С самого начала своего управления Русскою Церковью патриарх Никон ревностно принялся за устранение неисправностей в церковной жизни, он решился более энергично продвинуть Русь по пути к эллинизму. Патриарху Никону было поручено провести церковную реформу, которая прошла в 1653–1655 годы и затронула в основном церковные обряды и книги, которые были исправлены по греческим образцам. Став патриархом, Никон вскоре порвал со своими недавними соратниками по кружку «ревнителей благочестия», сохранявшими приверженность «старине». Он взял за основу греческие книги и начал решительно внедрять новые церковные обряды по киевскому и греческому образцам. Поскольку в те времена религия рассматривалась, прежде всего, как совокупность обрядов, то унификация и регламентация обрядовой практики имела большую значимость. Церковные нововведения не затрагивали основы русской религиозной веры, они коснулись только обрядовой стороны церковной жизни.
В начале 1653 года всем церковным приходам и монастырям была направлена «Память» патриарха Никона, которая предписывала внести изменения в богослужебный чин и основные церковные обряды. Так, обычай креститься двумя перстами был заменен троеперстием; вокруг аналоя двигаться следовало теперь не по солнцу, а против него; слово «аллилуйя» во время молитвы должно было произноситься не два раза, а три; земные поклоны заменялись поясными, многоголосие – единоголосием, пасхальный крестный ход посолонь – крестным ходом навстречу солнцу, семипросфорную литургию – пятипросфорной. Изменения вносились и в облачение русского духовенства (архиерейский посох, клобуки и мантии). В самом тексте богослужебных книг произведены замены одних слов другими, по сути равнозначными. Так «певцы» заменены «песнопевцами», «вечное» – «бесконечным», «видевшие» – «узревшими» и т. д. Патриаршия «Память» сразу вызвала большое замешательство, а затем открытый протест «провинциальных боголюбцев», которые вскоре подали челобитную царю с указанием «никоновских неправд». Однако Алексей Михайлович и его ближние бояре Б.И. Морозов, И.И. Милославский, И.Д. Пронский и другие отвергли все обвинения челобитчиков и полностью поддержали патриарха в его благих деяниях.
В Москве весной 1654 года собрался собор русских епископов, на котором присутствовали и восточные патриархи. Патриарх Никон указал собору неисправности и разногласия печатных церковных книг в сравнении с древними греческими и русскими письменными книгами, в которых одинаково изложены все чины и уставы.
Собор единогласно решил исправить богослужебные книги согласно древнейшим рукописям русским и греческим и упразднить все нововведения и отступления от древних уставов. На церковном соборе было принято постановление переиздать церковные книги, исправив их по верным текстам, по славянским пергаментным и древним греческим книгам. С православного Востока и из разных углов России в Москву навезли горы древних рукописных книг греческих и церковно-славянских. Исправленные по этим книгам новые издания были разосланы по русским церквам с приказанием отобрать и истребить неисправные книги, старопечатные и старописьменные.
В том же 1654 году патриарх Никон послал грамоту константинопольскому патриарху, в которой указывал на свое намерение уничтожить неисправности, вкравшиеся в русские богослужебные книги. В послании Никон спрашивал, как нужно слагать персты для крестного знамения и для благословения и как поступить с теми, которые противятся распоряжениям церковной власти. Грамота Никона обсуждалась в Константинополе, на соборе. Константинопольский собор одобрил намерение русского патриарха и в ответной грамоте писал, между прочим, что греческая Церковь содержит древний обычай креститься тремя первыми перстами правой руки, сложенными вместе во образ Св. Троицы, a архиереи и священники благословляют людей, складывая пальцы именословно, т.е. так, что ими изображается имя Господа – Ис. Хс. – Иисус Христос.
В апреле 1656 года русские святители снова собрались в Москве на церковном соборе, при участии антиохийского патриарха и сербского митрополита. Всесторонне рассмотрев вопрос о сложении перстов, постановили такое определение: «Если кто-либо с этого времени, зная (настоящее определение), не послушает и не будет изображать крестное знамение так, как издревле прияла св. Церковь, как и ныне содержат вселенские патриархи, как было и здесь (в России) до напечатания (подложного) слова Феодорита, а именно тремя первыми перстами правой руки во образ Св. Троицы, того мы считаем отлученным от Церкви».
Сторонники двуперстия были преданы анафеме и подверглись ссылке и заточению. Самые ярые идейные противники патриарха, в частности, Даниил и Логин, были лишены духовного сана и отлучены от церкви, а другие – Аввакум и Иван Неронов сосланы на покаяние в дальние монастыри.