Оставалась нерешенной главная проблема – контроль над островом Ява. Безопасность Батавии в большой степени зависела от вражды между собой султанатов Матарам и Бантам; оба они претендовали на территорию Батавии. Будучи приморским государством, Бантам поддержал проигрышное дело англичан в 1618 г. в надежде на возврат себе Батавии и продолжал ожесточенно сопротивляться голландцам. Матарам, гораздо более крупный и сильный из двух султанатов, был удаленным от моря государством, правители которого плохо понимали важность и ценность морской торговли. Презирая голландцев как простых торговцев, они терпели их как покупателей риса и приветствовали их войны с султанами прибрежных государств. В 1646 г. сусухунан («тот-которому-подчиняется-всё») Матарама согласился в обмен на официальное признание его монаршей власти на территории компании не пускать яванских торговцев на Острова пряностей. Шаг за шагом голландцы уничтожали морское сообщение между Матарамом и внешним миром. Торговцы и кораблестроители потеряли работу, и яванцы стали почти полностью народом землепашцев. Единственным покупателем их зерновых культур, выращиваемых на экспорт, была голландская компания. Чтобы и дальше обеспечивать снабжение Батавии продовольствием, голландцы в 1675 г. вмешались в спор о престолонаследии в Матараме и добились от победителя в нем договора о закрытии вассальных портов Матарама для всех других иностранцев, монополии на торговлю опиумом и уступки компании значительной части земель, на которых выращивался рис. В 1680 г. они рассорились с Бантамом и, нанеся сокрушительное морское поражение султану, добились того, чтобы он оставил свои территориальные притязания, гарантировал голландцам монополию на торговлю перцем и закрыл свои порты для всех других иностранцев. К концу XVII в. компания не только контролировала все порты острова Ява, но и владела большими частями его внутренней территории от одного берега до другого. Многие правители приморских владений и их подданные, лишенные средств к существованию, стали пиратами, но никто не был достаточно силен, чтобы напрямую бросить вызов компании. Был подготовлен путь к широкой аннексии и созданию территориально большой империи.
Следует упомянуть одно случайное достижение голландской компании – создание колонии на мысе Доброй Надежды. Это была единственная настоящая колония, основанная голландцами в Старом Свете в XVII в. Она была основана в 1652 г. не для торговли, а для оказания стратегической помощи торговле в Индиях и была удобным местом для остановки, где корабли компании могли запастись топливом, водой и свежим продовольствием. Сохраняя безусловное право собственности на недвижимость, компания предложила акции и аренду земли на простых условиях и вскоре привлекла сюда немалое число колонистов. Большинство этих
Колониальная политика голландцев в XVII в. была мало похожа на мягкое руководство, которое стало характерным для нее в более поздние времена, а еще меньше – на миссионерскую отеческую заботу и заботу о правах местного населения, которая – по крайней мере официально – отличала колониальную политику Испании. Компания была не склонна нести расходы на какую-либо, кроме коммерческой, администрацию. Правительство в Батавии стояло во главе не территории, а ряда разбросанных по всей территории предприятий. Точно так же, как компания в Амстердаме была организована как фирма судовладельцев, среди которых генерал-губернатор был платным представителем, так и служащие компании под управлением генерал-губернатора на Востоке имели коммерческие, а не административные должности – это были купцы, младшие торговцы или клерки, хотя на деле они могли быть управляющими факториями, комендантами крепостей или резидентами при дворе местных князей. Рядом с генерал-губернатором – второй после него по значимости – стоял ответственный чиновник – генеральный директор торговли.