Общий план, унаследованный от Куна его преемниками, состоял в том, чтобы сделать Батавию центральным рынком внутриазиатской торговли и основным складом восточных товаров для экспорта в Европу. Поскольку коммерческие интересы Голландии охватывали весь Восток от Нагасаки до Персидского залива, то план ведения торговли через Батавию включал привлечение большого количества ненужного морского транспорта на длинных обходных маршрутах; но, как обычно в те времена, соображения удобства должны были уступить соображениям монополии. Централизованную монополию было проще защищать. Как потенциальный монополист, компания стремилась насколько возможно закрыть восточные моря для других европейских кораблей, особенно португальских и английских, и свести перевозки местных торговцев к вспомогательной роли поставщиков местной продукции без какой-либо конкуренции в торговле на главных торговых путях. Такую систему можно было навязать только с помощью вооруженных флотилий и поддерживать в рабочем состоянии только благодаря обширной сети укрепленных торговых поселений. Для создания таких поселений и баз необходимо было заключать договоры с местными правителями. Постоянные гаремные интриги или войны за престолонаследие или необходимость оказания им помощи в противостоянии португальцам или местным соседям вынуждали индонезийских и других правителей слишком охотно обращаться к голландцам с просьбами вмешаться в их распри. Компания с ее стабильной организацией и ненасытным спросом на прибыль принимала плату в виде постоянных торговых концессий. Таким образом она добилась своего господства в экономике и постепенно сделала местных правителей сначала подчиненными себе союзниками, а затем вассалами. В конце концов голландцы не только пошли по стопам португальцев, но и обзавелись гораздо более реальными территориями, чем территории, которыми когда-либо владели португальцы.
Одной из главных целей политики компании было обеспечение контроля над западными подступами к архипелагу. Сама Батавия занимала господствующее положение в Зондском проливе. В Малаккском проливе португальцы и султанат Ачех, хоть и взаимно враждебно относились друг к другу, на протяжении многих лет сопротивлялись голландцам; но в 1641 г. Ван-Димен захватил Малакку, а в 1663 г. Ян Мацуйкер, встав на защиту союза ее недовольных вассалов, обеспечил крах султаната Ачех как могущественного и организованного государства. Еще дальше на западе в 1640 г. голландцы еще больше закрепились на острове Цейлон (Шри-Ланка), заключив с царством Канди, расположенным в центральной части острова, союз против португальских факторий на побережье. Сингальский монарх, как и многие индонезийские владыки, влез в огромные военные долги у компании, которые он выплачивал частями – слонами и корицей. Голландцы захватили прибрежные поселения Коломбо, Галле, Баттикалоа, Тринкомали, ик 1658 г. с Цейлона были изгнаны все португальцы. Цейлон давно уже был важным местом остановки, находившимся на полпути от дома, для торговых кораблей в Индийском океане. Контроль голландцев за его самыми главными гаванями укрепил положение компании, которая сумела монополизировать торговлю в Бенгальском заливе и не поощряла – хотя и не препятствовала – другим европейским государствам торговать с Коромандельским берегом.
Эти успехи гарантировали голландцам монополию на большую ценную часть восточной торговли – торговлю пряностями с Молуккскими островами, так как, хотя испанцы и держались в Тидоре до 1663 г., они вели войну, которая была ими уже проиграна. Острова Банда были завоеваны Куном в 1621 г. Их жители были истреблены или порабощены, а земля – распределена между служащими компании или номинальными собственниками, которые гарантировали, что будут продавать всю свою продукцию компании по назначенным ею ценам. Амбон был аналогичным образом поглощен в 1647 г. после долгой череды нападений вооруженных флотилий местных наемников, нанятых голландцами с целью уничтожить всю гвоздику, произведенную сверх потребностей компании. В 1650 г. восстание против голландских торговых агентов в Тернате – где их изначально радушно принимали как союзников против Тидоре – привело к репрессиям, и в 1657 г. местный султан был вынужден подписать договор, по которому в обмен на пенсию от голландцев он обязался запретить выращивание пряностей на всех подвластных ему островах, оставив это занятие исключительно на островах, находившихся во владении компании. Немедленным результатом подчинения голландцам Тернате стал рост богатства и престижа другого конкурента – города Макасара, султану которого поставляли оружие португальские и английские торговцы. Но в 1669 г. Макасар тоже был взят с помощью голландского флота и большого отряда бугийских наемников под командованием Корнелиса Спелмана. Султан Макасара согласился продать всю пригодную для экспорта продукцию своего царства компании и даровал голландцам монополию на ввоз промышленных и всех китайских товаров.