Ельцин начал критиковать конференцию за то, что она, по сути, собралась слишком поздно, слишком мало людей посетило ее. Ельцин утверждал, что партия отстала в перестройке, и никакие предложения Горбачева не смогут преодолеть это. Он назвал высокопоставленных членов Центрального комитета, обвинив их в коррумпированности и нежелании поддерживать реформы. Также он напал на тех, кто атаковал его, отметив, что ему не за что извиняться, и потребовал собственного оправдания. Большинство делегатов сидели в ошеломленном молчании. Другие перешептывались между собой, в то время как некоторые шипели прямо на Ельцина.
Когда Ельцин закончил, слово взял Лигачев, чтобы ответить. Большая часть его речи была посвящена нападкам на Ельцина, но здесь действия Лигачева привели к обратным результатам, если не из-за содержания его презентации, то, скорее, из-за самой ситуации, в которой второе лицо государства, член ЦК, опускается до уровня ожесточенной перепалки с кем-то, кто являлся мелким партийным чиновником.
«Дорогие товарищи! — заявил Лигачев. — Мы не должны молчать из-за того, что коммунист Ельцин выбрал неправильный путь. Оказалось, что человек обладает не созидательной, а разрушительной силой. Его оценка процесса перестройки, подхода и метода работы были объявлены в партии несостоятельными и ошибочными». Речь Ельцина, по словам Лигачева, «указывает на то, что вы, Борис, не сделали правильных политических выводов». Лигачев обратился к бывшему члену Политбюро напрямую: «Борис, ты не прав!»
В выступлении Лигачева вообще отсутствовали какие-либо слова в поддержку Горбачева или его программы реформ. Вместо этого Лигачев выступил с несколькими завуалированными угрозами в адрес генерального секретаря, намекая, что его послужной список в период застоя, предшествовавший его приходу к власти, был открыт для критики, и предполагая, что Горбачев обязан своим нынешним положением самому Лигачеву, после того как Лигачев заявил, что пленум Центрального комитета в марте 1985 года, который избрал Горбачева на пост следующим генеральным секретарем, мог бы закончиться с другим результатом, если бы не действия Лигачева и нескольких старых членов партии, на кого нацелился Горбачев своими реформами.
Вражда Ельцина и Лигачева вынудила Горбачева изменить свою заключительную речь на конференции. Вместо того чтобы сосредоточиться на достижениях конференции, Горбачев вместо этого атаковал Ельцина за его прошлые и нынешние действия. Не было бы ни оправдания, ни прощения. Что касается Горбачева, то дни Бориса Ельцина как политической силы прошли.
Горбачев не получил от конференции всего, чего хотел, но он обеспечил один пункт из повестки дня, который для той политической реформы, к которой он стремился, имел наибольшее значение — его предложение о создании Съезда народных депутатов было одобрено. 19-я Всесоюзная партийная конференция в конце концов предоставила как Горбачеву, так и политике перестройки, которую он воплощал, мандат на продолжение. Это был мандат, который он полностью намеревался выполнить.
В июле 1988 года Горбачев снова собрал свой внутренний круг советников на гостевой даче в Ново-Огарево, чтобы подготовить свои следующие шаги. Получить одобрение 19-й Всесоюзной партийной конференции на реализацию идеи формирования Съезда народных депутатов — это одно, а воплотить это одобрение в реальность — совсем другое. На пути Горбачева стояли Егор Лигачев и множество коммунистов старой гвардии, которые заполняли Секретариат Коммунистической партии. Как второй секретарь Лигачев имел возможность использовать партийный аппарат, чтобы замедлить или остановить любые реформы, которые Горбачев смог протолкнуть через Политбюро. Простое устранение Лигачева противоречило бы духу перестройки и гласности. Горбачеву нужно было отодвинуть в сторону старого коммуниста.
Для достижения этой цели советники Горбачева провели общую реструктуризацию Секретариата, создав шесть ориентированных на политику партийных комиссий, которые должны были заменить по форме и функциям существующих членов Центрального комитета и Центральной ревизионной комиссии. Комиссии, которые соответствовали основным внешним и внутренним секторам советской политики, привели к ликвидации власти и влияния партийного секретариата. Так как там было больше членов Секретариата, чем комиссии, предлагаемая реорганизация потребовала от нескольких высокопоставленных партийных чиновников обязательного выхода на пенсию, в то время как другие были вынуждены соглашаться на более мелкие назначения. Конечным результатом этой реорганизации была нейтрализация оппозиции запланированной Горбачевым программе реформирования партии.