План мечети представляет собой два одинаковых квадрата 38 х 38 м – один занят двором, второй – молитвенным залом. Таким образом, Синан воспроизвел равенство зала и двора, достигнутое в Улу-джами Манисы и повторенное в стамбульской Баязид-джами, что подтверждает восприятие соседней мечети в качестве норматива для султанского архитектурного заказа. Очевидное отличие в композиции заключается в «укрупнении» двора – если ячейки фасадных и боковых галерей
Особое место Шехзаде-джами в эволюции «большой османской мечети» безусловно определяется композицией ее основного объема. Модульная система данной синановской мечети такая же, как и в Фатих30, но необходимо указать, что если в Баязид-джами, которая является прямым развитием композиции Фатих-джами, план зала сводится к 16 модульным ячейкам, то зал Шехзаде-джами легко делится на 25 модульных квадратов. По сравнению с Баязид-джами, архитектор которой развил систему полукуполов по михрабной оси здания, Синан добился абсолютной центральной симметрии объема и интерьера, расположив полукупола также по поперечной оси и создав план-квадрифолий с угловыми ячейками.
Появление конструкции «большой османской мечети» с четырьмя полукуполами было предопределено всем развитием этой модели здания с момента, когда в Фатих-джами появился один полукупол над михрабной ячейкой. Достижение осевой симметрии двух полукуполов в стамбульской Баязид-джами заставляло предположить развитие этого же принципа по поперечной оси. Более того – сама модульная схема 4x4, в которой четыре центральных ячейки занимает купол, на уровне чертежа легко позволяла объединить две внутренние ячейки на каждой стороне квадрата полукуполом; однако план зала из-за увеличения подкупольного квадрата и меньшего радиуса оснований полукуполов приобрел модульную сетку 5x5.
Д. Кубан считал, что композиция Шехзаде-джами стала завершением «непрерывной линии развития», началом которой является планировка Юч Шерефели-джами в Эдирне – именно там возник своеобразный османский аналог связанной системы сводов
Рассмотрение тетраконха как варианта реализации идеального храма в контексте обращения к архитектуре Шехзаде-джами имеет давнюю традицию и широкий круг привлекаемых аналогов – начиная от храмов Закавказья34 до ренессансных проектов Альберти и Леонардо35 и реализованных Санта-Мария делла Консолационе в Тоди36 и Св. Петра в Риме37. В работе 1953 г. У. Фогт-Гёкнил объявила Шехзаде-джами «двухосевым вариантом» Св. Софии и описывала мечеть Синана как простое совмещение двух моделей византийского храма38. Однако появление квадрифолия в планировке «большой османской мечети» после обращения османских архитекторов к Св. Софии и строительства Фатих-джами и Баязид-джами оказалось магистральной линией поисков симметрии объема и пространства культового здания, тем более что османские зодчие активно экспериментировали с полукуполами и вне модели «большой османской мечети».