В этот же период началась и продолжилась совместная его деятельность с состоятельным курским купцом Иваном Ларионовичем Голиковым, который в 1774 г. стал винным откупщиком в Иркутской губернии (это означало, что И. Л. Голиков мог организовывать производство и продажу в Сибири спиртных напитков, что сулило ему значительные прибыли). Вплоть до 1781 г. Григорий Иванович служил у него приказчиком. С 1777 г. Голиков и Шелихов неоднократно вместе отправляли промысловые суда на промыслы в северной части Тихого океана.
В начале 1781 г. И. Л. Голиков вызвал Г. И. Шелихова в Петербург и, считая его опытным организатором промысловых экспедиций и надежным компаньоном, предложил ему стать равноправным партнером в новой промысловой компании, создаваемой на 10 лет. Эту новую компанию возглавили сам И. Л. Голиков, его племянник капитан 2-го Оренбургского драгунского полка Михаил Сергеевич Голиков и Г. И. Шелихов. Новая компания планировала в течение 10 лет вести промыслы как на известных островах в Тихом океане, так и на тех территориях, которые предстояло открыть, исследовать и закрепить за Россией. Планировалось установление постоянных торговых отношений с туземцами и основание на островах и побережье Аляски селения и крепости. Причем именно Г. И. Шелихов должен был не только заниматься постройкой и снаряжением промысловых судов, но и лично возглавить отряд судов и отправиться в дальнее плавание к берегам Северной Америки.
Вот здесь и проявились в полной мере свойственный Г. И. Шелихову талант, настойчивость и умение возглавить крупное дело. Один из биографов Г. И. Шелихова писал:
После завершения дел в столице Г. И. Шелихов отправился в Иркутск и далее в Охотск. Там вскоре им было построено и снаряжено для длительного плавания три промысловых галиота. И, наконец, 16 августа 1783 г. возглавляемая им флотилия в составе галиотов «Три святителя», «Св. Симеон Богоприимец и Анна Пророчица», «Св. Архистратиг Архангел Михаил» вышла из устья р. Урак (расположенного чуть южнее устья р. Охота) и направилась к берегам Северной Америки. В экспедиции на трех судах участвовало 192 моряка и работных людей. Сам Г. И. Шелихов, будучи главой экспедиции, находился на «Трех святителях», которым командовал штурман Герасим Алексеевич Измайлов. Вместе с Шелиховым на галиоте поплыла его жена Наталья Алексеевна, которая, по его словам,
В «Записке Шелихова странствованию его в Восточном море», написанной им в мае — ноябре 1787 г., Григорий Иванович сообщил, что с ним помимо жены было и двое его детей. По мнению Л. А. Ситникова, речь, вероятно, шла о сыне Михаиле, родившемся в 1779 г., и дочери Авдотье. В связи с этим отметим, что в письме П. С. Лебедева–Ласточкина Г. И. Шелихову от 29 ноября 1787 г. дочка Авдотья Григорьевна названа «американкой» и «говоруньей»,