Сохранилось свыше полутораста писем Маргариты к её брату. Они написаны в разное время, но сходны в одном: каждая строка в них идёт прямо от сердца и продиктована неподдельной, никогда не ослабевающей любовью. В этой любви есть всё: забота, помощь, ласка, нежность — она дрожит над ним, как мать над ребёнком, в этой любви нет только эгоизма — ему всё прощалось, для него всё переносилось.
Среди них есть одно послание, датированное февралём 1521 года, которое и дало повод любителям копаться в грязном белье усомниться в добродетели сестры Франциска: «…Сир, Вам угодно было написать, что Вы дадите мне знать, если захотите продолжить. Это позволило мне не оставить надежды на то, что Вы не захотите прогнать тех, кто более всего хочет Вас видеть, несмотря на то, что то (желание) хуже, чем дурно. Мой жребий был предопределён, если бы Вам никогда не потребовалась честная и давняя служба, которую я несла и несу ради Вашего благополучия. Кромешная тьма сотен тысяч заблуждений заставила Вас воспользоваться моей покорностью, так, по меньшей мере, удостойте же меня чести, сир, не усугублять мою жалкую ничтожность, требуя повторения моего поражения, которое, Вы ведь знаете, без Вас было бы невозможно. В записке, которую я Вам отправляю, я не умоляю о конце моих несчастий, так как не помышляю о начале новой жизни. Моё послание засвидетельствует Вам, что, хотя я и не могу выполнить Ваших желаний, я буду и впредь делать для Вас то, что в моих силах, — непрестанно думать о Вас. В ожидании того часа, когда я смогу увидеть Вас и поговорить с Вами, сир, стремление приблизить этот миг подталкивает меня со всей скромностью просить о том, чтобы Вы сообщили мне с этим гонцом, если Вас не слишком затруднит, могу ли я надеяться. В случае отказа я ожидаю следующего события. И дурная погода, и опасный путь превратятся для меня в приятный отдых, если Вы соизволите допустить меня к себе и, сверх того, предадите огню эти строки и сохраните тайну. В противном случае всё, что меня ожидает, это хуже, чем смерть, моя несчастная жизнь. Живу лишь одной мыслью о Вас. Это даёт мне уверенность, но без Вас не смогу верить. Поэтому, протягивая руки, молю о милосердии. Ваше совершенство извиняет Ваше равнодушие к тому, что хуже, чем смерть. Лишь Вам одному я завещаю всю мою волю, весь мой разум. Возьмите, ибо моя настойчивость будет бесконечной. Иначе всё будет навсегда кончено. А это хуже, чем смерть. Ваша более чем скромнейшая подданная и нижайшая, сир, служанка».
Подписи нет, но в послании есть намёки, свидетельствующие о физической близости между королём и его корреспонденткой, которой, по мнению части исследователей, является Маргарита. По-видимому, после близости с братом она уехала к мужу. А в марте Франциск I уже отсылает герцога Алансонского в действующую армию. Возможно, последний что-то узнал и король хотел обезопасить свою сестру от мести разъярённого супруга. Однако кроме этого письма нет никаких свидетельств, что взаимная привязанность брата и сестры выходила за рамки приличий и родственной близости. Поэтому, на мой взгляд, судя по стилю записки, она принадлежала графине Шатобриан, фаворитке короля, почерк которой, по свидетельствам других учёных, был сходен с почерком Маргариты. К тому же, вместо обычного обращения к брату «монсеньор», здесь повсюду — «сир». Прибавим к этому, что никто из историков XVI века не заподозрил принцессу в безнравственности, и даже Брантом, хроникёр придворных приключений известного рода, не нашёл ничего пикантного, чтобы включить в биографию Маргариты. Напротив, на первой же странице он говорит о её «великих добродетелях». Таким образом, в эпоху, когда распущенность нравов была очень велика, когда почти ни одно мало-мальски известное имя не могло не упоминаться в скандальных хрониках, когда при дворе господствовали фаворитки, одно только имя осталось незапятнанным, имя Маргариты Ангулемской.