Прежде чем надеть императорскую корону – каково и было его намерение, – Андроник счел необходимым привязать к себе тех членов семьи Комнинов, которых он не отправил в ссылку и не казнил. Ему также очень хотелось избавиться от патриарха Феодосия, который пользовался огромной популярностью в народе. Чтобы достичь этих целей разом, он предложил своей незаконнорожденной дочери Ирине от любовницы Феодоры Комнины – дочери брата Мануила Исаака севастократора – заключить брак. Ирина должна была выйти замуж за незаконнорожденного сына Мануила Алексея протостратора, матерью которого была другая Феодора Комнина – дочь одного из братьев Мануила. Однако Ирина и Алексей состояли в запрещенной степени родства. Андроник отправил в синод краткое письмо, которое было зачитано и народу, в котором доказывал (если верить Никите Хониату), что этот брак будет способствовать соединению восточной и западной частей империи и освобождению узников, равно как и продвижению многого другого, полезного народу. Мнения в синоде разделились, но его большинство, подкупленное деньгами и почестями, одобрило этот союз, и церемония бракосочетания состоялась под руководством архиепископа Болгарского. Одержавшие верх члены синода утверждали, что раз оба ребенка незаконнорожденные, то они в глазах закона не имеют отношения к своим отцам, а значит, нет никаких препятствий для заключения брака. Патриарх Феодосий не смог «проглотить» такой довод и отказался одобрить этот брак, несмотря на угрозы; но он добровольно удалился в монастырь на острове Теревинф, где и прожил оставшуюся жизнь. Андроник с радостью воспринял эту молчаливую отставку и избрал нового патриарха Василия Каматира (не путать с его тезкой – ослепленным логофетом дрома), который возглавлял проан-дрониковское духовенство.
Теперь препятствия к тому, чтобы Андроник надел императорский пурпур, были убраны; не хватало только оправданий. Зная, что толпа верит его словам и доверяет лишь ему в спасении империи, он принялся будоражить общественное мнение, которое должно было потребовать его коронации. Сначала он начал громко сетовать на свои невыносимые ношу и страдания, которые он претерпевает, служа народу, и вздыхать по своей былой приятной жизни в Понте, где он наслаждался богатством и сокровищами искусства. Он попросил освободить его от его трудов, утверждая, что иконы Одигитрии достаточно, чтобы защитить город от бед. В то же время он приказал демагогам разжигать в народе суеверный страх того, что если он покинет город, то город погибнет, если он, Андроник, не будет связан с Алексеем II. Многих людей из народа, а также тех аристократов, которые были приверженцами Андроника, взволновала эта угроза; восстания в городах Вифинии – Никее и Бурсе – стали финальным аккордом. Итак, в сентябре 1183 г. Андроник подготовил декларацию о необходимости иметь зрелого правителя, наряду с более младшим, и его доверенные лица стали подстрекать народ кричать: «Долгие лета Алексею и Андронику Комниным, великим римским императорам!» Собравшиеся массы народа сопровождали Андроника из его резиденции в Патриаршем дворце во Влахернский дворец на другом конце города. Обнаружив, что дворец заполнен людьми, которые уже оказывают Андронику императорские почести, Алексей II нехотя согласился, чтобы тот стал его соимператором. На следующий день Андроник был коронован в Святой Софии, и его имя теперь звучало первым в приветственных возгласах на том основании, что имя более старшего по возрасту должно предшествовать имени более младшего. Еще раз дав клятву поддерживать Алексея II, Андроник въехал в Большой дворец через церковь Христа в Халки вопреки традиции.
Следующий шаг – избавиться от Алексея II. Вскоре после своей коронации Андроник собрал своих друзей, которые заявили, что империи нужен только один правитель, и осудили молодого на смерть. Стефан Агиохристофорит, Константин Трипсих и Феодор Дадиврин были назначены исполнителями приговора. Однажды ночью они задушили Алексея II шнуром и принесли его тело Андронику, который будто бы пинал его и оскорблял родителей Алексея. Ему прокололи одно ухо, и к нему была приложена печать Андроника; затем у тела отрезали голову и поместили ее в Калабат. Тело было погребено со стенаниями в море хартулариями Иоанном Каматиром и Феодором Хумном. Андроник попросил патриарха Василия Каматира освободить его от клятв, данных им Мануилу и Алексею II, и от любых других клятв, которые он уже нарушил. В обмен на это отпущение грехов патриарх потребовал, чтобы на придворных церемониях он и синод сидели на низких стульях рядом с троном; эта просьба была удовлетворена, но, как утверждает Никита Хониат, эта привилегия просуществовала лишь несколько дней.
Почти не оплаканный, Алексей II исчез с исторической сцены, так и не сыграв сколько-нибудь значительной роли. Константинопольская чернь, которая раньше проявляла какую-то привязанность к сыну Мануила, предпочла сильного правителя юноше с сомнительными способностями.