Последние слова так растрогали императрицу, что на глазах у нее появились слезы.
Неизвестно, вспоминала ли Елизавета Петровна после этого диалога о событии восемнадцатилетней давности, когда она сама, будучи цесаревной, вела аналогичный разговор с правительницей Анной Леопольдовной. Тогда допрашивала правительница, а цесаревна ловко отметала ее подозрения о готовившемся перевороте, и, по одним свидетельствам, обе собеседницы вышли из комнаты раскрасневшимися от раздражения, по другим — прослезившимися от умиления.
Теперь в роли следователя выступала императрица, а в роли изворотливой обвиняемой — великая княгиня. Что касается результата того и другого разговора, то он примерно одинаков — в душе и сердце собеседниц появилось некоторое успокоение.
Второе свидание с глазу на глаз между императрицей и великой княгиней состоялось, первая повторяла тот же вопрос о числе писем, отправленных Апраксину, а вторая столь же упорно твердила о трех. Елизавета решила сор из избы не выносить — в конце концов, семейный конфликт был улажен.
После года с лишним содержания Бестужева под домашним арестом, 5 апреля 1759 года, был обнародован манифест о его винах. Манифест обошел молчанием обвинение Бестужева в том, что он дал распоряжение Апраксину не преследовать разгромленного противника и вернуться к своим границам. Перечисленные манифестом вины Бестужева дают повод полагать, что они относятся не к прусской кампании Апраксина, а ко всему времени его канцлерства, причем формулировки настолько общи, что современникам и потомкам остается лишь догадываться о конкретном содержании вины канцлера.
Манифест обвинял канцлера в пяти преступлениях: 1) присвоил себе «многие, не принадлежавшие ему дела», искал способы «удовольствовать безмерное свое тщеславие и властолюбие»; 2) не выполнял повеления императрицы, если они не соответствовали его «самолюбивым хотениям»; 3) «не доносил и умышленно для своих пристрастий и видов таил» сведения об ожидаемых для империи опасностях; 4) собственные повеления считал важнее «наших», то есть императрицы; 5) «обносил наследника и великую княгиню», а также выражал «недоброхотство к нашей особе и к нашему здоровью».
Составители манифеста, похоже, вспомнили грехи канцлера не только близкого, но и далекого прошлого: его внешнеполитический курс, противоречивший курсу императрицы и ее окружения, его дважды заявленную просьбу об отставке, его жалобы иноземным дипломатам о нежелании Елизаветы заниматься государственными делами, отмеченную им же манеру сталкивать старый двор с молодым — на создаваемых им противоречиях ему удавалось столь долго продержаться на должности канцлера.
Бестужева приговорили к смертной казни. Императрица смягчила приговор и определила ссылку в собственную деревню, где ему «жить под караулом, дабы других охранить от уловления мерзкими ухищрениями сего в том состарившегося злодея».
Обычно вступление на престол нового государя или государыни сопровождалось всякого рода милостями, в том числе и амнистией осужденных в предшествующее царствование. Петр III оставил в силе приговор Елизаветы, и Бестужев по-прежнему коротал время в деревне Горетово. Лишь Екатерина II после восшествия на престол амнистировала канцлера, вернула ему все чины и в указе заявила о необоснованной расправе с ним, совершенной Елизаветой по представлению лиц, ее окружавших, его недоброжелателей. С этой оценкой, пожалуй, можно согласиться, ибо так называемые «злодейские поступки» Алексея Петровича Елизавета терпела в течение 17 лет, и о них вспомнили, когда противникам канцлера удалось одолеть его. К падению Бестужева были причастны не только противники его внутри страны, но и иностранные дворы, союзу с которыми он противился.
У Екатерины II Бестужев пользовался милостями: она часто призывала его для советов, назначила ему пенсион в 20 тысяч рублей в год. Однако и она охладела к нему, после того как Бестужев выступил в защиту Арсения Мацеевича, фанатичного противника секуляризации церковных владений, осуществленной императрицей. Умер А. П. Бестужев в 1766 году.