В противоположность элегантному, благопристойному врачу Уильяму Хантеру его вечно небритый, небрежно одетый брат обладал взрывным темпераментом. Там, где Уильям был склонен проявлять учтивость, Джон был грубоват. Изысканность светского поведения, которому учатся на официальных приемах, бесполезна на скотных дворах и среди полей; некоторые друзья Уильяма, представители аристократического круга, считали, что манеры его брата больше подходят для конюшни, чем для салона, и были абсолютно правы. Отсутствие работы привело Джона к братскому порогу в 1748 году. Он прибыл в Лондон искренним, пылким молодым человеком, чьи благие намерения часто приводили к разочарованию из-за его невосприимчивости к чувствам обычных смертных, окружавших его. У него был тип личности, который обычно называют вздорным те, кто восхищается им настолько, чтобы потакать его резкости, и огорчает всех остальных. Требовалось немало терпения, чтобы пробиться через шотландские шипы к его теплой и доброй натуре.
Когда к такому характеру прибавляется всеобъемлющее чувство честности и откровенное презрение к глупости, обладатель такого созвездия качеств практически обречен тратить большую часть своей энергии на конфликты и выяснение отношений. Гневливость, конфликтность, неуживчивость и воинственность были присущи обоим Хантерам, но прагматичный Уильям, по крайней мере, научился контролировать себя; а Джон не собирался тратить время на такие пустяки. До конца его дней манеры Джона оставались далеко не безупречными.
Когда Джон впервые приехал в Лондон, надеясь найти свое призвание, Уильям, не зная, что делать с нахальным мальчишкой, пристроил его за символическую зарплату в кабинет аутопсии своей анатомической школы. Очень скоро Джон начал понимать, что там, среди препаратов брата, он нашел идеальное место для удовлетворения своего любопытства к окружающей природе. Но прежде чем полностью посвятить себя серьезной работе, ему пришлось избавиться от строптивости сельского парня в его характере. Приехав в большой город с карманами, полными дикого овса, он приступил к их посеву по всем злачным местам и публичным домам Лондона. Дрюри Оттли описал в биографии Хантера в 1885 году, как вначале «он много времени проводил в обществе молодых людей своего круга, предаваясь беззаботному распутству, к которому были весьма склонны люди его возраста, не обремененные сдержанностью. Он не всегда был разборчив в выборе компании и иногда искал грубых развлечений, которые можно найти среди низших слоев общества».
Разочарование Уильяма из-за склонности брата к разврату вскоре сменилось восхищением, когда молодой человек продемонстрировал свой талант в аутопсии. Ловкость его рук не была неожиданностью для доктора Хантера, но его способности к освоению новой дисциплины стали невероятным источником удовольствия. Дикий овес дал всходы гораздо быстрее, чем ожидалось: не прошло и года, как начинающий целитель стал изучать хирургию под началом знаменитого Уильяма Чеселдена в клинике Челси. Вскоре после этого брат назначил его на должность демонстранта в своей школе. После смерти Чеселдена в 1751 году Джон стал учеником в больнице Святого Варфоломея, где работал ведущий английский хирург Персиваль Потт.
Все свободное от своих клинических обязанностей по уходу за больными время Хантер посвящал аутопсии и обучению хирургии в школе своего брата. В конце концов, он решил получить квалификацию хирурга, для чего в больнице Св. Варфоломея требовалась подготовка в течение пяти лет при полном отказе от занятий аутопсией. Требования к обучающимся в больнице Св. Георгия были не такими жесткими, поэтому он поступил туда в 1754 году. Годом позже он решил все же попытаться получить формальное образование. В июле 1755 года он поступил, вероятно, по совету Уильяма, в Оксфорд. Не стало сюрпризом, что этот древний университет не сделал из него нормального студента, как и школа латыни в Килбрайде. По его словам: «Они хотели сделать из меня старую бабку, заставить зубрить латынь и греческий в университете; но я нарушил их план, как многие из той шпаны, которая училась до меня». Не закончив первый год обучения, он покинул Оксфорд.