Потом пошли далее к главной паперти, остановились здесь, и опять Пелагия Ивановна сказала, указав на собор: «Я у тебя здесь лягу, приготовь мне местечко». И так, обнявшись, прошли вокруг собора и возвратились в келию.
Таким образом, еще за девять лет блаженная предсказала, на чьих руках она уснет смертным сном, и указала место своего упокоения. И все исполнилось так, как она говорила. Слова ее о том, что сестер надо держать построже, сбылись, потому что вскоре матушку Елену назначили благочинной монастыря, и она действительно повела сестер построже.
Точно так же сбылись и слова «я усну у тебя», поскольку матушка Елена совершенно неожиданно прислана была к смертному одру Пелагии Ивановны и находилась при ней все время, так что действительно на ее руках блаженная и уснула сном смертным.
Когда же возник вопрос, где положить Пелагию Ивановну, благочинная мать Елена вспомнила все слова Пелагии Ивановны, напомнила о них матушке игумении и для успокоения своей совести просила ее исполнить завещание покойницы похоронить ее в склепе под собором и позволить просить на это разрешения у Преосвященного Макария, епископа Нижегородского. Матушка игумения уважила просьбу благочинной. Пока посланная специально для этого сестра ездила в Нижний Новгород, прошло довольно много времени, и поэтому Пелагию Ивановну пришлось хоронить только на девятый день после кончины.
Блаженная говорила, что гроб ей сделают особенный, и действительно, на третий день вечером ее положили в прекрасный кипарисовый гроб, весь украшенный херувимами, с выкаленными словами «Со святыми упокой», а на крышке — «Святый Боже, Святый Крепкий, Святый Безсмертный, помилуй нас». На внутренней стороне гробовой крышки была привинчена дощечка с надписью: «Проходившая путь Христа ради юродства раба Божия блаженная Пелагия 30 января 1884 года отошла ко Господу». Гроб с телом блаженной старицы торжественно перенесли в теплую зимнюю Тихвинскую церковь, где он простоял до девятого дня. Гроб стоял на высоком катафалке, окруженный многими горящими свечами в подсвечниках. По окончании церковных богослужений ни днем, ни ночью в храме не умолкало чтение Псалтири по усопшей, здесь непрестанно совершались по ней панихиды, от 30 до 40 в день; здесь постоянно горели вокруг гроба свечи; сюда, кроме монастырских, стекались со всех епархий целые тысячи мирян, которые благоговели перед Пелагией Ивановной, уважали ее и во всем прибегали к ней, а теперь при гробе ее скорбели и плакали о том, что лишились в ней своей матери, утешительницы и молитвенницы. И все это, вместе взятое, невольно производило какой-то благоговейный трепет в душе всякого, здесь находившегося, трогало до глубины души, умиляло даже и жестокие сердца. Народу не только не убывало, но, напротив, с каждым днем прибывало все более и более, так что матушка игумения, снисходя к слезной их просьбе, а равно и по благоговению к почившей рабе Христовой, была вынуждена позволить им и ночи проводить у гроба. Вследствие этого церковь не только днем, но и ночью была наполнена все прибывавшим народом. Жара стояла в храме такая, что со стен текли потоки воды, и даже на холодных папертях было тепло, как в келиях. И несмотря на это, почившая раба Христова лежала во гробе, как будто только лишь забывшаяся сном: ничего не являла в себе мертвенного, была как живая, даже не холодная, а теплая, и непрестанно менялась в лице, не имевшем ни малейших признаков мертвенного безобразия, а, напротив, сиявшем какой-то духовной красотой. Вся она с головы до ног была осыпана свежими цветами, которые так любила при жизни и которыми любящие ее сестры, несмотря на зимнее время, поусердствовали в последний раз ее украсить. Эти цветы непрестанно заменялись новыми, поскольку тотчас же нарасхват разбирались массами народа, с благоговением уносившего их домой.
В девятый день после кончины блаженной, 7 февраля 1884 года, было совершено отпевание при громадном стечении народа. Монастырский священник отец Иоанн Гусев произнес трогательное слово в ее память, вызвавшее громкие рыдания присутствовавших сестер, многие из которых потеряли в ней мать, наставницу и советницу на все доброе и душеспасительное. Когда после отпевания и продолжительного последнего прощания многострадальное тело подвижницы Христовой принесли к приготовленному месту упокоения у Свято — Троицкого собора, в двадцати метрах напротив главного алтаря, и стали закрывать гроб крышкой, то и тогда прощавшиеся с ней свободно брали ее ручки, которые были гибки, мягки и теплы, как у живой. Лицо ее было светло и благообразно. Черты его застыли в важной думе, как бы созерцая радостное видение. Могила Пелагии Ивановны была устроена особенно заботливо. Гроб, запертый замком, опустили в склеп с прочным сводом.
Кончина и погребение старицы ознаменовались исцелениями, которые еще более утвердили ее почитателей в том, что почившая велика пред Господом.