К моменту папского одобрения ордена лишь немногие из собратьев находились в Риме. Игнатий призвал тех, кто был в Италии. Совместно они разработали первый проект устава ордена. 5 апреля 1541 года они избрали генерала ордена. Шестеро присутствовавших товарищей опустили избирательные листки в урну. Собратья, которые находились за пределами Италии, оставили свои листки в Риме перед отъездом или прислали их в Рим. За исключением его собственного все голоса были отданы Игнатию. Он не хотел принимать этот выбор. Он говорил, что хотел бы быть скорее ведомым, нежели ведущим, кроме того, у него слишком много грехов. Он уговорил своих товарищей провести второй тур голосования. Однако результат остался прежним. В конце концов, он решил посоветоваться со своим духовным наставником, монахом францисканского ордена. В исповеди, которая продолжалась три дня, – он повторил ритуал на Монтесеррате, – он рассказал ему о всех грехах, совершенных им в течение жизни. Лишь напомнив ему о долге послушания, францисканец смог убедить Игнатия в том, что его отказ от руководства орденом, есть противление Святому Духу. 19 апреля Игнатий уступил и принял выбор своих товарищей. Было столь долгое сопротивление наигранным или же оно более того было непослушанием? Вероятно, Игнатий действительно был убежден в том, что он слишком запятнан грехом для того, чтобы занимать такую должность. Он до сих пор настолько был исполнен сознанием собственного недостоинства, что в глубине души противился принятию любого достоинства.
22 апреля 1541 года шестеро товарищей совершили паломничество по семи главным римским церквям. В базилике “San Paulo fuori le Mura” они отслужили святую мессу. Перед вознесенной облаткой они произнесли свои торжественные обеты. В руки Игнатия остальные пятеро собратьев принесли обет послушания. Непосредственно после произнесения обетов все приняли Причастие. Отсутствовавшие товарищи принесли свои обеты в последующие месяцы на местах своего пребывания. Теперь орден был основан в полном смысле слова и был готов к действию.
Игнатий, теперь уже в должности генерала ордена, усиленно принялся за работу. Как выглядел его рабочий день в течение последующих 15 лет генеральского служения? Он практически никуда не выезжал из Рима. Начиная с 1544 года, он со своими ближайшими сотрудниками жил в скромном доме неподалеку от маленькой церкви “Santa Maria della Strada”, которая уже с 1541 года использовалась орденом. Позднее на ее месте были сооружены церковь “Il Gesú” и иезуитская коллегия. Сегодня в этой церкви можно увидеть пышную гробницу Игнатия, а в здании коллегии посетить сохранившиеся комнаты, где он жил. Рядом с его спальней находилась маленькая часовня и комнаты для работы. Все помещения были тесными и имели спартанскую обстановку.
Игнатий вставал рано утром, и его день начинался с молитвы. В большинстве случаев он служил мессу и затем проводил два часа в молитве. Он принимал скромную пищу дважды в день: в 10.00 и 18.00 часов. Игнатий должен был соблюдать диету, поэтому он в большинстве случаев питался вареными овощами и постным мясом. Он часто ел вместе со своими сотрудниками или гостями, с которыми ему нужно было обсудить какие-либо вопросы. Он одевался, как и все иезуиты, в черную сутану, а зимой носил сверху плащ. Свой чувствительный живот он дополнительно обвязывал платком. Иезуиты не имели никакого специального орденского облачения, а одевались, как простые, почтенные священники.
В течение дня Игнатий беседовал со своими сотрудниками, наставлял послушников, обрабатывал свою обширную корреспонденцию, принимал посетителей со всего света. Он почти не выходил, только для визитов высокопоставленным лицам. Изредка его можно было увидеть в саду. Вечером он ложился поздно. Перед сном он прохаживался по комнате, размышляя о прошедшем дне или готовясь к делам дня предстоящего. Он подвергал себя постоянному самоконтролю и требовал от своих сотрудников, чтобы они регулярно размышляли о своей жизни. Он часто бывал тяжело болен. Камни в почках причиняли ему сильные боли, а иногда и он страдал от колик. Его поврежденная нога также была причиной его частых жалоб. Не прерывая своей повседневной работы, Игнатий мужественно выносил эти страдания на протяжении многих лет. В 1550 году он хотел сложить с себя полномочия генерала ордена, однако собратья не приняли его отставки.