Сьмерць Мікалая Чорнага стала сур'ёзным выпрабаваньнем для кальвіністаў Вялікага Княства. Багаслоўскія спрэчкі разгарэліся ўнутры эвангельска-рэфармаванага Задзіночаньня зь нечуванай сілай і прывялі да падзелу адзінага рэфармаванага збору на так званы большы збор - уласна кальвіністаў, верных навуцы Жана Кальвіна, і меншы збор - так званых арыянаў ці антытрынітарыяў, якія самі сябе называлі літоўскімі братамі. Асноўнай прычынай падзелу стала пытаньне пра Тройцу і хрышчэньне дзяцей. Літоўскія браты, падкрэсьліваючы тое, што Ісус Хрыстос быў на 100% чалавекам, пры гэтым нярэдка адмаўлялі Яго роўнасьць Богу Айцу, а таксама лічылі, што кожны чалавек павінен хрысьціцца толькі дарослым, усьведамляючы, што ён робіць. Гэтыя пазыцыі выклікалі зацятыя спрэчкі, аднак так і не стварылі выразнай мяжы паміж большым зборам і меншым, што дазваляе меркаваць, што вядомыя нам скрайнія выказваньні аднаго ці другога боку гаварыліся хутчэй у запале дыскусіі, чым адлюстроўвалі паўсюдна прынятую багаслоўскую пазыцыю. Многія прыхільнікі літоўскіх братоў адначасова не парывалі з большым зборам, як напрыклад, староста берасьцейскі Ян Кішка, які быў найгалоўнейшым апекуном меншага збору ў Вялікім Княстве. Тым ня менш спрэчкі і падзелы ўнутры рэфармацыйнага руху аслабілі пазыцыі рэфарматараў напярэдадні тых падзеяў, якія чакалі нашую дзяржаву.
Вайна з Масквою, якая цягнулася ўжо шмат гадоў, востра паставіла перад Вялікім Княствам даўняе пытаньне пра вунію (саюз) з Польскім Каралеўствам. Ваенная машына Маскоўскай дзяржавы, скіраваная на заваёву новых земляў, моцна пераўзыходзіла абарончыя магчымасьці Княства, і нашай краіне выразна не ставала сваіх сілаў, каб супрацьстаяць усходняму агрэсару. У 1563 годзе пачаліся перамовы дэлегацыі Вялікага Княства з прадстаўнікамі Польскай Кароны пра ўмовы аб'яднаньня дзяржаваў. Польскі бок, спасылаючыся на старыя акты часоў Ягайлы, настойваў на стварэньні адзінай дзяржавы, але беларускія паслы на чале зь Мікалаем Радзівілам Чорным прынцыпова стаялі на пазыцыі захаваньня незалежнасьці Вялікага Княства. Спрэчкі цягнуліся не адзін год, тым часам вайна працягвалася, зьнясільваючы краіну. Шляхта, на плячох якой ляжаў асноўны цяжар вайны, усё грамчэй патрабавала вуніі, згаджаючыся на польскія ўмовы.
Урэшце ў студзені 1569 году ў Любліне сабраўся супольны сойм Вялікага Княства Літоўскага і Польскага Каралеўства, каб разгледзець пытаньне саюзу. Дэлегацыя Княства зноў рашуча не пагадзілася зь ідэяй уключэньня сваёй краіны ў склад Польскага Каралеўства і ў знак пратэсту пакінула Люблін. Тады Жыгімонт Аўгуст, карыстаючыся сваёй уладай вялікага князя літоўскага, далучыў да Польскага Каралеўства Падляшша, Валынь і Кіеўшчыну, тым больш, што тамтэйшая шляхта была найбольш прыхільная вуніі, спадзяючыся знайсьці праз гэта абарону ад Масквы і ад татараў. Вільня была шакаваная такім ходам падзеяў, нават чуліся галасы пра вайну з Польшчай, але калі з заходнім суседам яшчэ можна было весьці перамовы, то зь Іванам Жахлівым размаўляць было няма пра што: там, дзе прайшлі маскоўскія войскі, заставалася выпаленая зямля. Паслы Княства зноў паехалі ў Люблін, каб адстойваць самастойнасьць сваёй дзяржавы і дасягнуць нейкага кампрамісу. 1 ліпеня 1569 году быў абвешчаны акт стварэньня Рэчы Паспалітай Двух Народаў, фэдэрацыі Польскага Каралеўства і Вялікага Княства Літоўскага, якая мела аднаго караля і адну зьнешнюю палітыку, але два войскі, два скарбы (фінансавыя сыстэмы), два зборнікі законаў.
Саюз кальвінскага Вялікага Княства зь пераважна каталіцкім Польскім Каралеўствам пачаў новую старонку ў гісторыі Беларусі, але ў той час мала хто мог прадбачыць, што будзе далей. На Люблінскім сойме амаль усе паслы Вялікага Княства былі кальвіністамі ці лютаранамі, а сярод польскай дэлегацыі эвангельскія хрысьціяне складалі недзе чвэрць. Нягледзячы на гэта многія ў Беларусі меркавалі, што прынцыповых зьменаў ва ўнутранай палітыцы Рэчы Паспалітай Двух Народаў не прадбачыцца.