Только в юго-восточной угловой ячейке восточная галерея соединяется с опорным столбом развернутой поперек «оси ислама» арки, расширяясь до занимающего всю угловую секцию
К северо-западному пилону примыкает поднятый на тонких столбиках небольшой
Расположение проходов в Йени-джами следует многократно опробованной схеме: боковые входы в зал размещены в угловых секциях, а во двор – вдоль фасадного портика. Однако компактность композиции и высокий цоколь привели к решению, реконструируемому в Фатих-джами, – объединить северные проходы в зал и южные во двор одним лестничным маршем с каждой стороны, направляя входящих во двор по поднятым террасам в обход основания минаретов. Два трехбалконных минарета (после Султанахмед-джами они уже не воспринимаются как особое достижение) оставлены на северных углах основного объема, плотно примыкая к архитектурному телу здания.
Площадь двора равна площади молитвенного зала (без северной галереи), но, как и интерьер, двор воспринимается небольшим из-за высоко поднятых стрельчатых арок
Обращает на себя внимание оформление внешних фасадов двора Йени-джами: если зодчий предшествовавшей мечети Ахмеда I постарался расчленить стены, окружив двор снаружи галереей, под которой размещены места для ритуального омовения, то Мустафа-ага оставил внешние стены практически никак не оформленными, прорезанными лишь двумя горизонтальными рядами проемов (места для омовения расположены в цокольной части основного объема, как в мечетях Синана), добиваясь впечатления суровости, тяжести, крепостной мощи. Новая мечеть, обращенная к пристаням Золотого Рога и «франкской» Пере, не столько гостеприимно раскрывается для спешащих на молитву мусульман, сколько встает преградой на пути переправляющихся в Эминоню иноверцев. Эффект «закрытости» усиливается наращиванием поднимающихся над полукуполами ступенчатых стен-контрфорсов, визуально отсекающих центральный тетраконх мощными преградами. Каждая ступень контрфорсов увенчана барабанами с небольшими куполами. Если объемы огромных мечетей Синана «опадали» плавными формами, а Султанахмед-джами производит впечатление поднятой на высокий пьедестал пирамиды, то Йени-джами ощутимо устремляется вверх пузырящейся массой больших и малых полусфер (которых насчитывается 66), динамично вырастает над заливом и площадью, заслоняя панораму дворца Топкапы и Айя-Софию для высаживающихся на пристани (а позже – для идущих по Галатскому мосту, который практически упирается в Новую мечеть).