Тым часам у Польшчы рэфармацыйны рух пайшоў на спад, і каталіцкая царква пачала паціху адваёўваць свае пазыцыі. На чале гэтай дзейнасьці, званай Контррэфармацыяй, сталі езуіты, манаскі ордэн, які меў сваёй мэтай усталяваньне ўлады каталіцкай царквы на ўсім сьвеце. У 1569 годзе першыя езуіты прыехалі ў Вільню па запрашэньні віленскага біскупа Пратасевіча і ў наступным годзе адчынілі сваю школу. Эвангельскія цэрквы Вялікага Княства, у той час вельмі моцныя і пашыраючыя свае ўплывы, проста не заўважылі зьяўленьня ў сталіцы свайго ў недалёкай будучыні найнебясьпечнейшага ворага. Увага ўсіх была засяроджана вакол спрэчак паміж большым і меншым зборамі, і на гэта былі кінутыя інтэлектуальныя і матэрыяльныя сілы эвангельскіх хрысьціянаў. Аднак самыя дальнабачныя зь лідараў Рэфармацыі ў Вялікім Княстве разумелі неабходнасьць супольных дзеяньняў прадстаўнікоў розных накірункаў рэфармацыйнага руху. У сакавіку 1570 году зь ініцыятывы Мікалая Радзівіла Рудога ў Вільні была заключана дамова паміж лютаранамі і кальвіністамі, якая тычылася ня столькі дагматычных пытаньняў, колькі пытаньняў супрацоўніцтва, кансультацыяў, узаемнай дапамогі. Прыклад Вялікага Княства падзейнічаў, і празь некалькі месяцаў у Сандаміры было заключана падобнае пагадненьне, якое ахоплівала эвангельскіх хрысьціянаў усёй Рэчы Паспалітай.
У 1572 годзе памёр, не пакінуўшы нашчадка, Жыгімонт Аўгуст, апошні з дынастыі Ягайлавічаў. Паўстала пытаньне, хто будзе наступным каралём і вялікім князем. Многія ў Рэчы Паспалітай схіляліся да кандыдатуры Генрыка Валуа, брата францускага караля Карла IX. Сярод беларускіх кальвіністаў гэта выклікала трывогу, бо акурат у той самы час уся Эўропа была шакаваная весткай пра ноч сьвятога Баўтарамея, калі ў Францыі было забіта каля 50 тысячаў гугенотаў (так у Францыі называлі кальвіністаў) толькі за тое, што яны ня моляцца як католікі. Калі ў студзені 1573 году шляхта Рэчы Паспалітай сабралася ў Варшаве, каб акрэсьліць умовы жыцьця краіны пад час бескаралеўя, Мікалай Радзівіл Руды, падтрыманы Астафеем Валовічам і Паўлам Пацам, выступіў зь ініцыятываю заканадаўча замацаваць рэлігійную талерантнасьць, каб захаваць дзяржаву ад рэлігійных войнаў. У выніку галасаваньня быў прыняты акт Варшаўскай канфэдэрацыі, адзін з пунктаў каторага гаварыў: «А іж в Речы Посполітой ест розность немалая з стороны веры хрестіяньское, забегаючы тому, абы се с тое прычыны межы людмі заістье якое шкодлівое не вщело, которую по іншіх королевствах ясне відім, обецуем то собе сполне за нас і за потомкі нашы на вечные часы покой межы собою заховаті, а для розное веры і отмены в костелах крові не пролівать, ані се караті отсуженьем маетності, почстівостью, везеньем і выволаньем, і зверхності жадное, ані уряду до такового поступку жадным способом не помагать».
Гэта быў першы ў сьвеце прававы акт, які дэкляраваў прынцыпы раўнапраўя паміж людзьмі розных веравызнаньняў. Для Эўропы, ахопленай полымем рэлігійных войнаў, Варшаўская канфэдэрацыя стала прыкладам, як укладаць справы свабоды сумленьня. Пяць месяцаў раней у Парыжы быў абвешчаны каралеўскі дэкрэт, забараняючы па ўсёй Францыі ўсялякія сабраньні, пропаведзі і служэньні эвангельскіх хрысьціянаў, пагражаючы за яўнае ці патаемнае вызнаньне «герэзіі» сьмерцю. Аж да канца XVI стагодзьдзя францускія гугеноты ставілі Рэч Паспалітую ў прыклад сваім суайчыньнікам.
Увогуле, час першага бескаралеўя паказаў, на што здольны народ, у якім жывуць ідэі Рэфармацыі. Уладу ў Вялікім Княстве ўзяў на сябе сэнат на чале зь вялікім гетманам Радзівілам Рудым. Шляхта па ўсёй краіне пачала склікаць «каптуры» - канфэдэрацыі на ўзроўні ваяводзтва, якія павінны былі захаваць цэласнасьць дзяржавы і забясьпечыць унутраны супакой на час бескаралеўя. «Калі б хто парушаў парадак, рабаваў ці забіваў, будзем таго лічыць па-за законам, жыцьця яго пазбавім, маёмасьць яго спустошым», - пісалася ў адным з тагачасных унівэрсалаў (пасланьняў). На шляхах і ўздоўж межаў краіны зьявіліся ўзброеныя шляхецкія аддзелы. Да вялікага зьдзіўленьня сваіх і чужых не было ніякага замяшаньня. За паўтары гады адсутнасьці манарха ў Вялікім Княстве не пралілося ані кроплі крыві. Унутраны парадак у дзяржаве забясьпечылі самі ліцьвіны, выдатна здаючы іспыт на грамадзянскую сьпеласьць.