Вероятно, Лютостанский оказал влияние и на Пранайтиса, фигуру того же типа, хотя и менее колоритную. В 1892 году Пранайтис написал на латыни брошюру «Христианин в Талмуде еврейском, или Тайны раввинского учения о христианах» (
Пранайтиса, окончившего Императорскую Римско-католическую духовную академию в Санкт-Петербурге, некогда даже хотели возвести в сан епископа. И все же у обвинения имелись основания сомневаться на его счет. В декабре 1912 года, когда Пранайтис дал заключение по делу Бейлиса, Департамент духовных дел направил в полицию «неодобрительные сведения» о его прошлом. В 1894 году Пранайтис принес в багетную мастерскую Аванцо в Петербурге картину с просьбой позолотить раму. После того как картина по неосторожности пострадала, Пранайтис заявил, что это произведение испанского мастера Мурильо и собственность римско-католического митрополита; в качестве компенсации он потребовал три тысячи рублей. В конце концов Пранайтис сошелся с доверчивым хозяином мастерской на тысяче. Но вскоре выяснилось, что картина к Мурильо не имела никакого отношения, и Пранайтис смошенничал. По-видимому, ему не предъявили уголовного обвинения, но выслали из столицы в провинциальный приход. В 1902 году он осел в Ташкенте, расположенном на территории тогдашнего Туркестана, где навлек на себя гнев властей незаконными попытками обращать православных в католицизм с помощью «довольно хитрых приемов». Местный генерал-губернатор считал, что «фанатизм может вызвать религиозную и национальную вражду между русскими и поляками даже в Туркестане».
На роль эксперта, подтверждающего существование ритуальных убийств, Пранайтис не слишком годился, но властям не удалось найти никого поприличнее. Лютостанский, к тому моменту почти восьмидесятилетний старик, был еще жив, но обвинение скорее всего сочло его чересчур сомнительной фигурой. Пришлось закрыть глаза на прегрешения ксендза из Ташкента.
В обвинительном акте оговаривалось, что в ритуальных убийствах участвуют лишь «фанатики» и необразованные евреи. Формально обвинители не распространяли это заявление на весь еврейский народ. Юдофобы обычно указывали на хасидов — якобы отсталую секту, к которой и принадлежали кровожадные фанатики. Но обвинение в адрес хасидов было почти равноценно обвинению всех иудеев. Хасиды составляли не всего лишь одну из иудейских сект, а одну из двух крупнейших ветвей иудаизма в Восточной Европе, к которой примыкали миллионы. К тому же, коль скоро количество евреев, склонных к ритуальным убийствам, столь велико, возникал естественный вопрос: почему так называемые образованные евреи ничего об этом не знают?
Что касается остальной части обвинительного акта, он давал защите некоторые основания для оптимизма. Обвинение по-прежнему опиралось на путаные показания фонарщиков Шаховских, данные, по их собственному признанию, в пьяном виде. Главными новыми свидетелями обвинения выступали известная преступница Вера Чеберяк, ее малолетняя дочь Людмила и бывший сокамерник Бейлиса, осведомитель Козаченко. На допросе в суде все трое должны были оказаться крайне уязвимы.
Но слабые места были и у защиты, и одним из них была тайная встреча Марголина с Верой Чеберяк. В обвинительном акте целый раздел был посвящен злополучной харьковской авантюре и заявлению Веры Чеберяк, утверждавшей, что ей предложили сорок тысяч рублей, если она сознается в убийстве Андрея. Марголину предстояло выступать в качестве свидетеля, то есть он обеспечил обвинение материалом для домыслов о еврейском заговоре, нацеленном на сокрытие правды.
Между тем два члена судебной палаты из тех, кто утверждал обвинительный акт, изложили в письменной форме особое мнение, в то время не предававшееся огласке: они заявили, что дело следует прекратить. Н. Каменцев был председателем собрания, на котором присутствовали члены Киевской судебной палаты, а Л. Рыжов — докладчиком по делу, уполномоченным изучить показания и выступить на заседании с отчетом. Иными словами, люди, лучше всего знакомые с материалами следствия, сочли представленные в обвинительном акте данные «неубедительными в общей их совокупности» и высказали мысль, что мнимые факты «едва ли могут быть признаны достоверными судебными доказательствами». В заключение они высказались за прекращение дела против Менделя Бейлиса. Однако остальные семь человек обвинительный акт утвердили.