Было закрыто примерно 500 армянских школ, в которых обучалось более 30 000 детей. У армян этот поступок властей вызвал крайне негативную реакцию. Дондуков испугался, что чрезмерное обострение отношений с армянской общиной может повредить его карьере, и в 1886 году школы были открыты вновь. С одной стороны, армяне одержали победу, сумев отстоять право обучать своих детей на родном языке под патронажем своей Церкви. С другой стороны, царское правительство расценивало любую уступку как проявление собственной слабости, как создание опасного прецедента, как ошибку, которую непременно нужно исправить. «Ошибка» была исправлена спустя десять лет, в 1896 году, при преемнике Дондукова, генерал-лейтенанте Сергее Шереметеве. Поводом для закрытия школ в Восточной Армении стало… обращение западных армян к британскому правительству с просьбой остановить истребление армян в Османской империи. Этот акт отчаяния был расценен в Петербурге как попытка сепаратизма, нарушение дипломатического этикета и, вообще, как возмутительная крамола. Примечательно, что министр иностранных дел князь Лобанов-Ростовский, к которому армяне также обращались с мольбами о помощи, ничего предпринимать не хотел, и другие великие державы не собирались вмешиваться во «внутреннюю политику» Османской империи. Великобритания осталась последней надеждой… Британцы тоже ничего не сделали, но зато в Закавказье снова закрыли армянские школы, причем их имущество конфисковывалось и обращалось на открытие русских правительственных школ. Армянам «милостиво» оставили 35 из 208 имевшихся на тот момент армянских школ. Надо ли уточнять, что были оставлены самые бедные школы? Формальной причиной закрытия школ было названо финансирование из недозволенных законом источников. Армянская церковь воспротивилась подобному грабежу и смогла отстоять бо́льшую часть имущества в судебном порядке.
Однако выиграть одно сражение еще не означает выиграть войну. В декабре 1896 года после смерти генерала Шереметева главноначальствующим Кавказской администрации был назначен князь Григорий Голицын, убежденный враг армян, который собирался сделать так, чтобы единственным армянином в Тифлисе осталось чучело армянина в Тифлисском музее (эту гнусную шутку князя Голицина привел в одной из своих статей в тифлисской газете «Новое обозрение» журналист Александр Амфитеатров).
Вытеснение армян с государственной службы началось еще при князе Дондукове, но при князе Голицине оно достигло своего апогея. Голицын был человеком решительным и настойчивым (эти качества весьма похвальны, но только в тех случаях, если к ним добавлено третье – ум). Он предложил кардинальное решение проблемы «армянского сепаратизма» – передачу в управление казны всего имущества Армянской церкви. Зачем отбирать малое (имущество школ) если можно отобрать все? Проект был настолько смелым (а точнее – глупым), что на его согласование ушло несколько лет. Однако Голицын времени даром не терял. В 1898 году он закрыл армянские благотворительные общества, крупнейшим из которых было Кавказское армянское благотворительное общество, основанное в Тифлисе в 1881 году. В глазах Голицина это общество выглядело средоточием крамольного зла, поскольку оно субсидировало армянские школы, давало стипендии неимущим учащимся и издавало книги на армянском языке. Следом были закрыты армянские библиотеки-читальни и армянское издательство в Тифлисе. А в июне 1903 года вышло Высочайше утвержденное положение Комитета министров, согласно которому у Армянской церкви отнималось право свободного распоряжения ее имуществом. Великий русский писатель Максим Горький назвал это положение «самым скандальным актом грабежа церковного имущества Армении самодержавным правительством».
Католикос Мкртич Первый (тот самый, что возглавлял армянскую делегацию, которая не была допущена к участию в Берлинском конгрессе) призвал армянские епархии не отдавать имущество в казну. Властям пришлось отбирать его силой, что привело к массовым столкновениям с прихожанами, пытавшимися защитить свои храмы и монастыри. Наиболее крупные столкновения происходили в Тифлисе и Елизаветполе. Тем не менее, конфискация была произведена. Армянская церковь лишилась около 145 000 десятин (158 000 гектаров) земли, более 900 объектов недвижимости и 1 775 000 рублей. «За труды по управлению Кавказом» князь Голицын был награжден орденом Святого Владимира первой степени. Другую «награду» он получил от членов армянской социал-демократической партии «Гнчак» (см. ниже), которые совершили на него покушение в октябре 1903 года. Жизнь Голицыну спасла кольчуга, которую он носил из предосторожности. Организатором покушения был видный деятель армянского национально-освободительного движения Матевос Саркисян-Парамазян (1863–1915), впоследствии казненный турками в Стамбуле, а исполнителями – боевики-фидаины Шант, Кайцак и Пайлак (Мгер Манукян). Шант и Кайцак были схвачены и убиты, а Пайлаку удалось бежать в Иран.