Правительственный кризис сорвал подготовку военной кампании. Гарнизоны пограничных городов и крепостей остались без поддержки и руководства, один на один с наступавшим врагом. 6 сентября 1688 года австрийцы заняли Белград, тем самым открыв себе прямой путь на Константинополь. Армия совершенно вышла из повиновения, казна пустовала, а во многих региона страны люди страдали от голода. Правительство отчаянно нуждалось в сильном и удачливом руководителе. На нового султана не было никакой надежды. Проведший 40 лет в заточении, Сулейман II интересовался только переписыванием и украшением Коранов и все время просил вернуть его в кафес. Спасать гибнущую империю вновь доверили Кёпрюлю. На этот раз – Фазыл Мустафе-паше, принявшему печать великого визиря 10 октября 1689 года.
Начавшая Девятилетняя война, известная также как Война Аугсбургской лиги, отвлекла Леопольда I от наступления на границы империи и подарила османам жизненно необходимую передышку. Кёпрюлю использовал паузу с достойными его отца хладнокровием и безжалостностью. Великий визирь восстановил дисциплину в армии и объявил новую волну мобилизации. Летом 1690 года он лично повел османские войска в контрнаступление – и преуспел! Турки захватили Пирот, Ниш, Смередево, вернули себе Белград и выбили австрийцев из Боснии. В столицу Фазыл Мустафа-паша вернулся с триумфом. Предоставленный ему как победителю карт-бланш великий визирь использовал для отмены неоправданно высоких налогов и восстановления сельского хозяйства империи.
Однако главной заботой Кёпрюлю оставалась война, в которой османская держава по-прежнему балансировала на самом краю пропасти. От подготовки к кампании 1691 года его не отвлекла даже смерть Сулеймана II. Присягнув новому «счастливому повелителю» османов Ахмеду II, он отправился в Белград, откуда с войском двинулся на север. Там его снова ждал успех. Сломив сопротивление австрийцев, турки заняли город Петроварадин. Авторитет Фазыл Мустафы среди солдат взлетел до небес. Казалось, энергия, решительность и управленческие таланты великого визиря вот-вот переломят ход войны в пользу империи, но… Военное счастье опять изменило османам – в сражении при Сланкамене Фазыл Мустафу-пашу убила шальная пуля. Смерть главнокомандующего самым губительным образом сказалась на дисциплине. Солдаты запаниковали. Армия была практически уничтожена…
После смерти Ахмеда II, чье правительство перешло от попыток контрнаступления к глухой обороне по линии фронта, мечом Османа в феврале 1695 года опоясался гораздо более инициативный Мустафа II. В отличие от многих своих родственников, этот султан воспитывался не в «золотой клетке», а в относительной свободе Эдирне и потому отличался самостоятельностью и амбициозностью. Сразу после восшествия на престол он запретил своим придворным любые «развлечения, сладострастие и праздность» и сам подал им пример, возглавив два похода в Венгрию. Радость от добытых побед Мустафе II не омрачила даже потеря Азова, занятого русскими. Разочарование постигло султана 11 сентября 1697 года, когда войска принца Савойского уничтожили османскую армию в битве при Зенте. Сам Мустафа II лишь чудом избежал смерти. Другим повезло меньше – на поле у реки Тисы закончили свои жизни великий визирь и все высшее армейское командование империи. Разгром настолько поразил султана, что он удалился от дел, переложив руководство страной на очередного визиря из клана Кёпрюлю – Амджазаде Хаджы Хусейна-пашу, единственного, кто протестовал против обернувшегося невиданной катастрофой броска на Зенту.
За короткие пять лет на должности великого визиря Хусейн-паша сделал для империи на удивление много. Он провел ряд важных экономических реформ, направленных на уменьшение зависимости империи от импорта и восстановление торгового баланса страны, но основные изменения коснулись армии, особенно флота. Кёпрюлю существенно сократил численность войск и пытался создать профессиональную армию. При нем открылись офицерские школы для подготовки квалифицированных командиров сухопутных войск и капитанов флота, были введены пенсии ветеранам и началось оснащение имперской армии современным оружием. Такие кардинальные перемены не могли не вызвать волны протестов со стороны традиционалистов. Наибольшее отторжение у военных «старой школы» и религиозных авторитетов вызывал подписанный Хусейном-пашой от имени султана Карловицкий мир с государствами Священной лиги.
Союзники вели переговоры агрессивно, с позиции силы и выдвинули Порте жесточайшие условия выхода из потенциально фатальной для империи войны. Австрии отходила вся Центральная Венгрия, Трансильвания и почти вся Словения. Речь Посполитая получала Подолье и бóльшую часть Правобережной Украины. Венеция оставила за собой уже занятый ее войсками Пелопоннес, несколько островов и ряд далмацких замков. Даже Россия под шумок урвала себе кусок, заключив при этом не прочный мир, а двухлетнее перемирие.