Бондаренко принял участие в обеспечении 1 100 вылетов транспортных самолетов, 900 вылетов бомбардировщиков B-17 и 138 вылетов разведывательных самолетов, и высокое начальство ставило это ему в заслугу. С декабря 1944 года по март 1945 года он сыграл важную роль в эвакуации американских самолетов, потерпевших аварию и совершивших вынужденную посадку на территориях Западной Украины и Восточной Польши. Семь раз он вылетал на помощь американским экипажам, занимавшимся ремонтом поврежденных самолетов. Если кратко, то он был блестящим офицером, и 31 мая 1945 года подполковник Щепанков, которого Бондаренко позже обвинит в коррупции, подписал документы к представлению о награждении майора высокой правительственной наградой: орденом Отечественной войны II степени15
.Бондаренко предъявлял бывшему начальству серьезнейшие обвинения: от морального разложения до государственной измены. Он утверждал, что Ковалев присвоил 2 тонны пшеницы и тонну джема, оставленные на базе американскими летчиками. Продовольствие разделили Ковалев, Щепанков и Демин. Эти же трое офицеров якобы завладели американскими автомобилями, а Демин даже передал местному колхозу джип “Виллис”. Еще одна машина, по его словам, досталась чиновнику из Полтавской области. Бондаренко приложил к письму две фотографии, на которых Ковалев был в кругу американцев, и предположил, что в обмен на кожаный комбинезон Ковалев снабдил американцев секретными авиакартами. Смысл был очевиден: теперь, когда американцы больше не считались союзниками, по этим картам американские самолеты могли лететь для проведения операций против Советского Союза16
.И “авиационное дело”, и “трофейное дело”, затронувшее Жукова и других генералов, в те дни шли полным ходом, и Управление военной контрразведки в МГБ Абакумова приказало провести расследование по обвинениям Бондаренко. Следователи допросили самого Ковалева и многих свидетелей и завершили работу к концу декабря 1947 года. Было установлено, что Ковалев действительно провел немало официальных и частных встреч с американскими офицерами на полтавской авиабазе. Однако утверждения Бондаренко, что Ковалев устраивал с американцами попойки, не подтвердились. Ковалев помогал организовывать обеды, которые давали на авиабазе в честь посла Гарримана, Эллиота Рузвельта, генералов Дина, Уолша и Хилла, и присутствовал на этих обедах. Кроме того, он вместе с подполковником Щепанковым посещал вечера, которые по выходным устраивались в клубе американских офицеров на полтавской базе. Эти обеды и знаки внимания следователи не посчитали “попойками”. Их не интересовало, сколько там пил Ковалев.
Не особо волновали следователей и подарки, которые Ковалев получил от американцев. Пресловутый “кожаный комбинезон” так и не обнаружился, а сам Ковалев, по всей видимости, все голословные обвинения отрицал. Он признал, что порой получал подарки от американцев, но они всегда были взаимными. Генералы Уолш и Дин, гостившие на базе, подарили Ковалеву самозарядное охотничье ружье, авторучку и коробки с духами, а он в ответ прислал им фрукты. От генерала Хилла Ковалев получил шелковый спальный мешок, но и сам во время одного из визитов в Москву преподнес генералу кожаные сапоги. Американцы дарили Ковалеву зажигалки и другие безделушки. Следователи явно не сочли их значимыми.
Следствие установило, что топографические карты действительно были переданы американцам. Но это делалось с официального разрешения: им требовались карты маршрутов в Полтаву из Тегерана и Москвы, а также карты тех районов Западной Украины, где совершались аварийные посадки. Продовольствие, оставленное американцами на полтавской базе, раздали офицерам и солдатам, а часть отправили в штаб Киевского военного округа. Впрочем, установили, что Ковалев и его помощники получили больше остальных. Что касается автомобилей, оказалось, что Ковалеву и Демину они достались не от американской щедрости, а благодаря реквизициям, проведенным Красной армией в Германии. Машину Ковалева доставили в Полтаву из Германии на транспортном самолете, а Щепанков и Демин получили автомобили, изъятые у офицеров-красноармейцев, пригнавших их из Германии в СССР без официального разрешения.
В первую очередь следователей Абакумова интересовало, оставался ли Ковалев когда-либо наедине с американцами. Они установили, что генерал беседовал с полковником Хэмптоном почти всегда в присутствии советских переводчиков. Его незнание английского стало его спасением. Более подозрительными выглядели встречи Ковалева и Хэмптона, на которых присутствовали Джордж Фишер и Сэмюэль Чавкин, которых следователи считали сотрудниками американской разведки. Впрочем, ничего не указывало на то, что на этих встречах произошло нечто нежелательное. К тому моменту майора Бондаренко допросить было уже невозможно – по неизвестной причине он умер в военном госпитале 27 июня 1947 года, за несколько месяцев до того, как его письмо попало в кабинет Берии.