Отступление Апраксина вызвало крайнее раздражение в Петербурге. Главнокомандующий предпринял попытку оправдаться. Елизавете Петровне он объяснял отступление отсутствием продовольствия и фуража и необходимостью сохранить «в целости войско». Он клялся «жизнь свою на жертву отдать, чем такое храброе и победоносное войско всеконечному разорению и погибели от голоду подвергнуть».
Императрица сочла оправдание неубедительным; не тронула ее и заключительная фраза реляции фельдмаршалах извещением об одержанной победе: он, Апраксин, «в толикой был опасности, что одна толико Божия десница меня сохранила, ибо я хотел лучше своею кровью верность свою запечатлеть, чем неудачу какую видеть».
Порицали отступление не только императрица и Конференция. В среде, враждебной Апраксину и его покровителю Бестужеву, носились слухи, что главнокомандующий предавался пьянству и что он «не только толь близко в огне, но и при деле близко не был». Двору было известно, что Степан Федорович не склонен был расставаться с комфортом и в боевой обстановке и использовал лошадей и подводы не для того, чтобы их нагрузить провиантом, а под личное имущество. 17 апреля 1757 года он извещал И. И. Шувалова, что не в состоянии обойтись менее чем 250 лошадьми для обоза «кроме верховых, по самой крайней мере, до тридцати быть должно, и 120 человек людей…».
Бестужев понял, что возможность выручить из беды своего приятеля полностью отсутствовала, и он решил ценой предательства спасать себя. Апраксину он отправил письмо с осуждением отступления его армии к Тильзиту: «Ничего иного ответствовать не имею, кроме того, что я крайне сожалею, что армия под командою вашего превосходительства почти все лето недостаток в провианте имея, наконец хотя и победу одержала, однако же принуждена, будучи победительницею, ретироваться;…какое от того произойти может бесславие как армии, так и вашему превосходительству, особливо ж, когда вы неприятельские земли совсем оставите».
Письменным осуждением поступка Апраксина Бестужев не ограничился — когда на Конференции обсуждалось поведение фельдмаршала и определение его судьбы, канцлер выступил с самой резкой критикой действий теперь уже бывшего приятеля. Но судьба главнокомандующего была решена независимо от выступления Бестужева.
16 октября 1757 года последовал указ императрицы Иностранной коллегии, чтобы она известила союзников об отрешении Апраксина от должности. Содержание указа и его тональность ничего утешительного Апраксину не сулили. Начинался он словами: «Предпринятая единожды без указу нашим генерал-фельдмаршалом Апраксиным ретирада больше неприятные произвела по себе следствия, что мы оной предвидеть и потому предупредить не могли», а заканчивалась фразой, вызывавшей уныние и угрозу в его адрес: «Мы за нужно рассудили, команду над армиею у фельдмаршала Апраксина взяв, поручить оную генералу Фермору, а его (Апраксина. —
Апраксин отправился в путь, но до Петербурга не доехал — ему велено было остановиться в Нарве и жить там до особого распоряжения. Проходит месяц, другой, а ему вместе с супругой, привыкшим к комфорту и роскоши, приходится томиться в ожидании вызова в Петербург в двух покоях. В Петербурге с вызовом не спешили. Томительного ожидания тучный организм фельдмаршала не выдержал, и с ним сделался удар: 14 ноября супруга Апраксина Агриппина Леонтьевна отправила И. И. Шувалову письмо с извещением, что супруг «от всегдашнего соболезнования и сокрушения сердца, чувствуя более недели великую в голове боль, колико себя не подкреплял, но не возмогши пережить, занемог жестокой лихорадкой, наподобие горячки, одержим великим жаром и в беспамятстве бредит». Так как она не надеется на искусство местных докторов, то просила исходатайствовать разрешение прибыть в Петербург. Ответа не последовало — с опальным обращались в те времена, как с прокаженным, опасались не только заступиться, но и вступать в контакты с ним.
Со временем Апраксину стало полегче, и он 14 декабря отправил личное послание И. И. Шувалову, в котором отклонял обвинение в том, что он слушал неразумные советы, и просил у фаворита защиты, ибо он «не токмо всего лишился здоровья и разума, но и силы мои к терпению совсем изнемогли, а от бывших мне здесь припадков ногою и поныне едва владеть могу». Степан Федорович считал себя несправедливо оклеветанным и заверял, что «буду, пока мой дух пребудет в теле, к ее императорскому величеству в верности, усердии и ревности» служить.
На этот раз мольбам провинившегося графа частично вняли — его дочери с недавно родившимся внуком разрешили приехать в Нарву. После неоднократных просьб исхлопотать помилование Апраксину было разрешено в августе 1758 года выехать из Нарвы, но не в Петербург, а в недалеко расположенное от столицы местечко Три Руки, где он скончался, находясь под следствием.