Традиционные группы хазарейцев имели штаб-квартиру в Кветте (Пакистан), где проживает значительное хазарейское население, состоящее в основном из потомков хазарейцев, бежавших от порабощения Хазараджата эмиром Абдуррахман-ханом в конце XIX в. Группы шиитских моджахедов также имели некоторое представительство в Иране, но во время советского присутствия в Афганистане Иран был занят защитой страны и революции от войны, развязанной иракским режимом Саддама Хусейна, которого поддерживали как суннитские арабские государства, так и США. Только после окончания ирано-иракской войны в августе 1988 г., когда советские войска уже выводились, Иран обратил свое внимание на Афганистан. С помощью Тегерана шиитские партии стали играть после вывода советских войск заметную роль в Кабуле и Мазари-Шарифе, став там влиятельными политическими акторами. В то время, в преддверии переговоров о новом правительстве в Кабуле, Тегеран спонсировал коалицию из восьми групп, которые впоследствии объединились в «Хизб-и вахдат» («Партия единства»). Ее первый лидер, Абдул Али Мазари, в июле 1995 года умер при невыясненных обстоятельствах в тюрьме у талибов. Его преемниками стали Карим Халили, лидер из Бамиана, который занимал пост вице-президента как при Хамиде Карзае, так и при Ашрафе Гани, и Мухаммад Мухаккик, член парламента и кандидат в вице-президенты вместе с доктором Абдуллой Абдуллой. После 2014 г. Мухаккик стал заместителем Абдуллы.
Что примечательно, так это отсутствие какой-либо организации, представляющей афганский национализм. Пуштунская националистическая партия «Афган меллат» («Афганская нация») скромно присутствовала в Пешаваре под покровительством Гайлани. Анвар-уль-Хак Ахади, женившийся на Фатиме Гайлани, был лидером партии в течение нескольких лет. Супруги участвовали в Боннских переговорах в качестве членов Пешаварской группы. Ахади, который работал банкиром и профессором политологии в США, позже занимал посты президента Центрального банка, министра финансов и министра транспорта.
В 1983 году группа афганских интеллектуалов и высокопоставленных представителей племен попыталась созвать в Пешаваре Лойя Джиргу. Они хотели, чтобы Захир-шах председательствовал на этом собрании и возглавил национальное сопротивление. Пакистан, однако, запретил открытую афганскую националистическую деятельность, включая попытки созвать Лойя Джиргу, и отказался выдавать визы любым членам королевской семьи.
Афганский национализм неотделим от воспоминаний о том, как британцы лишили эмира Якуб-хана земель к востоку от линии Дюранда и как Пакистан, «выдуманное» государство, включил их в состав своей территории. Пакистан, в особенности после потери Восточного Пакистана в 1971 г., не был готов допустить, чтобы в его пределах действовало какое-либо движение с ирредентистскими устремлениями. Напротив, он стремился использовать полученные ресурсы, чтобы помочь США противостоять Советскому Союзу и превратить Афганистан из националистического государства, находящегося в конфликте с Пакистаном, в исламское государство, являющееся клиентом Пакистана.
Доктрина, в соответствии с которой служба ISI осуществляла эту стратегию, заключалась в поиске стратегического тыла для Пакистана в его противостоянии с Индией. В соответствии с доктриной «стратегической глубины», если Индия нападет на Пенджаб и пакистанской армии придется отступить, она сможет использовать Афганистан в качестве тыловой базы или даже перебросить туда некоторые активы. (Часто говорят, что развитие ядерного сдерживания между Индией и Пакистаном сделало «стратегическую глубину» неуместной, но элементы этой доктрины сохраняются до сих пор.) Следовательно, Пакистан хотел поддержать сильное исламское движение сопротивления против СССР, получающее помощь от США, Саудовской Аравии и Китая, возглавляемое религиозными или исламскими лидерами и отличающееся предпочтительно панисламистскими тенденциями. Он предпочитал радикальных лидеров, выступающих против восстановления королевского режима или предоставления какой-либо роли в текущей борьбе бывшему королю, поскольку их не занимали обиды на Пакистан, братскую мусульманскую страну.
Пакистанские военные, руководимые Зия-уль-Хаком, также хотели, чтобы афганские лидеры сотрудничали с правыми пакистанскими религиозными партиями, в частности с «Джамаат-и ислами», которые поддерживали политику исламизации Зии. «Джамаат» сблизилась с Хекматияром. Поскольку после потери Восточного Пакистана прошло совсем немного времени, пакистанский истеблишмент совершенно не доверял собственным пакистанским пуштунским и белуджийским националистическим партиям, которые, по его мнению, могли стать зачинщиками еще одного раскола страны. Большая часть их руководства находилась в тюрьме или в изгнании, и служба ISI следила за тем, чтобы вооруженные афганские группировки с ними не сотрудничали.