Тем не менее узурпация власти и убийство не могли не повлечь за собой проблем. Армия Андроника под командованием Алексея Враны и Андроника Лайарда воевала на берегах Нишавы и Моравы с вторгшимися венграми. Врана и солдаты, видимо, были верны новому императору, но Лапарда сильно обеспокоила произошедшая смена власти. Будучи в прошлом противником протосеваста и приверженцем Марии Порфирородной, он не был верным сторонником Андроника. Он также был женат на племяннице Мануила Комнина и поэтому имел причину опасаться преследований со стороны Андроника как член императорской семьи. Не находя поддержки своим взглядам в балканской части империи, он принял решение присоединиться к мятежникам в Вифинии. Он оставил армию и сначала отправился посоветоваться со своей семьей в Адрианополь, откуда начали распространяться слухи о его намерении. Андроник настолько боялся военной доблести этого человека, что написал правителям в Азии, что Лапард идет на восток с официальной миссией и все, что он будет делать, согласуется с волей императора. Наряду с этой попыткой дискредитировать Лапарда в глазах руководителей восстания он направил тайные указания своим доверенным лицам. Лапард со своими друзьями поплыл через Мраморное море, но когда он сошел на берег в Атрамиттионе, то был схвачен Кефалом, местным властным лидером, который был там блюстителем интересов Андроника. Лапард был ослеплен и заключен в монастырь Христа Пантепопта в Константинополе, где и закончил свои дни.
Если справиться с Андроником Лапардом оказалось легко, то с мятежниками в Вифинии все было не так просто. Как уже говорилось ранее, их восстание началось в сентябре 1183 г. и послужило Андронику оправданием надеть императорский пурпур. Почву для восстания следует искать в сопротивлении провинциальных магнатов и местных чиновников плану реформ Андроника. В Никее восстание возглавили Феодор Кантакузин и Исаак Ангел; в Бурсе – Феодор Ангел и двое менее известных людей Лев Синесий и Михаил Лахан, которые, возможно, были должностными лицами при прежней власти. Братья Ангелы недавно возвратились из Сирии, куда они бежали с отцом; другой их брат, Константин, незадолго до этого был брошен в тюрьму, возможно, после своего необдуманного возвращения в Константинополь. Зимой 1183/84 г. Андроник оставил бунтовщиков в покое, хотя все же написал «глупцу» Синесию и «бездельнику» Лахану, чтобы они прекратили либо бунтовать, либо жить, «так как причинение нам вреда и ваше существование не угодны Богу и неприемлемы для нас, Его слуги». Той же зимой город Лопадион, находившийся на берегу реки Риндакос, присоединился к восставшим.
Как только вторжение венгров перестало представлять угрозу, Алексей Врана повел свою армию из Европы на помощь Андронику для нападения на Вифинию. Сначала Врана был отправлен в Лопадион; он захватил его, а затем присоединился к Андронику, осаждавшему Никею. Этот город со множеством недовольных солдат и наемников-турок держался стойко; особый гнев у Андроника вызывали его жители, которые со стен города выкрикивали в его адрес грубые оскорбления. Когда с помощью дерзких вылазок жителям города удалось уничтожить осадные машины Андроника, тот прибег к военной хитрости. Из Константинополя была привезена мать Ангелов Евфросинья Кастамонитисса и привязана к верхней части кожуха тарана. Осажденные пришли в ужас, но не в смятение, перебили солдат у тарана точными попаданиями метательных снарядов спасли женщину и сожгли таран. Андроник был обескуражен и разбранил своих людей за неповоротливость.
Однажды Феодор Кантакузин следил за проезжавшим мимо городских стен Андроником и совершил вылазку из восточных ворот, чтобы напасть на него напрямую. Но нападение Кантакузина было столь стремительным, что его конь упал, а сам он вылетел из седла и был мгновенно убит пехотинцами Андроника. Кантакузин был душой обороны города, и его смерть привела жителей в крайнее отчаяние. Исаак Ангел был настроен заключить мир, и архиепископ вывел процессию, состоявшую из женщин, детей и представителей духовенства, молить о пощаде. Андроник пощадил население, но казнил или отправил в ссылку многих знатных людей, а турецких наемников он приказал посадить на колья и поставить их вокруг города. Исаак Ангел был отправлен назад в Константинополь целым и невредимым, получив разрешение мирно жить в своем родовом особняке. Позднее Михаил Хониат похвалил его за то, что он смягчил гнев жестокого Андроника и спас городское население.