Еще одна важная задача для наших бомбардировщиков состояла в бомбардировках морских целей противника. Опять же в первый месяц боевых действий против кораблей противника действовали только бомбардировщики СБ и гидросамолеты МБР-2 и ГСТ, проявившие абсолютную неэффективность при выполнении этих задач. Только с появлением двух пикирующих бомбардировщиков Пе-2 с отлично подготовленными экипажами появились результаты работы авиации по морским целям противника. Всего же в 1941 году на Севере советские ВВС нанесли 39 бомбардировочных ударов по морским целям. При этом экипажи Пе-2 и СБ тяжело повредили один эсминец, один транспорт и потопили два мотобота. Кроме того, по данным противника, повреждения в авианалетах получили еще два немецких транспорта, но конкретных данных о том, когда это произошло, не имеется. Важнейший результат, которого добились экипажи Пе-2 10 августа, состоял в том, что, сильно повредив эсминец противника, они вынудили немцев вообще прекратить действия своих надводных боевых кораблей вдоль Мурманского побережья. Немецкие самолеты, в основном пикирующие бомбардировщики Ю-87 и Ю-88, в 1941 году произвели 102 налета на наши корабли в Заполярье (по данным «Хроники Великой Отечественной войны Советского Союза на Северном морском театре»), при этом им удалось потопить 3 боевых корабля (эсминец, сторожевой корабль и тральщик), 4 различных судна (пароход, баржа, шаланда и рыболовный траулер), а также 10 мотоботов и катеров, кроме того, авиацией противника были серьезно повреждены 2 сторожевых корабля, 3 судна, 2 мотобота и сторожевой катер.
Важное место в общей задаче борьбы за господство в воздухе в советских ВВС отводилось истребителям: