В то же время левые партии широко пользовались депутатской неприкосновенностью для своей революционной деятельности. Думская фракция социал-демократов вошла в связь с группой распропагандированных солдат различных полков, называвших себя «военной организацией социал-демократической партии». Так как в этой группе имелись и следившие за ее развитием агенты тайной полиции, правительству тотчас стало об этом известно. 4 мая, при обыске на квартире рижского депутата, социал-демократа Озола, было арестовано несколько членов этой организации. Социал-демократы имели смелость внести запрос по поводу этого обыска, П. А. Столыпин (8 мая) только ответил, что расследование еще не закончено.
1 июня П. А. Столыпин явился в Госдуму, попросил устроить закрытое заседание и предъявил на нем требование о снятии депутатской неприкосновенности со всех членов думской фракции социал-демократов за устройство военного заговора. Кадеты оказались в трудном положении. Они не могли защищать военный заговор и очень хотели «оберечь» Думу. В то же время доказательства заговора, предъявленные следователем по особо важным делам, казались им спорными и, во всяком случае, относившимися не ко всем социал-демократам. Они передали дело в комиссию, которая работала два дня и ни до каких выводов не дошла. Правительство, считая, что с арестами дольше медлить нельзя (часть обвиняемых уже скрылась), решило действовать. 2 июня было последнее заседание Второй Думы. Обсуждался вопрос о местном суде. Левые партии несколько раз предлагали изменить повестку, перейти к обсуждению «предстоящего государственного переворота, отвергнуть бюджет и все проекты, проведенные по 87-й статье, обратиться с воззванием к народу». Большинство каждый раз отвергало эти предложения. В конце заседания А. А. Кизеветтер от комиссии по вопросу о снятии депутатской неприкосновенности сообщил, что доклад еще не готов.
А на следующий день, 3 июня, был издан Манифест о роспуске Госдумы и о введении нового избирательного закона. В то же утро были арестованы все депутаты социал-демократы, которые еще не скрылись. Население встретило роспуск Думы спокойно: не было ни демонстраций, ни попыток устроить забастовки. Народные гулянья продолжались своим обычным порядком, и не пришлось даже усилить полицейские наряды.
Иностранное общественное мнение, отчасти подготовленное письмом профессора Ф. Ф. Мартенса в «Праве» о необходимости изменения избирательного закона, отнеслось к происшедшему равнодушно.
В оппозиционной, либеральной печати роспуск Думы, а также изменение избирательного закона были признаны методом ничем не оправданным и оценены как антиправительственные. С. А. Муромцев опубликовал в русской и иностранной прессе несколько статей, которые можно назвать эхом русского общественного мнения. Уже в середине июня он писал:
«Второй Государственной Думе при роспуске ее сделан в акте роспуска тот упрек, что она уклонилась от немедленного исполнения законного требования властей, не допускавшего никакого отлагательства. И это обстоятельство поставляется в качестве последней капли, переполнившей чашу. Но упрек — совершенно не основательный. Ни один парламент в мире не может почитаться обязанным выдавать по первому требованию власти того или другого из числа своих сочленов <…> помимо всякого предварительного расследования. Существует еще одно обстоятельство, которое снимает с Думы всякую ответственность. Согласно статьям 93 и 96 Наказа ни одно предложение, будь оно внесено в Думу даже правительством, не может стать предметом суждения и решения вне порядка дня. А требование разрешения на лишение свободы обвиняемых депутатов не стояло на повестке дня. Но это еще не все.
Статья 80 Наказа говорит: „Представления о привлечении члена Государственной Думы к следствию и суду сообщаются председателем Думы в ближайшем ее заседании и передаются для рассмотрения в особо для сего назначенную в каждом случае комиссию“. Неужели же председатель Совета министров желал, чтобы Дума сама нарушила свой собственный Наказ? Дума обнаружила достаточную уступчивость уже в том, что в пятницу же (1 июня) передала в комиссию представление правительства об аресте депутатов, не стоявшее в порядке дня.
Лучше ли обоснованы другие обвинения, высказанные относительно Думы? „Значительная часть личного состава Второй Государственной Думы не оправдала ожиданий“, — объявляется в акте о роспуске. Но законно ли распускать палату только из-за того, что часть ее, хотя и значительная, оказывается неприятною правительству? „Деятельность этих лиц в Государственной Думе послужила непреодолимым препятствием в плодотворной работе…“, „выработанные правительством обширные мероприятия Государственная Дума или не подвергала вовсе рассмотрению, или замедляла обсуждением“.