Несмотря на свое короткое правление, Генрих VI во многих отношениях был самым неординарным императором из династии Гогенштауфенов и, пожалуй, самым способным. Свое Сицилийское королевство он получил лишь после долгого его сопротивления, но в конце концов получил, причем таким образом, что стал там поистине абсолютным монархом. Ему удалось преодолеть попытки оппозиционного движения в Германии. Папа оказался бессилен против него, и Генрих распоряжался частью папской территории в Италии, будто она принадлежала ему. Опираясь на столь мощную силу, он лелеял самые высокие и широкие имперские помыслы, и подлинно международное влияние, которое он имел в последние год-два своей жизни, было больше, чем у любого другого императора. Он составил определенный план консолидации Германии и Сицилии в единую монархию, наследственную, а не выборную, и его успех казался вполне осуществимым, как внезапно в 1197 году, на тридцать втором году жизни он скончался, оставив наследником трехлетнего сына Фридриха.
В Германии состоялись двойные выборы, его брат Филипп представлял партию Гогенштауфенов, а Оттон, сын Генриха Льва, — гвельфов и папскую партию, и в результате последовавших гражданских беспорядков князья быстро вернули себе позиции, которые утратили в последние несколько лет.
В Риме спустя несколько недель после смерти Генриха папой был избран Иннокентий III. При нем папская власть, не имея реального соперника и усиленная общим состоянием европейских дел в течение прошлого века, поднялась на высочайший уровень. Он заставил могущественнейших европейских государей подчиниться ему; он распоряжался императорским титулом почти так же открыто, как Генрих III — папским; он наделил нескольких князей титулом королей и создал круг вассальных королевств почти по всему периметру Европы. Имперское положение главы христианского мира, которое Генрих VI, казалось, на мгновение занял, Иннокентий III в действительности занимал на протяжении многих лет. Он умер в 1216 году, в самом начале правления Фридриха II.
Освободившись таким образом в самом начале от соперника, с которым он едва ли мог рассчитывать справиться и чей преемник стоял ниже его, Фридрих II с энергией и талантом принялся претворять планы своего отца. Получив абсолютный контроль над Сицилией, больше, чем у какого-либо прежнего короля, с крупными военными силами из Германии, с престижем успешного Крестового похода, он, казалось, собирался совершить то, что не удалось его деду: свести города Северной Италии до положения его Норманнского королевства под прямым абсолютным правлением. В течение нескольких лет после сокрушительной победы в 1237 году при Кортенуове ему, как виделось, было суждено одержать окончательный успех, и папство казалось совершенно неспособным сопротивляться ему долее.
Но сила его положения была, скорее, призрачной, чем реальной. Свои ресурсы он в основном черпал из Сицилии, и, несмотря на свое богатство, Сицилия уже начала показывать признаки истощения от этого напряжения. Поддержкой Германии он заручился лишь за счет уступок, которые по королевской хартии законным образом санкционировали практическую независимость, которую обеспечили себе как церковные, так и мирские князья и продолжили увеличивать ее еще больше за счет дальнейших жертв со стороны короля, поступавшегося своими правами. Однако, что бы он ни получил подобными средствами, было отнюдь не гарантировано ему, поскольку Германию настолько раздирали местные и личные интересы, что при первой же благоприятной возможности там воцарилась бы анархия и гражданские беспорядки. Итальянские города, как и папство, отнюдь не были такими покорными, какими представлялись. Франция и Англия не желали того, чтобы глава церкви был полностью низвержен и папский престол оставался незанятым, как это было в течение двух лет после смерти Селестина IV в 1241 году.
Наконец, следующий папа, Иннокентий IV, который, в бытность свою епископом, был другом императора, но, будучи папой, стал его врагом, сумел бежать во Францию и в Лионе созвал церковный собор, который низложил Фридриха с положения императора. Это послужило сигналом для всех его врагов. В Германии разразилась гражданская война, и оппозиция выбрала своего короля. Города на севере Италии восстали и собрали новые силы. Неудача за неудачей постигали императора, и, хотя его не удалось победить, его могущество сошло на нет.
После смерти Фридриха в 1250 году империя больше не восстановилась. Составлявшие ее великие государства развалились; внутри себя они раздробились, и на протяжении нескольких лет почти повсюду царила анархия. Через некоторое время германское королевство и империя появились вновь. Но прежняя средневековая империя была уже невозможна. Она была полностью повергнута и уничтожена, и даже не ее соперником — папством, а условиями новой эпохи, силами, которые превращали средневековый мир в современный, и они сделали ее восстановление недоступным для человеческих сил.