В конце 1982 г. Гейдар Алиев становится членом Политбюро ЦК КПСС и первым заместителем председателя Совета Министров СССР, теперь он — один из руководителей Советского Союза. На новом посту Алиев, в частности, курирует транспорт. В 1987 г. Гейдар Алиев ушел в отставку, в Азербайджан он возвращается только спустя три года.
В период 1981–1985 гг., несмотря на нарастающие трудности в экономике страны и гражданской авиации Советского Союза в частности, Азербайджанское УГА еще находится в числе лучших. Но уже в 1986–1990 гг. азербайджанские авиаторы не выполняют госзаказ на авиаперевозки. В период распада СССР в Баку создается авиакомпания «Азалтранс», а Азербайжанское УГА превращается в авиакомпанию «Азербайджанские авиалинии» (AZAL), в настоящее время она входит в состав ЗАО «Азербайджан Хава Йоллары».
Управление переводится на арендные отношения. Из аэропорта Баку можно улететь в полсотни городов Союза. По итогам 1991 г. воздушный транспорт республики перевозит 2,012 млн чел. (падение к 1990 г на 7,5 %).
18 октября 1991 г. в Азербайджане приняли конституционный акт «О государственной независимости Азербайджанской Республики», которым были заложены основы государственного, политического и экономического устройства свободной страны. В то время на фоне экономических трудностей республика на рубеже 1991–1992 гг. была вовлечена в вооруженный конфликт в Нагорном Карабахе и прилегающих районах. Только в мае 1994 г при посредничестве ряда государств СНГ Азербайджан, Армения и непризнанная Нагорно-Карабахская Республика подписали соглашение о прекращении огня.
Практически параллельно с этим на фоне военных неудач и некомпетентности националистического правительства в Азербайджанской Республике наступил кризис власти. Летом 1993 г. в Гяндже против второго президента Азербайджана, лидера Народного фронта Абульфаза Эльчибея вспыхнул мятеж, возглавляемый полковником Суретом Гусейновым. Чтобы избежать гражданской войны Эльчибей пригласил в Баку Гейдара Алиева, который вернулся в Азербайджан только в 1990 г. Он уехал в свой родной город Нахичевань, где с сентября 1991 г. по июнь 1993 г. работал на посту председателя Али Меджлиса (парламента) Нахичеванской Автономной Республики. В конце концов, 3 октября 1993 г., набрав 98,8 % голосов, Гейдар Алиев с лозунгом «Я дам вам то, что вы хотите» побеждает на президентских выборах. Теперь он вновь единолично руководит Азербайджаном.
В 1994 г. предпринимаются первые реальные шаги по выводу Азербайджанской Республики из экономического кризиса. Важнейшим из них стало принципиальное решение о приходе иностранного капитала в нефтегазовый сектор. В 1991–1995 гг. на фоне истощения разработанных месторождений, отсутствия средств на модернизацию оборудования, а также фазы низких мировых цен на «черное золото» в закавказской республике шел общий экономический кризис. К 1995 г. ВВП страны падает до нескольких процентов к уровню 1990–1991 гг. Перевозки пассажиров национальным воздушным транспортом сокращаются: если в 1991 г. они составляли 2,012 млн чел., то в 1995 г. — всего 1,131 млн чел.
К середине 90-х гг. гражданская авиация Азербайджана оказывается в тяжелом положении: разрушены кооперационные связи, прекращены поставки техники, идет процесс старения самолетов, из авиации уходят опытные работники, а подготовку новых специалистов вести негде.
«Состояние воздушных судов было неплохим, и на протяжении нескольких лет мы фактически дорабатывали ресурс этой техники, — говорил в 2005 г. Джахангир Аскеров, гендиректор госконцерна AZAL. — Я благодарен этому наследству, которое стало для нас ценным начальным капиталом. Именно на самолетах Ту-154, Ту-134 мы смогли начать свое восхождение к нынешним достижениям».
С 1991 г. Азербайджанская Республика — член Межгосударственного Авиационного Комитета (МАК). В следующем году страна стала полноправным членом Международной организации гражданской авиации (ICAO). Тогда же был официально зарегистрирован национальный перевозчик «Азербайджанские авиалинии». Регулятором отрасли и одновременно поставщиком услуг становится государственный концерн «Азербайджан Хава Йоллары», как наделенный полномочиями лицензирования игроков отрасли, так и аккумулировавший в себе бизнес авиаперевозок, аэропортовую сеть страны, предприятия по аэронавигации, топливообеспечению и т. д.