Постановлением Кабмина Азербайджана от 15 июня 1992 г. в целях создания необходимых условий для подготовки, повышения квалификации и переподготовки авиационных кадров учебно-тренировочный центр Госконцерна «Азербайджан Хава Йоллары» был преобразован в Национальную академию авиации (НАА).
Несмотря на экономические катаклизмы, переживаемые Азербайджаном в тот период, в стране появляются первые «иномарки». В 1993 г. сюда пришла пара Boeing 727–200 (4K-AZ1, ранее — 4К-4201, и 4K-AZ2) выпуска 1968 г. Еще одна машина этого типа выпуска 1971 г. с регистрационным номером 4^AZ8 (позже 4K-AZ42) появилась у «Азербайджанских авиалиний» в 1997 г. Эти «Боинги» проработали в Азербайджане до осени 1998 г.
В 1994 г. в Азербайджанской Республике появляется главный нормативный акт, регулирующий авиаперевозки — Воздушный кодекс. Любопытно, что в принятом документе отсутствовало положение о том, что воздушные суда могут находиться в частной собственности у граждан либо индивидуальных предпринимателей. В том же году в Азербайджане начинают работать две авиакомпании, оставившие заметный след в истории его воздушного транспорта.
Одна из самых крупных холдинговых компаний в Азербайджане, 1шрго1ех Gro^, появившаяся в 1991 г. и занимавшаяся гостиничным и туристическим бизнесом, а также продажей автомобилей, создала авиакомпанию Imair. В парке перевозчика летало четыре Ту-154 и один Ту-134. Все они были приобретены за пределами страны, летали в Москву, Екатеринбург, Сургут и ряд государств СНГ. В конце 2009 г. на фоне мирового кризиса перевозчику пришлось прекратить операционную деятельность.
Авиакомпания Turan Air была создана в 1994 г. как азербайджано-британское совместное предприятие. В общей сложности в парке числилось около десятка самолетов Ту-154, ранее летавших в авиакомпаниях Польши, Латвии и Венгрии. Три Ту-154М были получены из «Азербайджанских авиалиний», которые в свою очередь приобрели их в России в первые годы независимости закавказской республики. Turan Air также специализировалась на рейсах по странам СНГ, совершала полеты в Екатеринбург, Сургут, Новосибирск и Казань. С сентября 2013 г перевозчик, с некоторого времени входивший в Silk Way Holding, прекратил работу
В 1995–1997 гг. в Азербайджанской Республике начинается макроэкономическая стабилизация. За счет реформ в финансовой, бюджетной сфере, прихода в страну иностранных инвесторов и либерализации внешней торговли ситуация стабилизировалась и падение было остановлено. В это время объемы воздушных перевозок национальной гражданской авиации остаются практически на одном уровне: в 1996 г. — 1,251 млн пасс. (рост на 10,6 % к 1995 г.), в 1997 г. — 1,122 млн пасс. (падение на 10,3 % к 1996 е).
Из-за отсутствия с советских времен в Азербайджане больших грузовых самолетов здесь начинают «прописываться» Ан-12 (первая машина появилась тут в 1995 г.) и Ил-76 (в 1997 е). В 1994–1996 гг. в республику поступают четыре грузовых Boeing 707–300 выпуска 1966–1967 гг. (4K-AZ3, 4K-AZ4, 4K-BEK, 4К-401, последний разбился под Баку 30 ноября 1995 г.).
В 1997–1998 гг. в «стране огней» эксплуатируется уникальный самолет Conroy Skymonster CL-44-0 ^иррЦ, построенный в 1969 г. в единственном экземпляре на базе канадского транспортного Canadair CL-44 для перевозки крупногабаритных грузов. Сначала он летал под флагом национального перевозчика, а затем в недолго просуществовавшей авиакомпании Baku Egress.