И всё же главным объектом интересов Афанасия Никитина остаётся Индия, и это неудивительно. О ней знали очень мало. Одно из самых ранних упоминаний в летописях относится к 1352 году и связано с появлением «моровой язвы» («чёрной смерти»): «Нецыя глаголют, что тот мор пошёл из Индейския страны от Солнца-града». В тот период достоверных сведений об этой стране не было не только на Руси, но и в Западной Европе, а фантастические рассказы черпались практически из одних и тех же источников: сочинения византийского монаха Ⅵ века Козьмы Индикоплова, разных редакций «Александрии» — повествования о походе в Индию Александра Македонского, греческого литературного произведения ⅩⅡ века — «Послания» мифического индийского «царя и попа» Иоанна византийскому императору Мануилу. Это «Послание» оказалось на Руси в ⅩⅢ или ⅩⅣ веке с названием «Сказание об Индийском царстве» и было широко распространено в письменности ⅩⅤ—ⅩⅦ веков. Здесь можно было прочесть о сказочно роскошных дворцах, украшенных золотом и блистающих драгоценными камнями, об отсутствии в стране «воров, разбойников и завистливых людей» по причине её богатства; «царь и поп» Иоанн говорил и следующее: «И живут у меня в одной области немые люди, а в другой — люди рогатые, а в иной земле — трёхногие люди, и другие люди — девяти сажен, это великаны, а иные люди с четырьмя руками, а иные — с шестью…» и т. д.
Повествование Афанасия отличает правдивость, строгость и скупость в отборе фактов, какие-либо фантастические сведения почти отсутствуют. Он ограничивается местными поверьями о совах и обезьянах; на его рассказ об «обезьянском князе», возможно, повлиял индийский эпос. Он пишет только то, что видел и наблюдал сам, а по рассказам — лишь о географии и торговле.
В его описании отчётливо виден купец, интересующийся рынками сбыта и приобретения товаров, условиями торговли, размером пошлин. Он никогда не забывает оценить тот или иной город с коммерческой точки зрения, очень часто говорит не просто об имеющемся здесь товаре, но — о «русском товаре», т. е. таком, который может быть закуплен для продажи на Руси. Неоднократно отмечается сложность заморской торговли: высокие пошлины, разбойничество на море. В рассказе о Джуннаре он бросает одно замечание, важное для понимания истоков замысла его путешествия. Он пишет, что «бесермены солгали», «говорили, что много нашего товара, а для нашей земли нет ничего». Можно заключить, что он слышал рассказы о богатствах Индии и опытным глазом везде проверял их, однако приходил к негативному и разочаровывающему выводу. Не забывал отметить гостеприимное отношение к купцам. Самые обширные наблюдения сделаны в Бидаре — столице Бахманидского султаната. Именно здесь собраны сведения о морских портах Индии на западном и восточном её побережье, а также о портах аравийского побережья, получена информация о Китае и Цейлоне, о товарах Ормуза, Камбея и других мест.
Но больше всего его интересуют люди. Уже самая первая его зарисовка в «Индийской земле» (в Чауле) характеризует особенность его видения: он сразу подметил и разглядел социальные различия, они бросились ему в глаза. Описывая внешний облик и одежду людей, он сказал сначала о «простых людях», затем о «тамошнем князе», о «тамошних боярах», о «слугах княжеских и боярских». Позже он обобщит подобные наблюдения — «Земля многолюдна, да сельские люди очень бедны, а бояре власть большую имеют и очень богаты».
Недостаточно ещё оценена политическая зоркость Никитина, его способность вникнуть в политические противоречия, дать характеристики политических деятелей — краткие, но сделанные добротно. Особенно это проявится в столице, в Бидаре, где он расскажет про султана и его мать, про пышные выезды султанского двора, про могущественного везира Махмуда Гавана, опишет войну, которую вёл Бахманидский султанат с местным индийским княжеством Виджаянагар, причём подметит и сообщит такие подробности, которые не занесут на страницы своих хроник даже местные придворные летописцы.
Ещё до прибытия в Бидар, в Джуннаре Афанасию Никитину предстоял второй выбор. Его появление не прошло незамеченным, и сам Асад-хан пытался обратить его в мусульманство, обещая большую награду за вероотступничество, а в случае отказа угрожая лишением товара, который он привёз на продажу, и огромным штрафом или выкупом («тысяча золотых»). Но путешественнику удалось этого избежать. Сам он, правда, изображает дело так, что определить выбор ему помог случай, воспринятый им как чудо (ходатайство за него перед ханом знакомого мусульманина, казначея Мухаммеда). Однако можно вспомнить о другом путешественнике, проникшем в Индию, вероятно, в 20‑е годы ⅩⅤ века, венецианце Николо де Конти. Избежать насильственного обращения в мусульманство ему не удалось, и по возвращении на родину он был вынужден обратиться к римскому папе с просьбой об отпущении грехов.