С возрастом Бен-Гурион становился все более раздражительным, негибким и авторитарным, а его стиль принятия решений - все более индивидуальным и идиосинкразическим. Он все больше полагался на молодых и энергичных помощников и на личную дипломатию, минуя Кнессет, правительство и МИД. Своим поведением он вызывал недовольство старших коллег по партии и особенно ранее лояльной Голды Меир, которая была неисправимо тщеславна и подозрительна и быстро обижалась. Неоднократно он пытался заверить ее в том, что полностью доверяет ей, но такт не был его сильной стороной, и обычно все заканчивалось тем, что он усугублял ситуацию. В 1960 году появились доказательства того, что полковник Биньямин Гибли в 1954 году подделал документы, чтобы возложить на Пинхаса Лавона ответственность за неудачную операцию в Египте, которую на публике до сих пор можно было назвать лишь косо. Лавон потребовал от премьер-министра очистить его имя. Бен-Гурион ответил, что не может этого сделать, поскольку не является судьей. Дело Левона продолжало развиваться, разрывая Мапай на части и доводя до предела ослабевающие умственные способности Бен-Гуриона. За "делом Левона" скрывалась жестокая борьба между двумя фракциями Мапай за преемственность "старика". В одной группе были "молодые", такие как Моше Даян, Шимон Перес и министр жилищного строительства Гиора Йосефталь, которые пользовались непостоянной поддержкой Бен-Гуриона. С другой стороны, ветераны Мапай, такие как Голда Меир, Леви Эшколь и Пинхас Сапир, были солидарны с Исером Харелем, могущественным главой Моссада. Внутренняя политика византийской сложности оказалась вплетена в дебаты о внешней и оборонной политике страны.
Одним из главных предметов разногласий стало привлечение немецких ученых к разработке ракет в Египте. В июле 1962 г. мир был удивлен запуском Египтом ракет класса "поверхность-поверхность", которые, как утверждалось, могли поразить любую цель к югу от Бейрута. Это сопровождалось сообщениями в прессе о том, что немецкие ученые также помогают Египту разрабатывать нетрадиционное оружие радиоактивного типа. Иссер Харель считал, что египетская программа создания оружия представляет смертельную опасность для безопасности Израиля. Поэтому он развернул кампанию по преследованию и запугиванию немецких ученых, например, посылая им бомбы с письмами. Он также требовал проведения активной дипломатической кампании против правительства Германии, которое он подозревал в соучастии. Харела поддержала не только оппозиционная партия "Херут", но и Голда Меир и некоторые ее коллеги. Бен-Гурион же считал эти сообщения сильно преувеличенными и не хотел ставить под угрозу масштабную экономическую и военную помощь, которую Израиль получал от ФРГ.
Шимон Перес решительно опроверг анализ и политические предложения Хареля. Бен-Гурион также получил доклад от генерал-майора Меира Амита, директора военной разведки, в котором преуменьшалась опасность, исходящая от египетской программы создания оружия. Бен-Гурион выступил против Хареля, с которым он работал в согласии на протяжении предыдущих пятнадцати лет. 25 марта 1963 г. Харель подал в отставку с поста главы Моссада, назвав единственной причиной разногласия с премьер-министром по поводу немецких ученых, работающих в Египте. Его сменил Меир Амит. Харель использовал вновь обретенную свободу для мобилизации общественного и парламентского мнения против политики умиротворения Германии, которую он считал политикой своего бывшего шефа.
Наметились признаки изменения и в отношении Бен-Гуриона к Насеру, хотя на публике он продолжал выражать свою политику вызывающим тоном. Наращивание силы сдерживания Израиля по-прежнему оставалось в числе его приоритетов, но он внимательно следил за признаками перемен и на арабском направлении. Убеждение, которым он руководствовался все это время, заключалось в том, что ничего нельзя сделать для достижения мира, пока арабы не признают, что Израиль непоколебимо силен. Теперь он пытался оценить, достигнут ли этот рубеж. Ключ к разгадке находился у Насера. Он, несомненно, был самым важным лидером в арабском мире. Если бы он согласился на примирение с Израилем, другие арабские лидеры последовали бы его примеру. Но Бен-Гурион не мог с уверенностью сказать, каковы сейчас взгляды Насера на судьбоносную тему такого примирения. Поэтому он взял на себя инициативу и попросил других мировых лидеров, включая У Ну из Бирмы и президента Югославии Тито, попытаться организовать секретную встречу между ним и Насером.