Преемником Хмельницкого стал новый гетман Войска Запорожского Иван Выговский. Первые переговоры с генеральным писарем Выговским в видах заключения мирного договора со шведским королем и прекращения войны должен был снова провести Артамон Матвеев, отосланный из Москвы 19 августа 1657 года[237]
. Но он сразу понял, что это было преемство власти гетмана по должности, а не по духу. Союз с Выговским Артамон Матвеев посчитал ненадежным и по приезде из посольства известил царя Алексея Михайловича,Сначала при гетмане Выговском казаки отвергали союз с польским королем, но вскоре гетман и полковники казачьих полков перестали возражать против их именования «подданными» в делах королевского двора. Привели к этому накопившиеся в Войске Запорожском противоречия между рядовым казачеством и старшиной. Гетман Выговский и поддержавшая его верхушка казачьего войска прельстились нобилитацией — признанием их положения не только в Войске, но и в самой Речи Посполитой, возрождавшейся после шведского «Потопа». В отличие от вольницы Запорожской Сечи во главе с кошевым атаманом Яковом Барабашем и полковником Полтавского полка Мартыном Пушкарем, продолжавшими поддерживать выбранного Войском православного царя.
В Москве же продолжали делать ставку на гетмана Ивана Выговского даже тогда, когда он открыто начал враждебные действия против царских войск. В конце августа 1658 года случился поход казачьего войска к Киеву во главе с братом гетмана Данилой Выговским. Правда, он был быстро отбит «со встыдом». Само казачье войско, как выяснилось из расспросов пленных, в поход собиралось «неволею». Для Выговского этот поход на Киев имел другое значение — демонстрации отказа от присутствия царских войск на территории Войска Запорожского. 18 сентября 1658 года была заключена Гадячская уния, подписанная представителями короля Яна Казимира. С этого времени политика гетмана Выговского оказалась развернута в противоположном направлении и стала ревизией решений Переяславской рады.
В стремление гетмана Выговского к союзу с польским королем Яном Казимиром в Москве долго отказывались верить. Царь Алексей Михайлович и Боярская дума делали непоследовательные шаги, излишне доверяя ненадежному союзнику. Даже собирая осенью 1658 года большое войско во главе с боярином князем Алексеем Никитичем Трубецким в поход на Украину, до последнего момента надеялись на возобновление переговоров с гетманом Выговским. Артамон Матвеев со своим приказом стрельцов тоже получил назначение в эту армию. В приказе под его началом в «Большом полку» боярина князя Алексея Никитича Трубецкого находилось около тысячи человек. Вместе со стрелецкими головами и полковниками Семеном Полтевым и Артамоном Матвеевым был послан наряд «15 пушек медных русского литья» и пушечные запасы[239]
. В начале 1659 года они уже использовались при осаде украинских городов, поддерживавших гетмана Ивана Выговского. Но московские войска до последнего медлили, ожидая обещанного гетманом Выговским начала переговоров.Главные царские советники — «комнатные бояре» Борис Иванович Морозов, князь Яков Куденетович Черкасский, князь Никита Иванович Одоевский, Илья Данилович Милославский и Илья Андреевич Милославский — специально собирались в царских покоях, чтобы выработать «тайный» наказ, полученный князем Трубецким 7 февраля 1659 года. В соответствии с ним он должен был вести переговоры с гетманом Выговским, примериваясь к статьям Гадячского договора; в случае необходимости допускалась отдача гетману «воеводства Киевского». Всё это было противоположно советам и предостережениям Артамона Матвеева. Удаленный от дальнейших переговоров с гетманом и старшиной, он вместе со своим стрелецким приказом оказался в армии боярина князя Алексея Никитича Трубецкого, выступившей 26 марта 1659 года к Конотопу.