Интересные сведения приводят российские очевидцы и относительно системы преступлений и наказаний и организации судебной деятельности. В этой сфере правоотношений также ярко проявилось сосуществование различных правовых систем — мусульманской и тюрко-монгольской. Первая была представлена судом казиев, выносивших решение на основе принципов шариата, вторая — судом ханов и беков, решавших дела и определявших наказания по собственному усмотрению.
Казии назначались ханскими ярлыками по представлению беков [Кун, 1876б, с. 6]. Они судили большинство дел, касавшихся частноправовых (торговых и семейных) отношений, а также уголовные преступления, не относившиеся к числу тяжких. Тем не менее в ряде случаев они могли приговаривать не только к штрафам или телесным наказаниям (например, к отрубанию руки за воровство), но и к смертной казни — за убийство, заговор или измену, в том числе супружескую. Особенно тяжелое впечатление производило на российских очевидцев традиционное шариатское наказание женщин за прелюбодеяние: их либо закапывали по грудь в землю и забивали камнями, либо даже сбрасывали с минарета. Характерно, что любовник замужней женщины мог откупиться, выплатив штраф в 200 золотых монет [Назаров, 1968, с. 52–53; Потанин, 2007, с. 278–279].
Яркое описание видов казней приводит русский офицер К. К. Трионов, побывавший в составе дипломатической миссии в Кокандском ханстве в 1875 г. Отрубание руки (отдельных пальцев или кисти в целом) являлось самым распространенным наказанием за воровство — опять же, в соответствии с предписаниями шариата. При этом казнь производилась обычным мясницким топором, которым в другие дни на базаре разделывали баранину. После экзекуции обрубок руки сразу же засовывали в котел с кипящим жиром — это было не очередное наказание, а средство против гангрены конечности [Трионов, 1910, с. 134].
За более тяжкие преступления перерезали ножом горло или даже сажали на кол, причем последний вид казни использовался в отношении русских пленных, которые отказывались поступать на службу к хану. Сам Трионов в день приезда в Коканд видел на площади тела нескольких жертв этой казни — русских солдат и даже одного офицера, захваченных в плен восставшими кокандцами [Там же, с. 135].
Российский очевидец описывает, как палач с топором расхаживал по площади, стараясь произвести как можно более страшное впечатление на самих приговоренных и на толпу зрителей. Это делалось не ради самолюбования, а с корыстной целью: он надеялся получить от родственников своих жертв взятку за то, чтобы казнь была менее мучительной. За вознаграждение палач мог перерезать шейную артерию, и приговоренный умирал быстро, а если ничего получал, то мог полоснуть ножом по шее, и жертва мучилась несколько часов, истекая кровью. Аналогичным образом палач мог по-разному осуществить и сажание на кол: за взятку он мог направить острие кола в желудок, и когда казнимый ставился в вертикальное положение, он тоже умирал быстро; в противном случае кол направлялся в сторону бока жертвы, и она могла страдать более суток [Там же, с. 133, 134].
Дела чиновников или наиболее тяжкие преступления судили сами ханы или наместники областей. В большинстве таких случаев преступник приговаривался к смертной казни — чаще всего путем повешения. При этом беки, в отличие от своих бухарских и хивинских коллег, имели право сами выносить смертные приговоры, не согласуя их с ханом, хотя и советовались с представителями местного духовенства [Макшеев, 1856, с. 29; Назаров, 1968, с. 58; Потанин, 2007, с. 271].
Кроме того, широко были распространены и внесудебные расправы с сановниками и чиновниками, в верности которых хан имел сомнения. Печальную известность приобрел в этом отношении хан Худояр, уже с молодости привыкший казнить впавших в немилость приближенных без суда. К счастью для них, впрочем, он нередко забывал о своих приказах и не контролировал их исполнение, что многим спасало жизнь. Тем не менее только за 1866–1871 гг. по его приказу тайно было казнено около 3 тыс. человек [Северцов, 1860, с. 80–81; Федченко, 1875, с. 56]. Выдающийся российский полководец М. Д. Скобелев, побывавший в 1875 г. в Коканде с дипломатической миссией, рассказал о весьма характерном эпизоде подобного рода. Против Худояра поднял мятеж его племянник Абдул-Керим-бек, а поскольку его владения располагались на границе с российскими владениями, отряды Туркестанского края помогли подавить мятеж и захватили ханского племянника в плен, после чего доставили его к хану. Худояр прямо в присутствии русских тут же приказал перерезать родственнику горло, однако у Скобелева оказалось письмо туркестанского генерал-губернатора К. П. фон Кауфмана, который, предвидя такое решение хана, просил его помиловать виновного. Хан с неохотой, но все же выполнил просьбу «своего друга», приказав племяннику убираться на все четыре стороны. Однако Скобелев решил, что для надежности лучше держать Абдул-Керим-бека при русской миссии [Скобелев, 1887, с. 252, 255–256].