Американские войска под непосредственным командованием бригадного генерала Зебулона Пайка начали высадку 27-го. Сильный ветер сбивал лодки с курса, и они подходили к берегу под сильным огнем индейцев майора Джеймса Гивингса, но артиллерийские залпы с американских судов помогли им сойти на берег. Бой продолжался все утро, однако после того, как склад боеприпасов одной из британских батарей взорвался, оставив на месте более 30 убитых, сопротивление британцев ослабело. Взяв эту батарею, американцы пошли вперед, судя по всему, двигаясь к победе без единой потери. Но когда британцы отступили в город, они взорвали главный склад. От взрыва погибло много американцев. Командующий генерал Пайк получил тяжелое осколочное ранение и позднее скончался. Всего было убито около 40 человек, ранено более 200. Американский офицер, потерявший ногу, писал: «Они говорят, что у меня очень хорошая рана, но она искалечила меня на всю жизнь». Особенно тяжелыми были ранения от обломков склада, и хирург писал про медиков, которые «утопая в крови, отрезали руки, ноги и трепанировали головы». Он, со своей стороны, «резал и резал в течение 48 часов без сна и еды».
Несмотря на потрясение от взрыва склада, у американцев осталось достаточно сил, чтобы продолжить наступление в городе. Шиффе понял, что его положение безнадежно, и решил отступить, оставив офицера милиции договариваться об условиях капитуляции. Перед тем как уйти, британцы уничтожили военно-морские склады и большой строящийся корабль, стоявший на стапелях, но бриг «Глостер» попал в руки американцев. Согласно условиям капитуляции общественная собственность переходила к американцам, тогда как частная собственность гарантированно оставалась у местных жителей. В следующие месяцы между британцами и американцами возникли серьезные споры по поводу того, как американцы обошлись с захваченным городом. В значительной степени поведение американцев в Йорке, столице Верхней Канады, стало предлогом для грабежей и мародерства, учиненного британцами в Вашингтоне в 1814 году. Но даже у защитников и жителей было разное мнение по поводу действий американцев. Так, один британский эмигрант высоко отзывался об американцах: «Они обходились с людьми очень учтиво. Они не позволяли своим солдатам отбирать чужую собственность, если могли предотвратить это. Ночью они выставляли караул возле каждой лавки, но не могли удержать тех местных жителей, которые творили позорные дела в чужих домах. Самих же американцев очень хвалили за их хорошее отношение».
Майор милиции, которого оставили осуществлять капитуляцию, отнесся к действиям американцев куда более критично, утверждая, что жители подвергались «всевозможным оскорблениям и грабежам». Хотя отдельные случаи грабежей частной собственности действительно имели место, в массе своей американцы сконцентрировались на разрушении общественной собственности. Здание парламента, резиденция вице-губернатора, как и значительная часть казарм, были сожжены, правительственная типография уничтожена, и около 2000 фунтов государственной казны изъяты. Деньги были спрятаны, но американцы угрожали, что сожгут город, если их не отдадут. Генерал-майора Шиффе едва ли могло порадовать представление американцев о том, что такое общественная собственность, поскольку они забрали багаж, оставленный им в спешке. Через несколько недель вещи, принадлежавшие Шиффе, включая «его великолепное красное пальто», были проданы на аукционе. Кроме того, американцы уничтожили все имущество майора Гивингса и его семьи, поскольку испытывали особую ненависть к тем, кто командовал индейцами.
Нападение на Йорк привело британцев в смятение и закончилось утратой складов и собственности, но оно не стало решающей победой в борьбе за контроль над озером Онтарио. В конечном счете этот американский рейд оказался важнее в борьбе за озеро Эри. Военно-морские склады и боеприпасы, предназначавшиеся для Эри, были уничтожены, и прежде, чем британцы смогли восполнить их потерю, американцы перекрыли их коммуникации по реке Ниагара.
После нападения на Йорк американские войска перевели на Ниагару в надежде, что они помогут реализовать второй этап плана Дирборна по захвату британских фортов в этом районе. Британцы понимали, что в скором времени, вероятно, окажутся под сильным давлением, и, когда в конце мая американцы начали обстреливать форт Джордж, Превост попытался провести диверсию, атаковав Сакеттс-Харбор. Он отплыл из Кингстона с 800 солдатами и 29 мая рано утром начал атаку. У британского отряда возникли трудности с высадкой. Лодки собрались возле Сакеттс-Харбор ночью, но их сносило течением, и войска смогли причалить только после рассвета. К тому времени американская оборона в количестве 400 солдат и нескольких сот ополченцев милиции уже ждала их. Британцам удалось высадиться, несмотря на огонь, но, когда американцы отступили к своим блокгаузам и форту, британское наступление застопорилось.