На самом деле Брисоннэ вовсе не желал умирать за веру. Благодаря своим могущественным друзьям и связям он вскоре снял с себя обвинение в ереси. Однако, защищая епископа Мо, Маргарита не посмела открыто вступиться за Лефевра и его друзей. Поэтому от Брисоннэ потребовали отозвать разрешение на проповедь у «сектантов» по всей своей епархии. Под давлением Сорбонны весной 1523 года он не только издал указ о запрещении проповедовать Лефевру и его товарищам, но также изгнал их из епархии Мо. Однако Маргарита добилась возвращения во Францию Мишеля д'Аранда, которого назначила своим капелланом и раздатчиком милостыни. Кроме того, по её настоянию король назначил комиссию с целью расследования оснований для обвинения в ереси Лефевра. Теологи Сорбонны выразили против этого протест и даже осмелились угрожать Маргарите, но Франциск под влиянием сестры остался твёрд в своей решимости оправдать учёного. Поселившись в Блуа под защитой герцогини Алансонской, Лефевр триумфально доказал свою невиновность. Позже Маргарита добилась назначения его на двойную должность наставника младшего сына Франциска и королевского библиотекаря.
Следующей жертвой кровожадного Беды стал Луи де Беркен, офицер королевской гвардии, который впервые привлёк к себе зловещее внимание синдика эпиграммами и остроумными шутками, отпускаемыми в адрес Сорбонны. Один из самых просвещённых людей своего времени, он проводил часы досуга за переводами на французский язык трудов своего друга Эразма и других реформаторов. Из-за замкнутости и необщительности Беркена против него трудно было выдвинуть обвинение. Однако Беда приказал строго следить за каждым словом, произнесённым им, и, в конце концов, его настойчивость была вознаграждена: якобы, его предполагаемая жертва призывала Деву Марию вместо Святого Духа перед проповедью во время мессы и называла её «нашей надеждой и нашей жизнью», титулами, принадлежавшими только Богу. На этом основании Беда подал жалобу от имени Сорбонны и получил от парламента полномочия обыскать жилище Беркена и конфисковать его книги и бумаги. После этого синдик во главе банды чиновников и сержантов внезапно окружил дом реформатора. Приказав взять Беркена под стражу, он приступил к изучению его книг и бумаг. Кроме сочинений Аристотеля и других мудрецов Беда нашёл в его доме труды Лютера, Эразма, Меланхтона и Лефевра. По приказу синдика книги были конфискованы, чтобы предъявить их в качестве доказательства виновности обвиняемого. Переводы произведений, написанных рукой Беркена, были тоже изъяты. 13 мая 1523 года Сорбонна скопом признала книги и бумаги, принадлежавшие Беркену, еретическими, за что его вызвали в суд. После решительного отказа учёного признать свои ошибки, он был брошен в тюрьму Консьержи.
Друзья Луи де Беркена, однако, активно выступали в его защиту, надеясь также на вмешательство сестры короля, поскольку Маргарита всегда выражала восхищение талантами учёного и оказывала ему многочисленные знаки внимания. К счастью, герцогиня Алансонская не колебалась: решительная и великодушная, она пока обладала достаточной властью и мужеством, чтобы защищать тех, кто разделял её убеждения. Ей удалось убедить брата:
— Со стороны Сорбонны — это наглость арестовать одного из Ваших офицеров под таким легкомысленным предлогом, не удостоверившись предварительно в Вашем королевском соизволении.
Выразив своё недовольство парламенту, Франциск отправил офицера своей стражи в сопровождении сержанта в Консьержи, епархиальную тюрьму, с приказом о немедленном освобождении Беркена:
— Если вы встретите какое-либо сопротивление, я разрешаю вам взломать тюремные ворота.
После своего освобождения Беркен отделался лёгким выговором и был немедленно восстановлен в своей должности при дворе.
Тем временем Сорбонна совместно с францисканцами продолжила преследование других инакомыслящих в городе Мо. После бегства Лефевра и его коллег толкованием Священного Писания там занялся Жан Леклерк, бедный чесальщик шерсти, который был одним из самых прилежных и преданных учеников реформатора. В течение нескольких недель всё шло благополучно, пока он неосмотрительно не выпустил прокламацию против папы римского, в которой заклеймил понтифика, как Антихриста:
— Господь вскоре уничтожит его дыханием Своих уст.
С безрассудной смелостью Леклерк, подражая Лютеру, приказал прикрепить свой манифест ночью к дверям собора Мо. Однако утром горожане в смятении осадили епископский дворец с призывами о мести нечестивому богохульнику. Францисканцы тоже вмешались в схватку и отправили гонцов за инструкциями в парламент и Сорбонну, в то время как Леклерк был арестован и немедленно привлечён к суду, на котором Брисоннэ был вынужден председательствовать. Приговор был таков: Леклерка три дня подряд били розгами, водя по улицам Мо, затем поставили клеймо на лбу и изгнали из епархии.