Единственный известный случай боевого применения Як-28П по самолету произошел 13 марта 1967 г. В тот день пилот Аэрофлота, в прошлом военный летчик, которого за какие-то прегрешения уволили из армии, угнал из Туапсе Ан-2 и направился на нем в Турцию. Очевидно, учитывая военное прошлое беглеца, а также то, что на борту самолета никого, кроме него, не было, командование авиации ПВО пошло на крайние меры, дабы не позволить отступнику уйти за кордон. На его перехват был поднят Як-28П из 171-го ИАП, управляемый экипажем к-на Парфилова. На ретрансляцию связи вылетел на МиГ-17 зам. командира полка п/п-к В.Н.Прищепа. Экипаж Парфилова достаточно быстро вышел на цель, но атаковать ее оказалось делом непростым. Як нес две К-8. Ракету с РГСН применить не удавалось, т.к. Ан-2 шел в 10-15 м от поверхности моря, радиосигналы отражались от воды, и все время происходил срыв захвата, а ракета с ТГСН вообще цель "не видела" из-за ее низкой инфракрасной заметности. Наконец-то Парфилов доложил: "Есть захват!" - и пустил К-8Р, но все из-за того же отражения сигналов от воды она взорвалась далеко позади Ан-2, который был уже в нейтральных водах. "Мне здесь больше делать нечего", - передал капитан открытым текстом в эфир. Тогда поступил приказ: Як-28 занять место ретранслятора, а Прищепе уничтожить цель, используя артиллерию МиГа. Приказ был выполнен.
В сентябре 1968 г., после ввода войск стран Варшавского договора в Чехословакию, в эту страну перебросили 738-й ИАП, вооруженный Як-28П поздних серий, которые несли по две ракеты К-98 и по две Р-ЗС. Командовал частью п-к В.И.Скоморохов. Перелет на аэродром в Остраве, где находился полк советских Су-7Б, осуществлялся с промежуточной посадкой в Стрые. Инженерно-технический состав и техимуще-ство были доставлены наземным транспортом. Боевые вылеты экипажам Як-28П выполнять не пришлось. Учебные полеты проводились достаточно интенсивно, в том числе отрабатывались перехваты самолетов противника, в роли которых выступали машины ВВС СССР. Перехватчики оставались в ЧССР около месяца, после чего осуществили прямой перелет на свою авиабазу в Запорожье.
В 1968 г., прослужив на Як-28П всего пять лет, эскадрилья 356-го ИАП сдала эти машины - весь полк перешел на Ту-128. Однако были в системе ПВО
части, где Як-28 служили очень долго. 174-й ГвИАП перешел с них на МиГ-31 только в 1983 г. Еще дольше "двадцать восьмые" оставались на Новой Земле - 641-й полк переучился на Су-27 в 1988 г. К сожалению, ни в один музей Як-28П не попали.
Дитя своего времени (вместо эпилога)
Як-28 оставил заметный след в истории авиационной техники. Само по себе создание столь различных по назначению серийных самолетов на базе одного планера - явление редчайшее в советском авиастроении. Да и за рубежом найдется немного подобных примеров. Основные варианты "двадцать восьмого" создавались в течение более 10 лет путем последовательной модернизации вполне удачного Як-25. Хотя такой эволюционный путь породил основные конструктивные недостатки Як-28, но, по всей видимости, именно он позволил в эпоху всеобщей ракетизации добиться правительственной поддержки и в конце концов запустить самолет в серийное производство. Этого не удалось ни А.Н.Туполеву со своим самолетом "98", ни С.В.Ильюшину с Ил-54.