Оправившись от раны, нанесённой царём, Бомелий стал задумываться о своём пошатнувшемся положении при дворе. Серьёзные противники из числа окружения Иоанна Грозного докладывали царю о мнимых и действительных кознях «Елисейки без роду, без племени». Вскоре тот действительно вступил в сговор с ненавистными Иоанну Грозному псковскими боярами. В одну из ночей, прихватив нажитое золото, Елисей бежал из Москвы. Но уже через сутки на пути к Пскову Бомелий был схвачен и в цепях привезён в Первопрестольную. После жестоких пыток, во время которых звездочёт выдал всех сообщников, он подвергся мучительной казни. По воспоминаниям современников, опального мага вначале вздёрнули на дыбе, вывернули все суставы, вывихнули ноги пятками вперёд, а затем заживо сожгли.
Так закатилась звезда авантюриста.
Сыноубийца?
По-видимому, мало найдётся в нашей стране людей, которые не видели бы картины (или репродукции с неё) И.Е. Репина «Иван Грозный и сын его Иван 16 ноября 1581 года». А отсюда – твёрдое убеждение многих, что царь действительно убил своего любимого старшего сына.Так ответит немалое число читателей, ведь Илья Ефимович не выдумал сюжет своей картины, а писал её на основе солидных исследований. На это мы возразим следующим замечанием Н.К. Михайловского: «Наша литература об Иване Грозном представляет иногда удивительные курьёзы. Солидные историки, отличающиеся в других случаях чрезвычайной осмотрительностью, на этом пункте делают решительные выводы, не только не справляясь с фактами, им самим хорошо известными, а даже прямо вопреки им. Умные, богатые знанием и здравого смысла люди, привыкшие обращаться с историческими документами, видят в памятниках то, чего там днём с огнём найти нельзя, и отрицают то, что явственно прописано чёрными буквами по белому полю».
Наглядной иллюстрацией к этой мысли известного русского публициста является широко распространённая легенда об убийстве Иваном IV своего сына. Создал её и пустил в ход монах-иезуит Антоний Поссевин. В 1581 году он приехал в Москву как посредник в переговорах русского царя со Стефаном Баторием. В ходе Ливонской войны польский король взял русские города Полоцк и Великие Луки, осадил Псков.
Пользуясь тяжёлым внешнеполитическим положением Русского государства, папа Григорий VIII надеялся добиться от царя значительных уступок. Поэтому истинной целью посольства Поссевина были не переговоры с Баторием, а подчинение Русской церкви папскому престолу. Папа очень надеялся на успех своего легата, ведь царь сам просил его принять участие в деле примирения, обещая Риму дружбу и участие в крестовом походе против турок.
Но надежды папы и старания Поссевина не увенчались успехом. Грозный решительно отверг домогательства посла о позволении строить на Руси латинские церкви, отклонил споры о вере и соединении Церквей (католической и православной) на основании постановлений Флорентийского собора и не увлёкся обещанием приобретения бывших территорий Византии, которые греки утратили якобы за отступление от Рима.
Потерпев фиаско в Москве, Поссевин пустил в мир злостную клевету об убийстве восточным деспотом своего сына. При этом папский легат писал об этом как очевидец трагедии. На самом деле он приехал в столицу Руси после смерти царевича и не мог быть очевидцем этого.
Поссевин беззастенчиво утверждал, что Грозного вывел из равновесия неопрятный вид невестки. Царевич заступился за супругу и получил удар посохом в висок. Тут же Иван-младший и скончался. Нелепость этой версии была очевидна современникам. Поэтому её вскоре подправили, пустив слух о том, что царевич умер не сразу, а только на четвёртый день, после конфликта с отцом. Ни в каких документах эта сказка подтверждения не нашла. Зато есть материал, говорящий в пользу того, что старший сын Грозного умер своей смертью.
Вопреки широко распространённому мнению, царевич Иван не отличался хорошим здоровьем и буйным нравом. Его страшили тяготы царского служения. Надежда Грозного, его старший сын, предпочитал шапке Мономаха и мирской славе тихий монашеский подвиг. Поэтому ещё в 1570 году Иван сделал очень большой вклад (тысячу рублей) в Кирилло-Белозерский монастырь, сопроводив это деяние условием, чтобы «ино похочет постригися, царевича князя Ивана постригли за тот вклад, а если, по грехам, царевича не станет, то поминати». То есть уже за одиннадцать лет до своей кончины юноша чувствовал себя настолько неважно, что не надеялся на обретение не только царского венца, но и монашеского чина.
Иван сторонился бурления мирской суеты. Государственные дела, которыми ему приходилось заниматься, царевич воспринимал как Божие тягло. Но душа его стремилась к небу, и этому есть документальные свидетельства.