Ядром этого политического течения стало изгнанное руководство исламистского движения из Кабульского университета, возглавляемое Бурхануддином Раббани, преподавателем шариата. Основную часть студенческого движения составляла организация «Джаванан-и мусульман» («Мусульманская молодежь»), в то время как Раббани возглавлял преподавателей и прочих своих последователей, объединенных в организацию «Джамиат-и ислами» («Исламское общество»). Главными военными лидерами, осевшими в Пакистане, были Гульбеддин Хекматияр, пуштун, принадлежащий к племени хароти из провинции Кундуз на границе с Таджикистаном, студент инженерного факультета, и Ахмад-шах Масуд из Политехнического института, таджик из Панджшерской долины. Хекматияр, который провел несколько лет в тюрьме за убийство сокурсника-маоиста, порвал с Раббани, чтобы основать свою собственную организацию «Хизб-и ислами» («Исламская партия»), оставив «Джамиат» преимущественно таджикской партией. Среди других лидеров в пакистанском изгнании были Мавлавис Юнус Халис и Джалалуддин Хаккани, которые окончили медресе Хаккания в Северо-Западной пограничной провинции Пакистана, центре воинствующего крыла деобандистского движения. Оба были из Восточного Афганистана: Халис – хугиани из Нангархара, а Хаккани принадлежал к племени задран в Хосте.
Пока премьер-министром Пакистана был Зульфикар Али Бхутто, боевиками руководил министр внутренних дел Насирулла Бабар, близкий друг Бхутто, но после того, как в июле 1977 г. генерал Зия успешно осуществил правительственный переворот, он поставил афганских боевиков под надзор Межведомственной разведки ISI, возглавляемой генералом Ахтаром Абдулом Рахманом.
Эти исламистские политические группы почти полностью состояли из молодых людей, родившихся в сельской местности и получивших образование в столице. После переворота они начали посылать эмиссаров с оружием для организации восстаний в своих родных сельских районах. В одних местах они развивали или брали под контроль уже начавшиеся восстания, в других возглавляли мятежи с самого начала.
На востоке и юге восстания в основном организовывались племенами под руководством священнослужителей, и за организацией и поддержкой они обращались к духовным лидерам. Две наиболее важные суфийские семьи обосновались в Пешаваре и Исламабаде: Сайид Ахмад Гайлани, потомок Абдул-Кадира Гайлани (аль-Джилани), основателя ордена, названного в честь него в двенадцатом веке, был пиром (духовным лидером) ордена Кадирийя. В 1905 г. его отец эмигрировал из Османской Месопотамии (Ирак) в Афганистан по приглашению эмира Хабибуллы, который предоставил ему землю в Нангархаре. Он назвал свою организацию (танзим) Национальным исламским фронтом (Махаз) за свободу (Азади) Афганистана (НИФА). Дочь Гайлани, Фатима, стала единственной женщиной, которая представляла афганских моджахедов публично и на международном уровне. В 2004 г. она стала президентом Афганского общества Красного Полумесяца, а позже присоединила его к Международной федерации обществ Красного Креста и Красного Полумесяца (МФКК).
Семья Себгатуллы Моджаддеди, почти полностью уничтоженная халькистами, возглавляла орден Накшбанди. Старший член семьи Моджаддеди всегда занимал пост Хазрат-и Шор Базар, главы медресе на Шор Базаре в Кабуле. До создания шариатского факультета Кабульского университета это было самое влиятельное исламское учебное заведение страны. Глава этого медресе традиционно подтверждал исламскую легитимность правителей Афганистана. Группа Моджаддеди, в которую входила семья Карзай, взяла название Национальный исламский фронт (Джаб-ха) за спасение (Ниджат) Афганистана. Чтобы добавить путаницы – партия Гайлани была известна на английском языке под аббревиатурой NIFA, в то время как партия Моджаддеди называлась сокращением на персидском/пушту «Джабха».
Другим ресурсом боевиков были сельские частные медресе, в основном деобандистского толка, ученики которых во главе со своими учителями сформировали «Талибан» (множественное число от арабского слова «студент»). Некоторые из них, такие как мулла Мухаммад Омар, позже возглавили движение «Талибан». Мавлави Мухаммад Наби Мухаммади, глава важного деобандистского медресе в провинции Логар, возглавлял организацию, имевшую название Движение исламской революции («Харакат-и инкилаб») Афганистана. «Харакат-и инкилаб» представлял интересы сельских улемов и талибов. Когда США решили предоставлять через партии моджахедов помощь в области здравоохранения и образования, они попросили их совместно управлять соответствующими программами, чтобы сократить административные расходы. Эти три группы (Гайлани, Моджаддеди, Мухаммади) объединились в «умеренные националистические» организации, обычно называемые «Иттихад-и сех», «Союз трех».