В стремлении сохранить свою роль в государстве руководство РПЦ вынуждено искать союзников, которых оно находит не только в лице официального руководства страны, но и среди различных сил, представляющих «патриотическую» часть политического спектра — от коммунистов до откровенно фашиствующих националистов. Неудивительно, что национал-патриотическая риторика становится едва ли не доминирующей в выступлениях значительной части иерархов РПЦ. Предпринимается вполне осознанная попытка реанимации национально-религиозной идеологии, представляющей православие как исключительно национальную религию русских. В этом контексте представляется вполне справедливым утверждение, что «попытка реанимации… религиозной идеологии… выглядит как некий трагифарс, скрывающий потенциальную угрозу использования „религиозной крыши“ совсем иными политическими силами, рвущимися к абсолютной власти…»
Усиление ультраконсервативных настроений внутри РПЦ создает условия, при которых националистическое течение начинает претендовать в ней на доминирующую роль. Этому во многом способствовала и личная позиция Патриарха Алексия II, который, стремясь обеспечить себе максимально широкую поддержку, был не способен на сколько-нибудь решительное противодействие сторонникам радикального национализма.
Становится все более очевидным тот факт, что значительная часть иерархии, клира и церковной общественности РПЦ тяготеет сегодня к консервативно-патриотическим идеям, а отдельные из них занимают откровенно радикально-националистические позиции. Эту тенденцию, в частности, выражает газета «Русский вестник», стоящая на стыке собственно православного мира и мира околоцерковных «патриотов» и националистов. «Православный национализм» представлен в ее материалах во всей своей полноте.
Судьбы Александра Меня, Глеба Якунина, Георгия Кочеткова, Александра Борисова, Александр Шмемана и некоторых других священнослужителей являются наглядным свидетельством расплаты за церковное инакомыслие, за попытки реформировать и обновить клир. На радость последнего, количество «отщепенцев» в РПЦ невелико — сказывается военная дисциплина и отменная работа церковных «органов».
Место черносотенца Илиодора, организовывающего погромы до революции 1917 г., в 90-е годы занял один из высших иерархов православной церкви, лидер правых экстремистов, член Священного Синода, митрополит Санкт-Петербургский и Ладожский о. Иоанн, умерший 2 ноября 1995 года. Именно этот «святой отец» призывал к этническим чисткам в системе госучреждений наподобие того, что происходило в Германии 1933 года. В книге о. Иоанна «Самодержавие духа» (1994) читаем:
Ростки здорового национально-религиозного самосознания погребены под грудой нечистот «масс-культуры» и фальшивых ценностей «общества потребления». Страной по-прежнему правят богоборцы, космополиты и русоненавистники… Катастрофа состоялась.