Приход к власти Ильхама Алиева совпадает с прекрасной конъюнктурой мирового рынка углеводородов — цены на нефть зашкаливают. К 2005 г. ВВП Азербайджана достигает уровня 1990 г. и растет далее двухзначными темпами. Даже в условиях продолжающегося мирового кризиса республика не только не демонстрирует отрицательную динамику, как это произошло во многих странах мира, но и сохраняет тенденцию экономического роста. По данным Государственного комитета статистики Азербайджанской Республики, внутренний валовой продукт по итогам 2012 г. составляет 68,7 млрд долл. (7,5 тыс. долл. на душу населения), что больше уровня 2005 г. примерно в 5 раз.
Новый президент продолжает курс на модернизацию гражданской авиации. На смену Воздушному кодексу 1994 г. в 2005-м приходит закон Азербайджанской Республики «Об авиации», регулирующий использование воздушного пространства страны и определяющий принципы деятельности отрасли. С целью обеспечения рационального управления воздушным транспортом функции государственного управления и регулирования отделяют от коммерческой деятельности. Президентским указом от 29 декабря 2006 г. создается Государственная администрация гражданской авиации. Сегодня она участвует в формировании госполитики в сфере авиатранспорта и ее реализации, осуществляет контроль над безопасностью полетов, формирует на конкурентной основе рынок авиаперевозок. Правда о наличии конкуренции пока говорить вряд ли приходится.
В 2008 г. госконцерн «Азербайджан Хава Йоллары» в ходе приватизации сменил форму собственности, став закрытым акционерным обществом со стопроцентным участием государства. Однако ряд наиболее лакомых активов из него достался Silk Way Elding, который, по данным независимых азербайджанских СМИ, подконтролен младшей дочери президента Арзу Алиевой и жене президента ЗАО «Азербайджан Хава Йоллары» Зарифе Гамзаевой. Сегодня SW Holding включает в себя более двух десятков компаний, в основном работающих в сфере авиационного бизнеса. Среди них две грузовых авиакомпании, бизнес-перевозчик, грузовой терминал и оператор «дьюти фри» в бакинском аэропорту, предприятие бортового питания, провайдер услуг по техническому обслуживанию и ремонту, а также девелоперская компания, построившая ряд объектов наземной инфраструктуры гражданской авиации Азербайджана за бюджетные средства. В SW Holding пассажирской авиакомпании уже нет. Да и та, что была, на одних и тех же направлениях с национальным перевозчиком не пересекалась. Представитель холдинга сообщил «Взлёту», что «Шелковый путь» — не конкурент ЗАО «Азербайджан Хава Йоллары» и аффилирован с ним. Конечно, рынок воздушных перевозок в «стране огней» очень мал. Но в подписанной Азербайджаном Конвенции ООН по борьбе с коррупцией непотизм — т. е. кумовство, отдача приоритета родственным связям — считается одним из видов коррупции.
После поступления новых «иномарок» в 2000 г., пополнение парка национального перевозчика продолжилось только в 2003–2004 гг., когда в республику прибыли пара Boeing 757–200 выпуска 1986 и 1994 гг и 12-летний Airbus A320. Впоследствии «Азербайджанские авиалинии» приобретали более свежую авиатехнику. В 2005–2006 гг., в рамках соглашения, подписанного с европейским авиастроительным консорциумом EADS во время визита Ильхама Алиева в Германию летом 2004 г., авиакомпания получила четыре абсолютно новых лайнера A319. Один из них, приобретенный в VIP-версии A319CJ и имеющий «говорящую» регистрацию 4K-AI02 и надпись «Баку-2» на борту, осуществляет сегодня правительственные перевозки.
В 2007–2008 гг. настал черед расширять и региональный флот. В это время в Азербайджане начинают полеты два 50-местных ATR-42-500 и четыре 70-местных ATR-72-500, полученные напрямую с завода франко-итальянского производителя.