Юстиниан несомненно был сильной личностью. Он назначил способных министров с энергичными характерами и пользовался их неистощимой верностью. Сам он был одаренным и добросовестным руководителем. Он мог работать в течение долгих часов, уделяя большое внимание деталям. Его ошибкой было, пожалуй, то, что он брал на себя много обязанностей. Юстиниан был глубоко верующим человеком и выдающимся теологом. Он ставил себе честолюбивые цели, как например, бороться с коррупцией в правительстве и его неэффективной работой, провести реформу законодательства и сделать справедливым правосудие. Очень важным он считал объединение церквей на основе православной доктрины. Кроме того, в его планы входило восстановление территориальной целостности империи и отвоевание западных провинций и самого Рима у еретических варваров, наводнивших эти территории. Эти стремления вылились в один общий план действий. Достигнув церковного единства и искоренив несправедливость и притеснения, он надеялся на помощь Бога в успешном проведения кампании против варваров. Уничтожив коррупцию и вымогательства, он надеялся укрепить финансовую мощь империи накануне планируемых войн. Покорение варваров сделает возможным ликвидировать ересь, в особенности арианство на Западе, и божья благодать снизойдет на империю.
Еще до вступления на трон Юстиниан влюбился в актрису по имени Феодора и, презрев социальные предрассудки, женился на ней. У Феодоры было много ненавистников и врагов, но она без сомнения оставалась верной и преданной Юстиниану вплоть до его смерти в 548 году. Это была способная женщина с сильным характером, щедрая и благодетельная по отношению к друзьям и мстительная по отношению к врагам. Она вдохновляла Юстиниана в критический момент его правления — во время восстания «Ника», — и он в одном из своих законов открыто признался в том, что был обязан ей советом и мужеством. Часто утверждают, что она подавляла Юстиниана, но до нас не дошло свидетельств этого. Будучи страстной монофизиткой, она кардинально расходилась во взглядах со своим мужем на религиозной почве, но никогда не шла дальше того, чтобы оказать поддержку и обустроить преследуемых членов секты. Ее взгляды не влияли на церковную политику Юстиниана. Она всей душой ненавидела главного преторианского префекта Юстиниана Иоанна Каппадокийского, но Юстиниан держал его на этой должности в течение 10 лет, и лишь обманным путем удалось вызвать к нему немилость императора.
Юстиниана поддерживала группа способных министров, которых он сам выбрал и продвинул, иногда даже из самых незнатных слоев населения. Проведение законодательной деятельности он доверил выдающемуся юристу Трибониану, назначенному им квестором. В качестве министра иностранных дел он использовал патриция Петра, одаренного дипломата, работавшего начальником ведомств. Он выдвинул Иоанна Каппадокийского с должности писца в ведомстве magister militum, где Юстиниан безусловно смог оценить его способности, когда он еще занимал этот пост при Юстине, на должность префекта Востока. Иоанн осуществил широкомасштабные административные реформы и оказался очень способным, если не сказать жестоким, финансистом. Блестящий генерал Велисарий, который участвовал в походах против персов, вандалов и остготов, начал свою карьеру в качестве одного из военных вассалов Юстиниана. Во время войн Юстиниан также использовал своего двоюродного брата Германа, способного генерала, и одного из своих евнухов, Нарсеса, который проявил себя выдающимся командующим.
В самом начале правления (январь 532 года) Юстиниана произошло несколько восстаний. Волнения начались во время одного из обычных цирковых состязаний, когда, воспользовавшись случаем, болельщики команд-соперниц голубых и зеленых, объединились под лозунгом «Ника» (покорять) и штурмом взяли дом городского префекта, чтобы освободить своих сторонников. Группа недовольных аристократов воспользовалась народным движением и стала вдохновлять толпу на требование увольнения Иоанна Каппадокийского и Трибониана, а когда Юстиниан стал соглашаться с этими требованиями, провозгласила императором Ипатия, племянника Анастасия. В городе в это время находилось несколько войсковых частей, но их верности нельзя было доверять. Юстиниан замышлял побег, но Феодора вдохновила его на то, чтобы отстаивать свои права при поддержке верных войск. Велисарий и Мунд, magistri Востока и Иллирии, которые находились в то время в Константинополе, устроили в цирке резню среди толпы восставших и подавили восстание.
Война с Персией началась еще при Юстине. У Юстиниана не было никаких интересов в этом регионе, но он хотел поддержать статус-кво. В 532 году после нескольких нерешительных операций он подписал вечный мир с новым царем персов, Хосроем. По этому договору он согласился выплатить персидскому царю 11000 фунтов золотом для окончательного удовлетворения требований последнего и в качестве вознаграждения за защиту Кавказа.