело роковые последствия.
О Фарнаке, сыне Митридата, Аппиан отозвался довольно нелицеприятно: «
После того как Фарнаку удалось договориться с римлянами, верные люди наследника разбежались по всем военным лагерям подготавливать выступление. Наутро толпы вооруженных солдат двинулись к Пантикапею, где их поджидали другие участники заговора. Городские ворота были распахнуты настежь, сопротивления никто не оказывал. С победными криками войска нескончаемым потоком вливались на улицы столицы и двигались к акрополю. Пламя мятежа распространилось по всему городу, восставших поддержал флот, и моряки присоединились к колоннам пехоты. Причём многие из тех, кто маршировал по улицам Пантикапея, не имели о заговоре никакого понятия. Они просто стихийно оказались в одном строю со своими товарищами по оружию, а те в свою очередь не спешили вводить в курс дела непосвященных.