Действительно, дикие животные жили в специальных постройках, леопарды, как правило, были связаны особым образом, и в целом ферма исследователя именно так и выглядела. Здесь ученый провел множество экспериментальных исследований. Тут же был построен дом, в который Хантер привел свою прекрасную юную невесту Анну в 1771 году. Трудно представить, что привлекало чувствительную, благородную, красивую дочь Роберта Хома в косноязычном, низкорослом (всего метр пятьдесят семь), круглолицем диссекторе животных, с которым она провела медовый месяц среди этого полчища крылатых, чешуйчатых и пушистых соседей в графстве Эрл. Но в браке они оба были счастливы. Казалось, они восхищались талантами и достоинствами друг друга. Резкий и вспыльчивый Джон с Анной был мягким и нежным; немногие в его окружении удостаивались такого отношения. Она была хорошо образованной девушкой, увлекающейся литературой и музыкой; у нее было много друзей, разделявших ее интересы; она обладала большим талантом к сочинительству поэм: одно из ее стихотворений было положено на музыку самим Джозефом Гайдном. Она относилась к тем дамам, которых называли «синими чулками» в те дни, когда образованные женщины начали заниматься литературой вместо бесконечных карточных игр, за которыми убивало время большинство людей их класса.
За три года до свадьбы Джон Хантер арендовал дом своего брата на улице Джермин. После проведенного за городом в графстве Эрл медового месяца пара поселилась в городском доме, который одновременно был местом частной практики Хантера. Позже, в 1783 году, с улицы Джермин они переехали на площадь Лестер, продолжая пользоваться поместьем в графстве Эрл.
У Хантеров было четверо детей, родившихся друг за другом в первые четыре года их совместной жизни, и в конечном итоге они создали семью, считавшуюся огромной даже по тем временам. Уильям Клифт, который был личным секретарем Джона в последние годы его жизни, составил список имен всех из почти пятидесяти членов клана Хантеров, включая тех, кто выполнял домашнюю работу, и тех, кто занимался животными и принимал участие в экспериментальных исследованиях. Издержки на домашнее хозяйство, расходы, связанные с лабораторией и научными изысканиями в графстве Эрл, а также склонность Джона Хантера тратить все имеющиеся средства на свои коллекции приводили к постоянному недостатку денег. Наличности всегда не хватало.
Большая часть его заработка уходила на покупку образцов для музея, который он организовал в доме на площади Лестер. К моменту смерти в 1793 году он стал ведущим авторитетом мирового уровня в области сравнительной анатомии и известным коллекционером, которому натуралисты несли все редкие образцы, попадавшие в их руки. Он проводил вскрытие животных и включал их в свое собрание. Количество экспонатов его коллекции приближалось к четырнадцати тысячам. Он составил десять рукописных томов с их описанием. В целом на свой музей он потратил около 70 000 фунтов стерлингов: по тем временам монументальная сумма, а в наши дни – просто неисчислимая. Хотя в лучшие годы хирургическая практика приносила ему годовой доход 6000 фунтов стерлингов, каждый лишний пенни уходил на его исследования и музей. Имущества, оставшегося после его смерти, едва хватило, чтобы выплатить все его долги.
Но в 1765 году все это только начиналось. Обширный ряд экспериментов был в стадии разработки, а один из них был произведен над самим исследователем. В феврале 1766 года Хантер повредил ахиллово сухожилие левой ноги. Предположительно, это случилось во время танца темпераментного хирурга, но так как происшествие, согласно его учетной записи, приключилось в четыре часа утра «во время прыжков на пальцах ног, без опоры пятками на пол», возможно, он просто прыгал на месте, чтобы размяться и разогнать кровь после долгого сидения за описанием эксперимента. В любом случае, эта история характеризует способность Хантера использовать каждую появившуюся возможность для научных наблюдений. В дополнение к записям о том, как заживало его разорванное сухожилие, он занялся изучением повреждений ахиллова сухожилия в целом, делая надрезы на лапах собак через крошечное отверстие размером с игольное ушко в коже. Затем он убивал их с разными интервалами, и таким образом Хантер впервые продемонстрировал, что сухожилия восстанавливаются так же, как и кости, посредством прочной рубцовой субстанции, которая образуется в организме для надежного соединения разрезанных концов.
В 1767 году Хантера избрали членом Королевского общества; по всей видимости, эту честь ему оказали скорее в качестве аванса за будущие успехи, чем за какое-то конкретное достижение, поскольку это произошло за пять лет до того, как он опубликовал законченную работу в журнале, публикующем труды ученых этой организации. Его брат Уильям, на десятилетие старше и на десять лет дольше живший в Лондоне, был избран лишь нескольких месяцев спустя.