Юнус Халис основал воинствующую группировку деобандистов, отколовшуюся от группы Хекматияра, которая была известна как «Хизб-и ислами» (Халис). У нее было два крыла: племенное и духовное. Ее главным духовным лидером был Джалалуддин Хаккани. Халис был руководителем молитвенных собраний и проповедником в мечети клана Ареала, ведущей семьи ветви Джаббархель племени ахмадзай, на которую долгое время возлагалась ответственность за обеспечение безопасности участка дороги Пешавар – Кабул вокруг Джелалабада. Лидеры этого клана стали влиятельными полевыми командирами. Один из его членов, Абдул Хак, казненный талибами в 2001 г., действовал как в Нангархаре, так и в Кабуле, где организовал подпольную сеть. Старший брат Хака, Хаджи Абдул Кадир, участвовал в переговорах в Бонне (до того, как вышел из них в знак протеста против «недопредставленности» пуштунов) и занимал пост первого вице-президента у президента Карзая, пока не был убит неизвестными, напавшими на него в июле 2002 г. Хаджи Дин Мухаммад, еще один брат, который затем взял на себя руководство семьей, был назначен губернатором Нангархара, потом провинции Кабул, а затем стал исполняющим обязанности главы Высшего совета мира.
Сын Хаккани Сираджуддин стал в июле 2015 г. заместителем лидера талибов после объявления о смерти муллы Омара (сообщается, что Омар погиб в апреле 2013 г.). Когда афганская правительственная делегация встретилась для ведения переговоров с делегацией талибов в Мурри (Пакистан) в июле 2015 г., Дин Мухаммад возглавлял правительственную делегацию, в то время как младший брат Джалалуддина Хаккани, Ибрагим, был одним из трех делегатов талибов.
И, наконец, Абд аль-Рабб аль-Расул Сайяф, получивший саудовское образование преподаватель с факультета шариата Кабульского университета, исповедовавший салафитский («ваххабитский») ислам, сформировал финансируемую в основном из Саудовской Аравии партию, известную как «Иттихад-и ислами» («Исламский союз»). Сегодня «ваххабитская» принадлежность Сайяфа сошла на нет, и он является в Кабуле видным политиком и парламентарием, известным своими исламскими обвинениями в адрес талибов. Эти четыре партии – «Хизб» (Хекматияр), «Хизб» (Халис), «Джамиат» и «Иттихад» – объединились в «исламистскую» партийную коалицию, известную как «Иттихад-и чахр», «Союз четырех».
Таковы были семь суннитских организаций, официально признанных Пакистаном. Пакистан публично обращался с ними как с представителями афганских беженцев, в то время как разведывательная служба ISI использовала их в качестве каналов для поставок моджахедам оружия и другого снабжения.
В Хазараджате спешно сформированные подразделения под командованием Саида Джаграна, майора армии в отставке, в 1979 г. отразили попытки халькистов войти в этот район. Хазарейцы создали свою собственную администрацию, первоначально возглавляемую местной знатью и духовенством. Они назвали ее «Шура-и иттифак-и ислами» («Совет исламского единства»). Молодым активистам, вдохновленным иранской революцией и поддержанным Тегераном, в конце концов удалось вытеснить большую часть традиционалистов. Они распространили свое влияние на общины хазарейцев в Кабуле и Мазари-Шарифе, однако шиитские партии приобрели национальную известность в основном после вывода советских войск. В Хазараджате происходило не так много боевых действий, поскольку в нем нет ни одного крупного города, к тому же он находится далеко от кольцевой дороги. Некоторые маршруты снабжения моджахедов, шедшие из Пакистана в Северный Афганистан, пересекали этот регион, и местные власти получали прибыль, взимая соответствующие налоги.
Небольшая, но эффективная группа городских шиитов – но не хазарейцы, а в основном кызылбаши и сайиды, основала Исламское движение («Харакат-и ислами») Афганистана, возглавляемое аятоллой Мухаммедом Асифом Мухсини из Кандагара, который до своей смерти в 2019 г. был в Кабуле видным лидером и ректором финансируемого Ираном университета. Исламское движение участвовало в городских операциях во главе со своим командиром Сайидом Хусейном Анвари, который участвовал в Боннской конференции в качестве члена делегации Объединенного фронта, а затем некоторое время занимал пост губернатора Герата. Анвари сорвал Лойя Джиргу, созванную Наджибуллой в 1987 г., выпустив по ней ракету.