Первым реальным шагом на пути к белорусско-российской интеграции стало создание Таможенного союза, устранение таможенной границы между государствами. Соглашение было подписано 6 января 1995 года. Сама по себе хорошая идея реализовывалась, однако, в спешке; Таможенный союз создавался в угоду политической конъюнктуре, процесс его формирования форсировался искусственно. Лукашенко и тогдашний российский премьер В. Черномырдин поспешили демонстративно выкопать вкопанный незадолго до этого бутафорский столб на границе Беларуси и России, а согласовать ставки таможенных пошлин и акцизов, унифицировать таможенное законодательство не успели. В результате больше чем через 10 лет, в 2006 году, пошлины двух стран расходились по 1800 товарным позициям. Это создавало условия для контрабандных товаропотоков. Российская сторона неоднократно обвиняла Беларусь в злоупотреблении Таможенным союзом. Наиболее скандальной была история с «Торгэкспо», о чем речь шла выше. В середине 1996 года министр по делам СНГ РФ В. Серов заявил, что Россия потеряла от Таможенного союза $4 млрд. По данным российского Государственного таможенного комитета, на конец 1997 г. от свободной торговли со своим белорусским союзником страна ежегодно недополучала 11% бюджета. Московское руководство периодически ставит вопрос о восстановлении таможен на белорусско- российской границе. По воспоминаниям бывшего председателя Совета Республики Беларуси А. Войтовича, на одном из заседаний Высшего госсовета Союзного государства В. Путин заявил: «Александр Григорьевич, прекратите махинации с российской нефтью. Вы нам новых олигархов плодите». Лукашенко отбивался от этих российских нападок довольно бесцеремонно: «Да, мне пришлось неоднократно нарушать соглашения о Таможенном союзе, однако я делал это только лишь в интересах народа, и если понадобится, буду действовать точно так же и дальше. И никакая Москва не будет мне диктовать!»
Аналогичные обвинения, финансовые претензии постоянно раздаются из уст официальных лиц в Минске, ибо значительная часть российского экспорта в Беларусь на самом деле есть реэкспорт товаров из третьих стран, в результате чего белорусский бюджет не получает части таможенных поступлений.
В понимании руководства Беларуси экономическая интеграция сводится к созданию «равных хозяйственных условий». В переводе с белорусского интеграционного новояза это означает продажу Беларуси энергоресурсов по внутренним российским ценам. На протяжении многих лет этот вопрос был идефикс Лукашенко на всех переговорах президентов двух государств. Соответствующее соглашение было подписано 12 апреля 2002 г. и продержалось полтора года. Москва в одностороннем порядке денонсировала его, поскольку Беларусь не выполнила взаимных обязательств.
В отношениях между двумя странами не удается даже создать нормальную зону свободной торговли. Беларусь и Россия соорудили много торговых барьеров на пути проникновения на свою территорию товаров из союзной страны. К 2006 году Минск ввел 78 ограничений на российские товары, а Москва - 45 ограничений на белорусские товары. Согласно информации Минэкономразвития России по состоянию на 1 мая 2010 года, по количеству дискриминационных мер против экспорта из РФ Беларусь опережает все страны мира. То же самое можно сказать и об отношении к российскому капиталу. В Беларуси условия для инвестиций из России хуже, чем в любом другом государстве постсоветского пространства, включая страны Балтии.
Эксперты дают разные оценки объема российских дотаций белорусской экономике, которые осуществляются в различных формах, но прежде всего за счет низких цен на нефть и газ. Международный валютный фонд в 2005 году пришел к выводу, что размер субсидий составляет около 10% ВВП Беларуси. Российский политолог А. Суздальцев подсчитал, что за 1994-2008 годы объем российских дотаций Беларуси составил $49 млрд. Белорусский эксперт Е. Ракова считает, что в 2004-2009 гг. Беларуси удалось сэкономить $37,7 млрд за счет приобретения российского газа и нефти по ценам ниже рыночных.
Однако периодически, когда белорусско-российские отношения в очередной раз вступают в стадию конфликта, Лукашенко предъявляет Москве свой экономический счет: дескать, Россия больше должна Беларуси за транзит, охрану границы, военные объекты и другие услуги. Причем размер встречного иска меняется. То он говорит об одном миллиарде долларов, то о двух. «Заплатите нам два миллиарда, и повышайте в два раза цену на газ, если уж так это надо, мы вам из этих двух один миллиард отдадим. Я не логичен?», - говорит он российским журналистам 29 сентября 2006 года. Проходит всего три месяца, между Беларусью и Россией грянула «нефтегазовая война», и счет в адрес Москвы вырос до $ 10 млрд. В апреле 2009 года Лукашенко снова заявляет, что за полтора года Россией «было вытянуто с экономики Беларуси за счет незаконного введения пошлины на нефть, трехкратного повышения цены на газ» $10 млрд. По логике белорусского президента, оказывается, РФ не субсидирует Беларусь, а эксплуатирует ее.