Сингаевский сослался на Рудзинского и заметил, что не следовало оставлять труп так близко от дома сестры, надо было утопить его в Днепре или уложить в корзину и выбросить где-то по пути в Москву, куда они бежали после преступления.
Предприятие получилось чрезвычайно успешным. Марголин и члены комитета для защиты Бейлиса решили, что Бразуль должен отнести письменное заявление подполковнику Иванову. В заявлении, помимо прочего, Бразуль должен был отметить, что таинственные послания за подписью «Христианин», обвинявшие в убийстве евреев и отправленные матери Андрея и прозектору, были написаны под диктовку Веры Чеберяк и что почерк в них совпадает с почерком одного из членов ее шайки. Шестого мая заявление было передано в руки Иванову. Тридцатого мая результаты расследования Бразуля были опубликованы в киевских газетах, а затем перепечатаны в газетах по всей империи. «Заявление Бразуля», как его называли, повергло обвинение в полную растерянность.
Защита потребовала отозвать обвинительный акт и вернуть дело на доследование. Чаплинский поначалу яростно сопротивлялся. Написанные им в мае письма свидетельствуют о его безудержном гневе: разваливалось дело, которым он думал обеспечить себе славу, ускользал от него высокий пост в столице. Чаплинский сетовал, что отказ возвратить дело для доследования в виду появления новых улик «вызовет шум в жидовской прессе». И вынужден был признать, что недовольны его действиями не только евреи. «…Многие влиятельные лица, — заметил Чаплинский в письме министру юстиции, — в настоящее время совершенно изменили свой взгляд на этот процесс и неблагоприятно относятся к постановке на суд дела о ритуальном убийстве…»
Двадцать третьего мая подполковник Иванов попросил у Чаплинского согласия на заключение под стражу Веры Черебряк, но тот его просьбу отклонил, о чем сообщил министру юстиции. «Беда с этим делом: натиск ведется вовсю», — жаловался прокурор на тех, кто убеждал его прекратить дело против Бейлиса, и вызывающе заключил: «Я, конечно, не поддаюсь на эту удочку и гоню своих доброжелателей вон».
Восьмого июня министр вызвал Чаплинского в Петербург, чтобы обсудить с ним, как быть с делом Бейлиса, принимавшим столь нежелательный оборот. В результате они решили, что отсрочка им только на руку: они готовы были начать расследование с чистого листа в надежде придать обвинению против подозреваемого бóльшую убедительность.
Вернувшись в Киев, Чаплинский объявил, что согласен отправить дело на доследование. Девятнадцатого июня Киевская судебная палата удовлетворила его просьбу. Дело снова оказалось почти в той же точке, что и одиннадцать месяцев назад. Правда, суд отклонил ходатайство защиты об освобождении Бейлиса под подписку о невыезде, он снова стал ограниченным в правах заключенным без определенного статуса.
Чаплинский отстранил от дела следователя Фененко, своим особым мнением доставлявшего ему много хлопот, и назначил нового, покладистого следователя, который был рад раздуть дело против подозреваемого-еврея. Прокурора ободряли и два обстоятельства, о которых было неизвестно защите: во-первых, Вера Чеберяк придумала новый многообещающий план, способный поставить под сомнение честность защитников и указать на виновность Менделя Бейлиса; во-вторых, хваленое «независимое расследование» Бразуля сулило не меньше неприятных неожиданностей, чем бомба анархиста: Караев и Махалин, свидетели, которым так верила защита, были не теми, кем хотели казаться, так как, помимо революционной, они занимались и другой деятельностью: оба были осведомителями.
Осенью предшествующего года товарищи-анархисты заподозрили в этом Караева, но Махалин, которого еще не разоблачили, организовал внутреннее расследование, частично рассеявшее их подозрения. На самом деле к тому моменту, когда Караева разоблачили, он уже не работал на охранное отделение, где ему платили очень приличное жалованье — сто рублей в месяц: в справке Департамента полиции говорилось, что «некоторые из его сведений носили весьма серьезный характер, но при проверке выяснилось, что сведения эти являлись результатом его провокационной деятельности и склонности к шантажу». Караев заманивал в ловушку товарищей, подталкивая их к преступлениям, и тут же доносил о них тайной полиции.
Таким образом, обвинение располагало информацией, способной подорвать доверие к двум главным свидетелям защиты.