Руководство «Талибана» и многие его члены отправились в Пакистан, следуя маршрутам миграции и торговли, которыми пуштуны и белуджи пользовались на протяжении веков. С юга они направились в провинцию Белуджистан, а затем в портовый город Карачи, где пуштунское население было многочисленнее, чем в любом другом городе мира. Пуштунские племена, имеющие прочные связи с Южным Афганистаном, преобладают в районе Кветта в Белуджистане, который стал одним из главных центров талибов в Пакистане. К 2004 г. этот центр стал широко известен как Кветтская шура, представляющая собой ряд структур, образовавшихся вокруг Совета лидеров (Рахбари шура), созданного горсткой лидеров талибов во главе с муллой Барадаром.
Параллельно и фактически немного раньше еще один центр сформировался в городе Мираншах в Северном Вазиристане. Талибы называли его «Мираншахская шура», и он стал известен более широко как «сеть Хаккани».
К 2005 г. в Пешаваре сформировался третий центр, где после 2001 г. собрались талибы из Восточного Афганистана. Этот центр изначально был слабым, поскольку талибский эмират никогда не вербовал там большого количества своих последователей, но к 2008 г. несколько сетей «Хизб-и ислами» решили присоединиться к джихаду и стать частью движения «Талибан».
Четвертый центр был создан в городе Карачи, тесно связанном с Кветтой. Он превратился в тыл военной машины талибов, отчасти потому, что был более безопасным. Небольшие центры сопротивления постепенно развивались везде, где существовали афганские общины, например, по всему Пакистану. В конечном итоге там возникло более двухсот местных шур талибов.
В последующие годы новый центр образовался в Иране, после того как начиная с 2005 г. иранские «стражи революции» постепенно устанавливали с талибами все более тесные отношения. Стремясь поначалу получить разведданные о деятельности американцев, «стражи революции» поняли, что многие командиры и даже лидеры талибов не прочь наладить с иранцами дружеские отношения, особенно если те выльются в существенную поддержку. К 2007 г. «стражи революции» помогли талибам развить сети в Западном Афганистане, предположительно для того, чтобы иметь возможность контролировать их там и внимательно следить за их деятельностью. В цели «стражей революции» также входило использовать талибов для оказания давления на американцев, чье присутствие в Афганистане становилось для Тегерана все более раздражающим после речи президента Буша об «оси зла», декларации американо-афганского стратегического партнерства в 2005 г. и избрания на пост иранского президента Махмуда Ахмадинежада. Отношения укреплялись год от года, поскольку «стражи революции» усердно работали над выявлением представителей талибов, с которыми они могли бы работать, в основном на западе, но затем также на юге и в других местах. В конце концов, в 2013 году то, что талибы первоначально знали как Мешхедский офис, было создано как продолжение Кветтской Шуры.
Хаккани – это семья и клан, историческим лидером которых был покойный Джалалуддин Хаккани. Семья происходит из племени задран, обосновавшегося в провинции Хост, у самой границы с Северным Вазиристаном. Их называют Хаккани, потому что они посещали медресе Хаккания в пакистанском городе Акора-Хаттак, находящемся на автомагистрали между Пешаваром и Исламабадом и являющемся одним из главных центров обучения деобандистов в Пакистане. Медресе Хаккания в Акора-Хаттаке и медресе Даруль Улум в Бинори-Тауне, районе Карачи, – это два медресе, которые закончили большинство членов руководства талибов. На самом деле, хотя Хаккани зовут многих талибов, это имя носят и некоторые не талибы, не имеющие никакого отношения к сети, о которой идет речь.
Джалалуддин Хаккани начал борьбу против президента Афганистана Дауда примерно в 1975 г. В ходе войны против СССР он стал одним из десяти командиров, которым Соединенные Штаты поставляли оружие и снаряжение напрямую, а не через Пакистан, и был очень популярен среди сотрудников ЦРУ и других сторонников войны как эффективный и безжалостный командир. Он наладил связи с «Аль-Каидой» и другими глобальными джихадистами на раннем этапе и стал основным получателем их помощи. В начале 1995 г. Хаккани согласились присягнуть на верность мулле Омару. После того, как Исламский эмират создал правительство, базирующееся в Кабуле, Джалалуддин стал министром племен и границ. В то время он уже не считался союзником глобальных джихадистов. В 2001 г., когда сотрудники ISI попытались предложить умеренных талибов в качестве лидеров движения, они привезли его в Исламабад на переговоры с американцами.