С момента вступления на епископскую кафедру Кирилл укреплял власть церковной организации и свою личную над городом. При помощи монахов, изначально являвшихся опорой власти епископа[1060], а также зависимого от церковной благотворительности плебса, Кирилл, стремившийся к установлению полного идеологического, а, следовательно, экономического и политического господства, начал активное наступление на группы александрийских религиозных диссидентов. Уже в 412 г. епископ изгнал из города представителей небольшой, но влиятельной ригористической секты новациан и присвоил ее имущество (Soc., VII, 7). В 414 г. Кирилл вступил в кровопролитной конфликт с иудейской диаспорой, игравшей видную роль в политической и экономической жизни Александрии[1061]. Итогом противостояния стал еврейский погром, сопровождавшийся массовым грабежом еврейского населения города, и изгнание нескольких десятков тысяч иудеев из Александрии (Soc., VII, 13; John. Nik., LXXXIV, 94–99).
Против деятельности епископа выступила гражданская и военная администрация Египта, недовольная фактическим переходом власти над Александрией в руки епископа. Как свидетельствовал Сократ Схоластик августалу Оресту[1062], «было ненавистно владычество епископов — частью потому, что они отнимали много власти у поставленных от царя начальников, а особенно потому, что Кирилл хотел иметь надзор и над его распоряжениями» (Soc., VII, 13). Еще в период борьбы Кирилла за епископскую кафедру представители центральной власти деятельно выступали против его выдвижения, поддержав кандидатуру конкурента Кирилла — некого пресвитера Тимофея, вероятно отличавшегося более умеренными взглядами. Согласно свидетельству Сократа Схоластика, во время народного возмущения, спровоцированного борьбой за епископский престол, на стороне Тимофея выступил комит Абунданций[1063] (Soc., VII, 7). Противостояние между гражданской администрацией и епископом еще более обострилось в ходе конфликта Кирилла с еврейской диаспорой — августал открыто поддержал иудеев (Soc., VII, 13; John. Nik., LХXХIV, 94–95; 99). Вскоре после погрома толпа нитрийских монахов напала на Ореста и едва не убила его[1064] — александрийцы сумели отбить раненого августала и схватить главного зачинщика нападения — Аммония, который был впоследствии казнен (Soc., VII, 13).
Для борьбы с епископом августал Орест попытался заручиться поддержкой александрийской знати, опасавшейся роста влияния социальных элементов, являвшихся опорой Кирилла: монашества и коптских элит, под знаменем христианства как национальной религии египтян, выступавших против грекоязычной «эллинской» куриальной знати: и христиан, и язычников. Гипатия, имевшая тесные связи, как с провинциальной аристократией, так и высшим чиновничеством Александрии, стала центральной фигурой оппозиции и очевидной целью атаки со стороны епископа Кирилла. В марте 415 г. толпа сторонников епископа, под началом чтеца александрийской Церкви Петра, зверски умертвила Гипатию и надругалась над ее трупом (Soc., VII, 15)[1065].
Исследователи, находившиеся под влиянием церковной традиции, зачастую пытались обелить Кирилла, отвести от него обвинение в непосредственной организации расправы над Гипатией[1066]. Против подобной интерпретации александрийских событий свидетельствует данные Дамаския и Иоанна Никиусского. Дамаский, долгое время учившийся в Александрии и, вероятно, знавший обстоятельства убийства от старших товарищей, прямо утверждал, что Кирилл спланировал убийство Гипатии, вследствие ее популярности и влияния (Dam. V. Isid., 43E). В сочинении Иоанна Никиусского, в котором Гипатия предстает чародейкой, «обольстившей многих», в том числе и правителя города, посредством «своих сатанинских козней» (John. Nik., LXXXIV, 87–88), автор открыто восхвалял убийцу Гипатии — чтеца Петра «превосходного во всех отношениях последователя Иисуса Христа», а самого епископа, называл «новым Феофилом», ответственным за «искоренение последних остатков идолопоклонства в городе» (ibid., LXXXIV, 103). Свидетельство Иоанна тем более важно, что историк, являясь представителем местной коптской историографической традиции, имел в распоряжении источники, недоступные грекоязычным авторам. Можно предположить, что в труде Иоанна нашла отражение трактовка событий официально принятая александрийской Церковью. Таким образом, и данные язычника Дамаския, и христианина Иоанна Никиусского позволяют утверждать, что именно александрийский епископ стоял за этим убийством.