В сентябре 1941 г. в Варшаве митрополит Дионисий Валединский создал Белорусскую церковную раду, которая получила поддержку германских властей. Во второй половине сентября 1941 г. в Минск прибыл епископ Венедикт Бобковский из Жировичского монастыря для организации церковной жизни. Начальник Минского округа Радослав Островский посодействовал ему в получении разрешения германских властей.
Была учреждена Белорусская митрополия, во главе которой стал Пантелеймон (Рожновский). Власти Генерального комиссариата «Беларусь» по рекомендации приехавших на его территорию коллаборационистов поставили митрополиту Пантелеймону ряд условий:
Православная церковь в Беларуси руководствуется святыми канонами, а немецкая власть не вмешивается в ее внутреннюю жизнь;
Православная церковь в Беларуси должна называться: Белорусская Автокефальная Православная Национальная Церковь;
проповедь, обучение Закону Божию и церковное письмоводство должны вестись на белорусском языке;
богослужения должны совершаться на церковнославянском языке;
назначение епископов, благочинных и священников не должно производиться без ведома немецкой власти;
должен быть представлен статут Белорусской Православной Автокефальной Национальной Церкви.
Устроив официальное заседание, митрополит Пантелеймон и епископ Венедикт постановили принять условия оккупационных властей, однако объявление автокефалии отложить до признания ее прочими поместными церквями, т. е. соблюдая все необходимые канонические правила. В числе прочих решений было придание митрополиту Пантелеймону титула «Митрополит Минский и всея Белоруссии» и перенос митрополичьей кафедры из Жировичского монастыря в Минск.
После этого епископ Венедикт был командирован в Гродно для управления приходами Гродненской епархии (Гродненский регион был присоединен немцами к Восточной Пруссии). В Минск для организации деятельности Православной церкви в восточной Беларуси были приглашены священники Иосиф Балай и Иоанн Кушнир. В восточную Беларусь с санкции оккупационных властей были направлены архимандрит Серафим (Шахмуть) и священник Владимир Кударенко.
В связи с возросшим количеством приходов и священников было принято решение об увеличении количества православных епархий. 30 ноября 1941 г. был возведен в сан епископа архимандрит Филофей (Нарко), служивший до этого в Варшаве в юрисдикции митрополита Варшавского Дионисия. Ему был присвоен титул епископа Слуцкого, викария Минской митрополичьей епархии. После этого митрополит Пантелеймон и епископ Филофей уезжают в Минск на постоянное место жительства.
В Минске с самых первых дней пребывания митрополита Пантелеймона возникли и впоследствии обострялись напряженные отношения с приехавшими после оккупации Беларуси деятелями белорусского коллаборационизма. Последние вместе с немецкими оккупантами требовали скорейшего провозглашения автокефалии, увольнения русских по национальности священников и других подобных мер. В отличие от коллаборационистов, учитывавших лишь политические аспекты деятельности Православной церкви в Беларуси и не учитывавших религиозно-богослужебных аспектов, митрополит Пантелеймон стоял в основном на церковно-богословских позициях и стремился соблюсти канонические нормы, согласно которым объявление автокефалии в Беларуси было возможно только при согласии Русской православной церкви.
В связи с отказом митрополита Пантелеймона от немедленного провозглашения автокефалии и его приверженностью к сохранению канонической связи с Московским Патриархатом, отказом от проповедей на белорусском языке деятели белорусского коллаборационизма неоднократно обращались с жалобами на него к немецким оккупационным властям.
В марте 1942 г. состоялся Собор епископов под председательством митрополита Пантелеймона, постановивший открыть в Беларуси 6 епархий, назначив на них епископов и избрав Пантелеймона митрополитом Минским и всея Беларуси. Собор вновь отказался провозгласить автокефалию и на богослужениях продолжало возноситься имя Патриаршего Местоблюстителя митрополита Сергия (Страгородского).
Углублявшийся конфликт между Пантелеймоном и белорусскими коллаборационистами и многочисленные их доносы привели к тому, что в конце мая 1942 г. Генеральный комиссариат Беларуси отстранил митрополита Пантелеймона от церковного управления и заставил его передать все дела архиепископу Филофею. В последующем коллаборационисты также вмешивались в дела церковного управления.
Митрополит Пантелеймон был сослан в монастырь. Сразу после его высылки деятели белорусской коллаборации выдвинули ряд требований архиепископу Филофею, среди которых были замена русских священнослужителей на белорусов, создание при архиереях «наблюдательных советов» из числа белорусских националистов, назначение в Минскую епархию сторонников автокефалии. Почти все требования Филофей выполнить отказался, заявив, что поскольку не является митрополитом, такие вопросы находятся вне его компетенции.