И хотя компания по мере расширения своей деятельности не могла не обзаводиться территорией в интересах получения прибылей и обеспечения безопасности, она везде, где возможно, делегировала административную ответственность. Непосредственно соседние с Батавией территории находились под прямым управлением голландцев, но в других владениях компании на Яве обязанности правительства были переданы регентам – теоретически служащим компании, а на практике – мелким феодальным владыкам – вассалам компании, которые раньше были вассалами Матарама. Регенты должны были подчиняться приказам европейцев – служащих компании, но, как правило, эти приказы касались только доставки продукции. Во всех других отношениях они правили как маленькие местные тираны, находясь под очень слабым контролем, но были уверены в поддержке компании в случае, если их власть встретит сопротивление. Местные правители, проживавшие в отдаленных регионах Явы, в конце XVII в. еще хвастались более или менее фиктивной независимостью, правя под сюзеренитетом или защитой компании или находясь с ней в союзе на подчиненных ролях. Старший голландский чиновник при дворе каждого из этих правителей, находившихся под защитой компании, – резидент – осуществлял и гражданскую, и уголовную юрисдикцию в отношении служащих компании и других европейцев, проживавших в тихом княжестве. Он вершил суд по голландским законам с местными модификациями, закрепленными в законодательных актах Батавии. В отношении местных правителей и их подданных функции резидентов были в основном коммерческими. Вмешательство в местное правосудие было исключительным случаем. Иностранцы-неевропейцы, из которых самыми многочисленными были китайцы, жили под юрисдикцией своих собственных старшин, как это принято на Востоке. За пределами Явы существовала та же градация власти голландцев, прямой или косвенной. За исключением портовых городов и факторий, только маленькие, но важные регионы Амбона и островов Банда, производившие пряности, находились под прямым управлением компании.
На Тернате, Макасаре и в других местах интересы голландцев были защищены, как и на Яве, договорами о союзе или протекторате, навязанными голландскими резидентами.
Компания получала свои доходы, во-первых, из прибылей от торговли; но так как ее торговля представляла собой ревностно охраняемую монополию, то, как только позволила ей ее растущая власть, она начала регулировать количество выпускаемой продукции, чтобы поддерживать цены, и ограничила производство особенно ценных культур регионами, находившимися под ее собственным контролем. От регулирования производства до взимания дани в натуральном выражении под прикрытием торговли было рукой подать. Главной обязанностью регентов на оккупированной Яве было снабжение компании – бесплатное – установленным количеством перца, индиго и хлопчатобумажной пряжей. Договор с сусухунаном Матарама в 1677 г. требовал, чтобы этот правитель ежегодно поставлял партии риса по определенной цене. Султан Бантама по аналогичному договору был вынужден продавать компании по назначенной ею цене весь урожай перца, выращенный в его царстве. Теоретически сохранялось отличие между «непредвиденными обстоятельствами», которые представляли собой неприкрытую дань натурой, и «вынужденными поставками» – торговыми контрактами, исключительно благоприятными для покупателя; но на практике эти два источника доходов, которые давали основную часть прибылей компании, смешивались друг с другом и выручкой от обычной торговли. По сравнению с этими видами дани, открытыми и замаскированными, налогообложение в обычном смысле этого слова не играло никакой роли. Как правило, только европейцы платили налоги в денежном выражении, и они же были главными участниками косвенного налогообложения, каким бы ни было его название. Но местное население под властью голландцев подлежало призыву на принудительные работы, особенно работы в порту. На островах Банда голландцы прибегали к рабскому труду при выращивании пряностей после истребления местных жителей.