Несмотря на то, что Уильяму не удалось осуществить план по преодолению неприязни своего вольнодумного брата к академическим правилам, он все больше гордился успехами Джона в качестве демонстратора и всеми доступными средствами старался посодействовать развитию его карьеры. Однако назначение Джона на должность преподавателя анатомии принесло Уильяму лишь разочарование. Неискушенный в тонкостях ораторского искусства и грамматики, не имевший достаточного опыта вербальной коммуникации и навыка формулирования своих мыслей, Джон Хантер чувствовал себя на кафедре неуютно. Недостаток красноречия всю жизнь будет досаждать профессору и его ученикам; позднее Хом писал, что он «никогда не начинал первую лекцию своего курса без тридцати капель лауданума, чтобы избавиться от чувства неловкости и беспокойства». Он редко поднимал глаза от записей лекции. Самым худшим из его грехов, по мнению студентов, была непоследовательность в изложении материала, поскольку иногда он противоречил собственным утверждениям, высказанным в предыдущей лекции. Подобные вещи происходили не из-за рассеянности Хантера, просто новые исследования порой заставляли его менять свою точку зрения. Представляя очередные теоретические концепции, он не умел сформулировать достаточно четких, легких для понимания объяснений, и студенты, ожидавшие получить знания на блюдечке, считали его лекции неудобоваримыми. Его занятия никогда не посещало более тридцати учеников одновременно, тогда как годы спустя превосходные ораторские способности его учеников Джона Абернети и Эстли Купера, преподававших в основном тот же материал, который они почерпнули у Хантера, привлекали сотни студентов.
Поэтому то, что Джон Хантер, в конце концов, стал одним из величайших учителей, произошло скорее вопреки, чем благодаря его методу обучения. Именно личность Хантера и его знания привлекли тех, кто позже образует когорту выдающихся представителей следующего поколения медиков Европы и Соединенных Штатов. Неиссякающий энтузиазм Хантера и его философия объективности вызывали воодушевление и восхищение у его студентов. Они стали посланниками, которые переводили то, что казалось неясным, на понятный язык и, таким образом, убедили многих хирургов в необходимости использовать научно-экспериментальный подход в лечении больных.
В 1756 году Хантер был назначен на должность домашнего хирурга в больницу Св. Георгия – что-то вроде современной стажировки, – где он и проработал в течение следующих пяти месяцев. Его обязанности предполагали ежедневный уход за пациентами старших хирургов, лечение большинства переломов и проведение некоторых незначительных процедур, требующих оперативного вмешательства. За исключением короткого периода, все время между 1756 и 1759 годами он занимался преподаванием и изучением анатомии, как человеческой, так и сравнительной. Именно тогда Хантер разработал собственную модель исследования, которой будет придерживаться следующие четыре десятилетия. Поскольку структура и функции многих частей человеческого организма слишком сложны, Хантер решил начать свои изыскания с проще устроенных животных и сделал первый шаг в создании своей коллекции низших форм. Он всеми возможными способами старался достать редких животных и в этом стремлении зашел так далеко, что договорился даже со смотрителем диких зверей лондонского Тауэра, что будет забирать трупы умерших животных. Он совершал подобные сделки с владельцами цирков и всеми, кто имел доступ к необычным созданиям.
Постоянное выделение миазмов в анатомическом кабинете негативно повлияло на самочувствие молодого анатома, и с целью поправки здоровья (хотя, возможно, ему просто хотелось отдохнуть от неотступной опеки старшего брата) осенью 1760 года он записался в армию в качестве хирурга. В то время Англия вела Семилетнюю войну, которую, по словам историка Самуэля Элиота Морисона, «на самом деле следовало назвать Первой мировой войной, поскольку боевые действия велись на такой же большой части земного шара, как в 1914–1918 годах». Как и во многих других конфликтах, в которых участвовало Соединенное Королевство, вначале англичане терпели одно поражение за другим, но в какой-то момент им удалось переломить ход событий и одержать победу, завоевав господство над Северной Америкой и Индией и еще раз подтвердив свое военное превосходство на море.